Resume
Samenvatting TIP! Hoorcolleges 9 tm 12 van MBT
- Cours
- Établissement
Samenvatting van HC9 tm 12 van MBT. HC1 tm 6 ook te koop
[Montrer plus]
Vendeur
S'abonner
silke10
Avis reçus
Aperçu du contenu
HC9 Massaspectrometrie en eiwit sequencingEnzymatische fragmentering, hoe ging dat? “Edman degradatie”
- Openen/knippen van aminozuurketen
- Chemische verandering (reactie) van het eindstandig aminozuur met fenyl-iso-thio-cyanaat
- Losmaken van dit aminozuur (rest blijft intact)
- Bepaling identiteit aminozuur (papierchromatografie)
- Volgend aminozuur
- Hiermee identificatie van gehele eiwit, max 50 aminozuren
- Nu: sequencing DNA. Eiwitsequencing minder belangrijk, en massa spectrometrie op eiwitten en
peptiden
Proteomics
- Studie van structuur, functie en interacties van eiwitten in cel
- Proteomics: eiwit structuur en functie onderzoeken op grote schal
- Onderzoek naar eiwitten in de cel op een bepaald moment onder bepaalde condities
- Identificatie en kwantificering van eiwitten en de bepaling van lokalisatie, activiteit en functie
Eiwit met fosfaatgroep eiwit staat meestal aan, als er geen fosfaatgroep aanwezig is, dan staat het
eiwit uit
Massaspectrometer moderne manier om eiwitsequenties te bepalen
1. Vaste stof of vloeistof gas, dmv ioniseren, beschieten met elektronen waardoor moleculen
lading (+) krijgen en verhitten
2. Positief geladen ionen vliegen door negatief geladen buis
3. Magnetisch veld: schiet ionen uit de baan, hoe groter het positieve ion, hoe langer het duurt
voordat ion op detector terecht komt
4. Detector kan massa ion meten
5 fasen in massa analyse in massa spectrometer
1. Vaporisatie
o Analyse van gassen, vloeistoffen, vaste stoffen
o Verneveling, gasvorming noodzakelijk
2. Ionisatie
o Harde/zachte technieken (ESI/MALDI)
o Electron ionisatie, electronspray ionisatie, schieten van elektronen op eiwitten
o Moleculen in mantel van hydrofobe en hydrofiele stoffen “droplets”
3. Versnelling
o Electroden, aftstoting, aantrekking, meer aantrekking, versnelling
4. Deflectie
o Magnetisch veld minder massa, meer lading, afbuiging
5. Detectie
o Wat eerst komt is: meer beïnvloed door magnetisch veld
o Grote moleculen, weinig lading
,MALDI-Tof
- Eigenschappen en voordelen
o Analyse voor alle eiwitten
o Snel en kleine samples om te analyseren
o Identiteit van alle pieken weten is niet essentieel
o Het gaat om patroon van pieken
Maar wij willen meer informatie tandem massaspectrometrie (MS/MS)
Eiwitten sequencen mbv MS/MS
1. Isolatie eiwit (bandjes uit gel isoleren op juiste molecuulgewicht eiwit)
2. Eiwit in stukjes knippen (peptiden)
o Restrictie-enzymen (specifieke peptidasen) voor eiwitten, knippen bij bepaalde
aminozuurvolgorde
3. Peptiden scheiden
o Met vloeistof chromatografie
4. 1e MS analyse (lage ionisatie)
o Geeft peptide van x aantal aminozuren
5. 2e MS analyse (hoge ionisatie)
o Geeft het x aantal aminozuren
o Enkele en dubbele aminozuren bepalen volgorde aminozuren in peptide
Manieren van analyse
- 1 eiwit top down proteom analyse
o 2D gel elektrophorese (scheiding op lading en grootte)
o Eiwitbandjes van interesse uit gel knippen en knippen in peptiden
o Massaspectormetrie aminozuurvolgorde eiwit
- Alle eiwitten bottom up proteom analyse
o Eiwit-restrictie-enzymen knippen eiwitten in peptides
o Vloeistofchromatografie peptiden worden gescheiden
o Massaspectrometrie elke fractie, geeft informatie over alle eiwitten
1. Cellen lyseren
2. Eiwitten oplossen
3. In sommige gevallen voorscheiding
Overzicht
- Eiwit analyse wordt steeds meer met massa spectrometrie uitgevoerd het levert je “proteom”
informatie op
- Peptiden worden vaak geïdentificeerd in massa spectrometrie
- Grote eiwitten zijn niet direct te analyseren in MS
o Wel met SDS/PAGE of 2D-gels
- Databanken zijn onontbeerlijk om tot identificatie te komen
- NCBI protein, UniprotKB, ExPaSy, Mascot
o Tools/databanken op internet moet je minimaal kennen om met eiwitten te werken
, Fylogenetische analyse zoogdieren (Clustal Omega)
Mitochondriale eiwitten veranderen minder snel dan in de kern gecodeerde eiwitten
- Mitochondriën hebben eigen genoom, je krijgt het van je moeder, kern DNA is van je vader en
moeder
Mitochondriale eiwitten worden gebruikt voor moleculaire identificatie ofwel biodiversiteit bepaling
- Aminozuurverschillen tussen 2 van deze eiwitten is evenredig met het fylogenetische verschil
tussen de soorten
- Je kunt aan de hand van de sequenties een fylogenetische stamboom maken
- Studies aan moleculaire evolutie
Blasten
Sequences met een e-value van 10-4 of lager aangenomen kan worden dat de sequentie homoloog of
gerelateerd is aan de start-sequenties
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur silke10. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €6,92. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
62890 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 14 ans