Resume
Samenvatting Nucleus genoom 3D organisatie
- Établissement
- Universiteit Antwerpen (UA)
Samenvatting van de les nucleus genoom 3D organisatie.
[Montrer plus]
Aperçu du contenu
Nucleus genoom 3D organisatie3D genoom
• 3D configuratie van het genoom is complex, dynamisch en cruciaal voor genregulatie
• Technologische voordelen in chromosoom conformatie
Genregulatie complexe oranismen
Nucleaire compartimentalisatie
• Nodig omdat de DNA inhoud alsmaar groter wordt
• Bacteriën hebben een klein genoom en weinig plaats nodig maar bij de evolutie van de mens
is het aantal nucleotiden toegenomen
• Eukaryote genomen bevatten veel regulatorisch DNA/RNA
• Eukaryote genomen coderen voor multicellulaire ontwikkeling
• Compartimentalisatie zorgt voor kwetsbaarheid van genetisch materiaal (UV licht, stress,
radio): beschadiging van DNA: breuken, mutaties, translocaties
• DNA (1,4m) zal zich moeten opvouwen om zich af te schermen van deze stress factoren
• DNA rond histon (chromatine eiwitten) octameren met de vorming van nucleosomen
• Onregelmatigheden in deze opvouwing:
o Los chromatine = euchromatine -> actief, genen die worden overgeschreven in RNA
o Compact chromatine = heterochromatine -> inactief
• TAD domein = topologisch geassocieerd domein: regio’s van genoom die cogereguleerd
worden
o coördinatie van genen in verschillende chromosomen die samen komen in lussen
o actieve domeinen
• LAD domeinen = lamine geassocieerde domeinen
o Lamines = eiwitten die de kern afschermen
o Filamenteuze lamines liggen rond de DNA inhoud in de kern
o Nucleaire lamines liggen meer aan de periferie
o Gedempte regio’s van het DNA -> inactieve domeinen
, FISH probes maken DNA probes fluorescente tag geven
-> bepaalde genen van een chromosoom zitten in een bepaald territorium van de nucleus
-> binnen deze compartimenten zitten TAD en LAD domeinen
-> deze domeinen kunnen veranderen als cellen gaan differentiëren
-> bv. pluripotente stamcellen: bij ontwikkeling van cellen moeten genen aan/af staan
Genoom is 3D machinerie om genen tot expressie te brengen
Methodes ontwikkeld om de chromatine opvouwing te bestuderen: welke genen zitten samen in
een LAD of TAD domein?
1. Mapping: aspecten van ruimtelijk genoom meten (chromatinelussen, domeinen, nuclear
bodies)
2. Model building: experimentele waarnemingen worden geïnterpreteerd en ruimtelijke
modellen van de kern worden opgesteld
3. Pertubatie experimenten (bv. CRISPR cas): functionele validatie
Chromosomen kunnen gevisualiseerd worden in territoria
• Regulatie van genexpressie in 3 dimensies
• Regulatie van genexpressie door interacties tussen chromatine en proteïne complexen
• Genactivatie/silencing is geassocieerd met de repositionering van de locus naar andere
nucleaire compartimenten
Genoom wordt bekeken als een 3D machinerie om genen tot expressie te brengen
-> chromosomen worden gevisualiseerd in terretoria in de kern
-> genactiviteit en enzymactiviteit zijn afhankelijk van 3D structuur van genoom
Nucleaire compartimentalisatie als mechanisme van controle van genexpressie
-> opvouwing van het DNA en opvouwing met chromatine domeinen zorgt ervoor dat de
densiteit/elasticiteit van een vloeistof in de nucleus varieert
-> verschillende fases: lage en hoge densiteit
• Compact chromatide = viskeus → trage reactiekinetiek (kans dat NF-kB bindt op DNA is klein)
• Actief chromatide = waterig → snellere binding
• Genactivatie/repressie kan worden gereguleerd door fluïditeit
• Gradiënt van fluiditeit kan worden gevormd
• Genactivatie heeft te maken met diffusie eigenschappen van transcriptiefactoren in
verschillende fasen in de nucleus
• Gentranscriptie heeft te maken met reactiesnelheidsnelheid waarmee transcriptiefactoren
binden op DNA
o Bv. transcriptiefactoren
o O.b.v. sequentie van DNA kunnen we NF-kB bindingsmotieven zoeken
o Als NF-kB wordt geactiveerd in de cel en migreert naar de nucleus -> binding op
1000/10 000 plaatsen binden ookal hebben alle genen een NF-kB
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur AVL2. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €4,09. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
79373 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 14 ans