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Samenvatting Biochemie H
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Samenvatting van hoofdstuk 4 uit Biochemistry, inclusief aantekeningen van de colleges.
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DNA, RNA and the Flow of Geneticinformation
Biochemistry – hoofdstuk 4
4.1
DNA en RNA (nucleïnezuren) zijn lineaire polymeren opgebouwd uit nucleotiden.
Bouwstenen voor nucleïnezuren suiker, base, trifosfaat
DNA – deoxyribose (H- op 2’) plus base plus trifosfaat
RNA – ribose (OH- op 2’) plus base plus trifosfaat
Nucleoside suiker plus base
Nucleotide suiker plus base plus trifosfaat
Purines grote moleculen 5 en 6-ring adenine en guanine
Pyrimidines 6-ring cytosine, uracil en thymine
De backbone van DNA bestaat uit ketens van nucleotiden door vorming van
fosfodiesterbanden. Suiker 3’ – fosfaat - 5’suiker 3’ – fosfaat - …
De fosfaat binding in DNA is sterker dan in RNA DNA is dus steviger dan RNA.
4.2
DNA kan circulair (bacterie) of lineaire chromosomen hebben (mens).
Twee strengen DNA zijn antiparallel georiënteerd door basenparing.
Stabilisatie van dubbelstrengs DNA
- Hydrofobe interacties hydrofobe basen gaan in het midden bij elkaar
zitten, weg van water uit de omgeving.
- Van der Waals interacties de basen liggen ‘bovenop’ elkaar op een
afstand waarbij van der Waals interacties het sterkst zijn.
Er zijn twee vormen van DNA bekend: A en B
B Er is een major groef en een minor groef bij de rechtshandige (upward)
turning helix
A Bestaat uit RNA-DNA interacties.
A is dikker en korter dan B.
Een linkshandige helix bestaat niet.
Z-DNA is een speciaal geval van linkshandig DNA de base staat elke keer
anders op de suiker. De N-glycosidic bond tussen de base en de deoxyribose kan
verschillend van vorm zijn. Pyrimidines kunnen alleen in anti oriëntatie
voorkomen (zoals in DNA, met base van suiker af). Purines kunnen in anti en in
syn oriëntatie voorkomen. Syn oriëntatie is met de base boven de suiker.
Enkelstrengs DNA kan ook basenparing met zichzelf doen hairpins
RNA doet dit ook met zichzelf.
Een intron kan zichzelf helemaal in elkaar vouwen en er kunnen
waterstofbruggen ontstaan die niet Watson-Crick zijn.
4.3
DNA switchen tussen enkel- en dubbel-strengs
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