Resume
Samenvatting modeling en structuurbepaling van biomoleculen
- Établissement
- Universiteit Antwerpen (UA)
samenvatting van de cursus 'modeling en structuurbepaling van biomoleculen'
[Montrer plus]
Vendeur
S'abonnerAperçu du contenu
Samenvatting Modeling en structuurbepalingvan biomoleculen
Examen: van het onderdeel van Hans De Winter --> 1 casus bespreken + hoe we dit
probleem zouden aanpakken
o Dit moet je voorbereiden thuis + je leert de cursus --> prof stelt dan vragen
over de casus waarbij je informatie nodig hebt uit de cursus
Hoofdstuk 1: Chemo-informatica
1.1. Moleculaire formaten
Opdat de PC met moleculaire informatie kan werken --> moleculen moeten
geconverteerd worden in een formaat dat PC’s kunnen verstaan
o We hebben accurate quantum chemische representaties met wavefuncties
die de positie van de elektronen en de overeenkomstige atoomkernen
beschrijven (LUMO en HOMO)
Zeer accuraat + bevatten grootste hoeveelheid informatie
In praktijk: niet zeer bruikbaar --> reden: zeer tijdrovend om te
genereren + zeer duur (veel opslagruimte) --> om wille hiervan:
alternatieve methoden werden ontwikkeld waarin het merendeel van
de chemische informatie verwijderd wordt en wordt beschouwd als
impliciet aanwezig --> zo wordt er impliciet verondersteld dat:
Elke C, O en N-atoom 6, 8 en 7 elektronen bevatten, respect.
Elk atoom geconnecteerd is aan een geschikt aantal H-atomen
zodat elke atoom-valentie correct weergegeven is
De O-atomen bevatten 2 ionenparen en het N-atoom bevat 1
ionpaar
o Grootste verschil tussen de moleculaire formaten = de hoeveelheid
voorafgaande kennis die verondersteld wordt
o Er zijn veel chemische formaten beschikbaar --> MAAR: de meest frequent
gebruikte: SMILES, SDF en PDB-formats
1.1.1. SMILES
= Simplified Molecular Input Line Entry Specification
o Het is een specificatie in de vorm van een lijn-notatie want het beschrijft de
structuur van moleculen gebruik makende van korte sequenties van
karakters die geen spaties bevatten (= ASCII strings)
o Hier worden een aantal voorbeelden gegeven --> wat de verschillende zaken
betekenen wordt verder uitgelegd
, Opm. H-atomen worden meestal niet weergegeven + aromatische
structuren kunnen direct of in de Kekulé vorm gespecifieerd worden
Er zijn 5 algemene SMILES regels mbt de specificatie van atomen, bindingen,
braching, ringsluitingen en ontkoppelingen --> worden hieronder uitgelegd
Atomen:
o Worden weergegeven door hun standaard afkorting van de chemische
elementen + worden omringt door vierkante haken --> vb. [Ag] voor zilver -->
MAAR: de haken worden weggelaten bij atomen:
In de organische subset: B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, or I
Atomen die geen formele lading hebben
Atomen waarbij het aantal vastgehangen H’s geïmpliceerd wordt door
hun normale valentie
Atomen welke de normale isotopen zijn
Atomen die niet chirale centra zijn
o Vb. de SMILES voor water kan geschreven worden als O or [OH2] or [H]O[H] --
> MAAR: het hydronium ion kan enkel gespecifieerd worden als [OH3+] or [H]
[O+]([H])[H]
o Als haakjes gebruikt worden: het symbool H moet toegevoegd worden als het
atoom tussen de haakjes gebonden wordt door 1 of meerdere H’s, gevolgd
door het aantal H’s als dit groter is dan 1 en dan een + of – voor
respectievelijk een positieve of negatieve lading
Vb. [NH4+] should be used to represent ammonium, although that [H]
[N+]([H])([H])[H] may also be used
Als er meer dan 1 lading is --> wordt geschreven als [Ca+2]
o Voor aromatische atomen = atomen die deel uitmaken van een aromatische
ring: de kleine letters van de atomen worden gebruikt ipv hoofdletters
Vb. B, C, N, O, P and S atoms this becomes ‘b’, ‘c’, ‘n’, ‘o’, ‘p’ and ‘s’,
respectively
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur driesluyten. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €20,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
80467 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 14 ans