,Hoofdstuk 1
Werking van het lac operon
Het lac operon bevat 3 genen (3 cistronen)
- z-gen: β-galacotsidase (lactose splitsen)
- y-gen: permease (lactose opnemen)
- a-gen: transacetylase (niet nodig voor lactosefermentatie)
Ingewikkelde regulatie:
- Wel glucose, geen lactose 🡪 geen lacRNA synthese
- Geen glucose, wel lactose 🡪 actieve RNA synthese
- Wel glucose, wel lactose 🡪 Cel prefereert glucose, sterk verlaagde expressie
Hoofdstuk 2
Hoe worden ongewone nucleotiden ingebouwd?
1. Artificiële incorporatie van een base-analoog
vb. 5-bromouracil kan thymidine vervangen in DNA
vb. Uracil kan in DNA ingebouwd worden uit dUTP in competitie met dTTP
2. Incorporatie van enzymatisch gewijzigde moleculen
Vb. hydroxymethylcytosine bij T-evenfagen
Faaginfecties met T-evenfagen:
dCTP volledig vervangen door HMC (5-hydroxymethyl-dCTP)
Om alle cytosine in het faaggenoom te vervangen door HMC 🡪 dCTP in waardecel mag niet meer
gesynthetiseerd worden. Daarom synthetiseert de faag nieuwe enzymen:
- dCDPase-dCTPase
elimineert dCDP en dCTP 🡪 dCMP (substraat voor hydroxylmethylase)
- Hydroxymethylase
converteert dCMP 🡪 hydroxymethyl-dCMP
- Nucleoside monofosfaat kinase
fosforyleert hydroxymethyl-dCMP 🡪 hydroxymethyl-dCDP
- Glycosyltransferasen
Glycolyseert hydroxymethyl-dCTP
- dCMP deaminase
elimineert dCMP
genereert dUMP
- Nucleasen (vb. endo II en endo IV)
Zullen waardecel-DNA afbreken (zijn specifiek voor cytosine-bevattend DNA)
Metabolieten die vrijkomen 🡪 gebruikt voor DNA synthese vh virus
3. Modificatie van het DNA
Vb. Aanwezigheid 6-methyladenine & 5-methylcytosine in bacteriële DNA’s
Vb. Aanwezigheid 5-methylcytosine in eukaryoten
🡺 Kom door de werking van methyltransferasen op vooraf gesynthetiseerde DNAstrengen
2
,Wat is de functie van gemodificeerde nucleotiden bij fagen?
Bescherming tegen eigen nucleasen:
- HO-Me-C tegen bacteriofaag T nucleasen,
- Glc-Me-C tegen restrictie-enzymen,
- HO-Me-U bij B.subtilis tegen restrictie
Signalen voor transcriptie
HO-Me-U en Glc-HO-Me-C geven signalen voor transcriptie, van o.a late functies bij faagreplicatie
Invloed op ‘packaging’ van faag DNA
Assemblage van faag partikel
Wat is de functie van basemodificaties bij bacteriën?
Restrictie-modificatiesysteem
Bescherming tegen eigen restrictie-enzymen door methylatie van het DNA
(Restrictie enzymen = endonucleasen die beschermen tegen vreemd DNA van vb. fagen, plasmiden)
Dit systeem kan gebeuren door
- Dam (DNA adenine methylase)
🡪 zal de A in de sequentie GATC methyleren
- Dcm (DNA cytosine methylase)
🡪 Zal de C in sequentie CCAGG of CCTGG methyleren
- Specifieke methylasen
🡪 Zal bv. Enkel EcoRI restrictiesites methyleren
Bacteriofaag exclusiesysteem (BREX)
Geeft amper bescherming voor vreemde plasmiden
Bestaat uit 6 genen in het genoom die uit 2 operons bestaat
6 genen bevatten
- Methyltransferase
🡪 Methyleert een tweede A in de sequentie 5’-TAGGAG-3’
- Fosfatase
- RNA-bindend eiwit
- Protease
- Onbekende eiwitten
Deze methylatie beschermt tegen faagreplicatie
🡺 Door het blokkeren van lytische en lysogene faagcycli
3
, Belang bij initiatie van een nieuwe replicatieronde
Methylatietoestand van de ori zal bepalen of er replicatie zal plaatsvinden
DNA herstel
Nieuw gesynthetiseeerde streng is nog niet gemethyleerd
🡺 Herstelmechanisme an weten welke DNA streng hersteld moet worden
🡺 DNA mismatch repair
Dam methylatie thv GATC
Kan een effect hebben op transcriptie
🡺 Vb. Als GATC sequentie voorkomt in sequenties nodig voor het binden van RNA polymerase
DNA methylatie in bacteriën
Kan ook effect hebben op transpositie en conjugatie
Omschrijf de structuur van B-DNA
B-DNA komt voor onder hoge vochtigheidsgraad (>80%)
2 antiparallelle strengen, rechtsdraaiend, opgebouwd uit:
- Fosfaat: hydrofiel karakter
- Deoxyribose: goed wateroplosbaar
- Heterocyclische base: weinig wateroplosbaar
Afstand tussen fosfaatgroepen 6Å
Dikte van de vlakke kant van de base 3.3 Å
Grootte opening 2.7 Å
Opening tussen de treden kwijtraken:
Slide: Basenparen horizontaal verschuiven tov elkaar (om afstoting – ladingen te minimaliseren)
Aanwezige krachten in de helix
H-bruggen
A-T (2 H-bruggen)
G-C (3 H-bruggen)
Stapelingskrachten
= Van der Waalskrachten + hydrofobe interacties
Dimensies
Verschuiving/stap 3.3 Å
Twist 36° (10bp per omwenteling)
Diameter DNA-helix 20 Å
Pitch/spoed = lengte van 1 helicale winding 33 Å
Groeven
Groeven zijn het gevolg vd geometrie van de basenparen.
Hoek waarmee 2 suikers uitsteken:
- 120° voor kleine hoek
- 240° voor grote hoek
4
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur NVbiochem. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €10,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
