This document serves as a comprehensive summary combining the key insights from the presentations of Professors Xaveer van Ostade and Kurt Boonen. The summary consists of their slides, enriched with my personal notes.
2.1.1 Part of life sciences ............................................................................................................................ 11
2.1.2 from genome to proteome ................................................................................................................ 12
2.1.2.1 Why proteomics? .......................................................................................................................... 12
2.1.2.2 The proteome is very complex! ..................................................................................................... 12
2.1.2.3 From genome to proteome ........................................................................................................... 13
2.1.3 Protein variants in disease................................................................................................................. 13
2.2 Overview: what do we do with a complex sample? ........................................................................... 14
2.3.1 Defining your research question ........................................................................................................ 16
2.3.2 Literature study ................................................................................................................................. 16
2.3.3 Sample collection............................................................................................................................... 17
2.3.3.1 Sample types ................................................................................................................................. 17
2.3.3.2 Sample degradation ...................................................................................................................... 17
2.3.4 Protein extraction – solubilization ..................................................................................................... 17
2.3.4.1 Protein extraction.......................................................................................................................... 17
2.3.4.2 Protein solubilization ..................................................................................................................... 20
3.1.1 AA analyses and AA sequencing are two different techniques .......................................................... 27
3.1.2 What can Amino Acid Analysis (AAA) do for you? ............................................................................. 27
3.2 Sample Preparation for Amino Acid Analysis ..................................................................................... 28
3.3 AAA of proteins/peptides .................................................................................................................. 28
3.3.1 In general........................................................................................................................................... 28
3.3.2 Hydrolysis .......................................................................................................................................... 28
4.2.1 In general........................................................................................................................................... 39
4.2.2 In practice .......................................................................................................................................... 40
4.3 First dimension: Isoelectric focusing (IEF)........................................................................................... 40
4.3.1 Isoelectric focusing ............................................................................................................................ 40
4.3.2 Protein charge ................................................................................................................................... 40
4.3.3 Creating a pH gradient for IEF ........................................................................................................... 41
4.3.3.1 Using carrier ampholytes .............................................................................................................. 42
4.3.3.2 IMMOBILIZED PH GRADIENTS ....................................................................................................... 42
4.3.4 2D-GE sample preparation ................................................................................................................ 43
4.3.5 Standard IP run for IEF and 2D-GE..................................................................................................... 44
4.4 Second Dimension: SDS-PAGE............................................................................................................ 44
4.4.1 SDS-PAGE ........................................................................................................................................... 44
4.8.3 Example ............................................................................................................................................. 52
4.8.4 DeCyder v. 6.5.................................................................................................................................... 52
4.9 2D-GE protein identification .............................................................................................................. 52
4.10 Take home points .............................................................................................................................. 52
5.4.3 Adaptation of optimal flow rate ........................................................................................................ 61
5.4.4 Capacity and resolution of microcolumns ......................................................................................... 61
5.4.5 Adaptations of the HPLC system ....................................................................................................... 62
5.5 2D-LC ................................................................................................................................................. 63
5.5.1 Peak capacity and set-up of a 2D-LC ................................................................................................. 63
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