Resume
samenvatting H10
- Cours
- Bioinformatica
- Établissement
- Universiteit Antwerpen (UA)
Samenvatting van 10 pagina's voor het vak Bioinformatica aan de UA (samenvatting H10)
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CHAPTER 10INTRODUCTION
- Tot nu toe nucleotide sequenties bestuderen
- Nu vnl technieken die op andere lagen inwerken dan DNA/RNA (proteoom, metaboloom, …)
o Proteoom = alle proteinen in een systeel op een gegeven tijdstip
o Metaboloom = molculen in een cel
PROTEINS ARE CHAINS OF AA
General amino acid structure
- Central carbon
- Amino group
- Carboxyl group
- Side chain (R)
Er zijn 20 standaard AZ
Zijgroep is zeer belangrijk is ook wel de differentiator
Ketens maken via een peptidebinding, eiwitten zijn ketens van AZ
A PRIMER TO MS
MASS SPECTROMETRY
- technology that measures the molecular mass of the present molecules based on its
mass to charge ratio (m/z)
- kan gebruikt worden om een moleculair gewicht te berekenen
- wide range of applications, including proteomics and metabolomics
ioniseren is een voorwaarde om MS te gebruiken
- meest gebruikte techniek voor small molecules analyse als ook peptiden en
proteinen
- vaak via peptiden
, basisprincipes
3 componenten
1) ionenbron
à zet om in ionen
(ESI), (APCI) en (MALDI)
2) Mass analyzer
à sorteren op basis van m/z
(TOF), (quadruple), …
3) Detector
à de waarde meten
MALDI
= matrix assisted laser desorption ionization
Tijd is proportioneel tot de massa over de lading ratio
à levert een spectrum op die allemaal een intensiteit kennen
ESI
= electrospray ionization
Detectors
- spectrum van massa/lading en intensiteit
- mengsel van peptide dat bekomen is door klieving met peptides
- conclusie = massa over lading is hetzelfde à elk fragment komt overeen met een
bepaalde massa in het spectrum
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