Garantie de satisfaction à 100% Disponible immédiatement après paiement En ligne et en PDF Tu n'es attaché à rien
logo-home
Recherché précédemment par vous
Recherché précédemment par vous
logo
Samenvatting - Methoden in het biomedisch onderzoek 3 €16,49
Ajouter au panier
Accédez rapidement à
Aperçu
  2.  
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  4.  
  5. Biomedische Wetenschappen
  6.  
  7. Methoden in het biomedisch onderzoek 3

Resume

Samenvatting - Methoden in het biomedisch onderzoek 3

1 vérifier
 5 fois vendu

Uitgebreide samenvatting van de lessen Methoden in het biomedisch onderzoek gegeven door Johan Swinnen, Dirk Daelemans en Kim de Keersmaker. Punt behaald met deze samenvatting: 15/20. De samenvatting is 149 pagina's

Aperçu 4 sur 149  pages

Infos sur le Document

  • 14 février 2024
  • 149
  • 2023/2024
  • Resume

Sujets

École, étude et sujet

Tous les documents sur ce sujet (36)

1  vérifier

review-writer-avatar

Par: tessabroeckhoven • 3 mois de cela

Vendeur

avatar-seller
elisabaetens

Avis reçus

Aperçu du contenu

HOOFDSTUK 2: DNA
2.1. DNA SEQUENTIEBEPALING
Evolutie in methoden:
First-generation sequencing (1977)
• Sanger, (Maxam and Gilbert)
• cloneren (plasmiden - bacteriën)
• elektroforese
• nog steeds “gouden standaard”, voor kleine projecten

Second-generation sequencing
• ‘next-generation sequencing’ (2006-…)
• massief parallel sequencen van clonaal in vitro geamplificeerde DNA moleculen
• miljoenen korte sequenties tegelijk
• bv. Illumina, Ion Torrent

Third-generation sequencing
“next-next generation sequencing” (2010-…)
• sequencing van individuele DNA moleculen (geen amplificatie)
• bv. Nanopore, Pacific Biosciences

Evolutie in capaciteit, snelheid en kosten




Brede toepassingen:
De novo genoom sequentiebepaling = sequentie van een species waar we nog geen DNA sequentie van hebben
• ongekende genomen bv Humaan Genoom project
• nieuwe organismen (bv. Sars-CoV-2)
• gedeeltelijk of volledig

Resequencing
• individuen tov referentiegenoom
• verschillen tussen individuen (SNPs)
• mutaties (ziekten)
• Construct verificatie
• klinische toepassingen: diagnose, farmacogenetica, NIPT (niet invasieve prenatale test), …

,Sequentiebepaling als teller
• aantallen DNA (of RNA) moleculen
• (zie RNAseq, ChIPseq,…)


Whole genome, exome en targeted sequencing
 WGS = whole-genome sequencing
 WES = whole-exome sequencing
= coderende sequentie
= 1.5% van genoom
 Targeted sequencing
= specifieke gewenste regio’s
 Transcriptoom: RNA → cDNA


2.1.1. 1 S T E GENERATIE SEQUENTIEBEPALING


SANGER SEQUENCING = NIEUWSYNTHESE MET DIDEOXY -KETEN TERMINATIE
• template/matrijs = clone of PCR amplicon bv van genomisch DNA-fragment
• polymerase + primer + mengsel van 4 dNTPs + ddNTPs (elke ddNTP met verschillende fluorescente
label)
• reactie loopt door na inbouwen dNTP
• reactie (keten) stopt na inbouwen ddNTP
• Normale dNTP: 2’OH groep ontbreekt, bij ddNTP: ook 3’ OH groep ontbreekt, dat is de OH groep die
fosfodiesterverbindingen gaat vormen in een DNA keten
• juiste verhouding dNTPs/ddNTPs
• scheiding strengen op gel of capillair → elektroferogram
• beperkt tot ~500 nt, moeite met herhalingen
• voor betrouwbaarheid: best twee aparte reacties
(FW of RV primer) om beide richtingen af te lezen




ELEKTROFEROGRAM AFLEZEN


Phred score Q = -10*log10(P)
P = probabiliteit van foutieve base call


1ste 30 bp niet afleesbaar
meestal 500-700 bp (max. tot 1000 bp) goede sequentie afleesbaar
Software om af te lezen met kwaliteitsscores per base (Phred-score)

,MUTATIEDETECTIE


- Niet altijd even hoge pieken
- sequentie-fout versus mutatie? → forward en reverse
reacties ter bevestiging




VERWEZENLIJKINGEN MET 1 E GENERATIE SEQUENCING (SANGER)
Human Genome Project (HGP)
= grootste multinationale biologische project ooit
3 billion USD
• gestart 1990, geleid door Francis Collins, NIH
• stalen: meerdere anonieme individuen
• methode: hierarchical shotgun sequencing met Sanger methode
• clones in YACs, BACs, P1s, cosmiden
• mapping en fragmentation (5 jaar)
→ automatische sample bereiding en sequentiebepaling door 20 centers over heel de wereld (100-
den toestellen)
→ elke 24u publieke vrijgave sequenties
→ draft sequentie 2001, finale sequentie 2003




ENORME IMPACT OP:
• technologische ontwikkeling van sequencing
automatisering,…
→ gedaalde kosten/base (van € 10/b → € 0.01 /b)
→ enorme toename in sequentiedata
aanpak: bv sommige delen van chromosoom zoals centromeren bijna onmogelijk te cloneren
• grote ontwikkeling van bioinformatica
• visie op delen van data (open science, open data)
• andere methoden omdat nu de (bijna) volledige sequentie beschikbaar is
• biologische kennis:
▪ sequentie en organisatie van nagenoeg alle humane genen gekend
▪ vergelijkende genomics: inzicht in evolutie, in geconserveerde processen
▪ genetische verschillen tussen mensen


NIEUWE UITDAGINGEN:
• volledige sequentie (telomeer tot telomeer)
• meer genomen sequencen van meerdere species
• meer individuele humane sequenties
• persoonlijke genoomsequentie van iedereen

, Enorme mogelijkheden voor ‘personalizes precision medicine’
• Kennis van DNA volgorde en SNPs → diagnose, prognose, preventie
• Farmacogenomics: verklaart waarom en voorspelt of bepaalde individuen goed/slecht reageren op
geneesmiddelen → enorme impact op industrie
• Inzicht in complexe multifactoriële aandoeningen (diabetes, kanker,..)
• Therapie op maat, bv al bij kanker
• Maar ook ethische aspecten (werkgevers, verzekeringsmaatschappijen


2.1.2. 2 D E GENERATIE SEQUENTIEBEPALING: SHORT -READ NEXT-GENERATION SEQUENCING

doel: veel hogere throughput aan veel lagere kost → massale DNA sequentiebepaling mogelijk
richtdoel: 1 humaan genoom op 1 toestel per dag voor <1000 USD (“thousand-dollar genome”)


Ontwikkeling van nieuwe technologie met 3 pijlers:
• parallelle detectie (Massive parallel sequencing)
o cluster of polony = kopieën van een DNA template
o klonale in vitro amplificatie van template (<> klassieke klonering)
→ duizenden-miljoenen kopieën van DNA template per cluster
o multiplexing: vele clusters tegelijk (<> 1 template/reactie)
• miniaturisatie van reacties => werken in super kleine putjes
• integratie van het proces (pipeline)
o directe detectie (<> scheiding fragmenten via gelelectroforese
Verschillende commerciele platformen:
• 454/Roche, Illumina, SOLID, Ion Torrent,..
• Zeer competitief
• Snelle evolutie


Gebaseerd op 4 stappen:
• Stap1. Aanmaak DNA library
• Stap 2. Klonale in vitro amplificatie
• Stap 3. Sequencing/sequentiebepaling
• Stap 4. Data analyse


STAP 1: AANMAAK NGS DNA LIBRARY
library = fragmentenbank = verzameling te sequencen templates
afhankelijk van doelstelling kunnen we verschillende soorten librarys maken
Types DNA library:
• whole genome sequencing (WGS)
• Mate Pair libraries (zie verder): 2 uiteindes van fragment met gekende afstand ertussen
• whole exome sequencing (WES) of targeted sequencing:
aanrijking door hybridisatie aan probes (in oplossing of op array) (zie panel A) of PCR-gebaseerd (zie
panel B)
o DNA fragmenten met de gewenste sequentie blijven plakken => enkel de gewenste blijven
plakken en de rest dan wegwassen

Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:

Qualité garantie par les avis des clients

Qualité garantie par les avis des clients

Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.

L’achat facile et rapide

L’achat facile et rapide

Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.

Focus sur l’essentiel

Focus sur l’essentiel

Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.

Foire aux questions

Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?

Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.

Garantie de remboursement : comment ça marche ?

Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.

Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?

Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur elisabaetens. Stuvia facilite les paiements au vendeur.

Est-ce que j'aurai un abonnement?

Non, vous n'achetez ce résumé que pour €16,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.

Peut-on faire confiance à Stuvia ?

4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)

68175 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours

Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 15 ans

Commencez à vendre!
€16,49  5x  vendu
  • (1)
Ajouter au panier
Ajouté