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Samenvatting BIOCHEMIE (deel 1)
- Établissement
- Vrije Universiteit Brussel (VUB)
Samenvatting BIOCHEMIE VAN DE INSPANNING JAAR gegeven door prof. BAREL
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Samenvatning Biochem envannden nspann niALGEMENE EN MENSELIJKE
BIOCHEMIE, DEEL A: STRUCTUUR
EN FUNCTIE
1 Inleiding tot de structuur en functies van eiwitten
1.1 Biologische functies van de eiwitten
E w ttennhebbennversioch llendenfunioctess:
o Enzymen
D tnz jnnb BlBi siochenkatalysatBren
Vb.npeps ne,ntryps ne
o TranspBrt-e w tten
Vb.nhemBilBb ne,ntransferr ne
o Struioctuur-e w tten
Vb.niocBllaieen
o ImmunBilBb nen
o Membrana renreioceptBren
o CBntrBlenennd ferentatenvanndeniocellennennweefselsnBpnDNAnn veau
o …
1.2 Aminozuren: bouwblokken van het eiwit
1.2.1 Structuur van het aminozuur
Denstruioctuurnvanneennam nBzuurnz etnernalsnvBlitnu ts:
NH2n------------CHR----------COOH
o CentraalnstaatnerneennC-atBBmnmetn4nz jtakkens:
COOHn=niocarbBxylirBep
NH2n=nam nB-irBep
Hn=nwaterstBfatBBm
Rn=nz jtak
o DenBptsiochenaioctv te tnhanitnafnvanndezenz jtakken
4nversioch llendenz jtakkennnwelnBptsiochenaioctv te tnmetneennL-nennD-iocBnfiurate
Vb.nalan ne
3nversioch llendenz jtakkennnieennBptsiochenaioctv te t
Vb.nilyioc ne
o ReielnvBBrnBptsiochenaioctv te t
CentraalnmBetneennsp3-atBBmnstaan
HetnmBetndusneenntetraëdernvBrmenn(4nversioch llendenz jtakken)
1
,Samenvatning Biochem envannden nspann ni
E iensiochappennvanneennam nBzuurs:
o PBla r
ZenhBudenndusnvannwatern(z jnner nnBplBsbaar)
o AmfBteer
D.w.z.ndatnzenzBwelnzurenalsnbasene iensiochappennhebben
o gufer
ZenhebbenndusneennpHn=n7
1.2.2 20 verschillende aminozuren
Z jnhebbennaltjdneenniocBnstantnenneennvar abelniedeelte
1.2.3 De L- en D-confguratie
DenL-nennD-iocBnfiuratenz jnnelkaarsnsp eielbeeld
o Zenz jnndusnn etnsuperpBseerbaar
Am nBzurennz jnnbBuwblBkkennvanne w tten
o Z jnhebbenndusnaltjdneennL-iocBnfiurate
1.2.4 Aminozuren zijn kleurloos – Kleurreacties
E w ttennievBrmdndBBrnam nBzurennz jnnkleurlBBs
o D.w.z.ndatnzenieennz iochtbaarnl iochtnabsBrberen
o Mennkannzenwelnkleurennd.m.v.neennreaioctenmetnkleurreaienta
Vb.ntyrBs nenBfnfuBresiocam ne
1.2.5 Absorptie van PHE, TYR en TRP in het ultraviolet
Grafek
o TYRn=ntyrBs ne
o TRPn=ntryptBphaan
1.2.6 Vorming van een peptide-binding tussen 2 aminozuren
D tniebeurtnd.m.v.neenniocBndensatereaioctentussenndeniocarbBxylirBepnvannhetnenenam nBzuurnennden
am nB-irBepnvannhetntweedenam nBzuur
o H2OnwBrdtndusnafiespl tst
o ErnBntstaatneennstev ieniocBvalentenb nd nin(=ndenpeptde-b nd ni)
D tnvraaitneiochterneneri en(=nATP)
2
,Samenvatning Biochem envannden nspann ni
Dezenreaioctenkanneennpaarnkeernaiochternelkaar
herhaaldnwBrden
o ZBnBntstaatnerneennpBlypeptde-keten
CBnventenvBBrnhetnsiochr jvennvanndenbrutBfBrmule
o Reielss:
Hetnam nBzuurnstaatnaltjdnl nks
DeniocarbBxylirBepnstaatnaltjdnreiochts
o Opnd enman ernBntstaatnerndusneennpBlar te tniaandenvan NH2
enndeniocarbBxylirBep
EennpBlypeptde-ketennbestaatnu tn2ndelens:
o EenniocBnstantniedeelten(zwart)
o Eennvar abelniedeelten(irBen)
D tnz jnndenR-irBepen
VBBrnR1nz jnnern20nmBiel jkheden,nvBBr R2n
z jnnern20nmBiel jkheden,nvBBrnR3nz jnnern20nmBiel jkheden,n…
o InntBtaalnz jnnerndusnm ljBenenniocBmb natesnmBiel jk
PBlypeptdennkunnennd.m.v.nzwavelbruiienn(-S-S-)niocBvalentnaannmekaarniebBndennwBrden
o D tnvBrmtneennzeernsterkenb nd ni
greektndusnzeerntraainaf
o Hetn sneennredBxreaiocte
WantndenwaterstBf-atBmennwBrdennweiienBmen
Versioch lntussennpeptdenenne w t
o Ondern50nam nBzurenn=npeptde
o gBvenn50nam nBzurenn=ne w t
1.3 Primaire structuur
Denpr ma renstruioctuurnvanneenne w tn sndenvBliBrdenvanndenversioch llendenam nBzurennd en nnden
pBlypeptdenvBBrkBmen
o =nAm nBzuur-sequente
o Geefn nfBrmatenBvernhBenhetne w tn nndenru mten s
1.4 Secundaire structuur
Denseiocunda renstruioctuurnvanneenne w tn sndenru mtel jkenstruioctuurnvanndenpBlypeptde-keten
o H erb jnhBudtnmennenkelnreken ninmetndeniocBnstanteniedeeltes
3nmBiel jkenstruiocturens:
o -hel x
o VBuwbladstruioctuurn(=n-sheet)
o RandBmniocB lnstruioctuurn(=nturns and loops)
-hel x
3
, Samenvatning Biochem envannden nspann ni
o =nReiochtsdraa endenpBlypeptde-ketennwaarn2,6nam nBzurennper
tBernieplaatstnwBrden
o VBrmtneennioc l nder
H errBndnz ttennzwakkenb nd nienn(waterstBfruiien)
tussennCOnennNH
Dezenbruiiennz ttennvBliensndenasnvannden-hel x
Eennherhal ninvannzwakke
b nd niennieefneennieheelndat
heelnsterkn s
VBuwbladstruioctuurn(=n-sheet)
o H erb jnz jnndenpBlypeptde-ketensnmeernu tiestrekt
o gestaatnu tn2nBfnmeerderenpBlypeptdeketensnd enevenw jd inaannelkaarnz jnnieleien
DezenlBpenndann nneenzelfdenr iochtnin(=nparallelle -
struioctuur)nBfn nnteieniesteldenr iochtnin(=nant- parallellen-
struioctuur)
o DenstruioctuurnwBrdtniestab l seerdndBBrnwaterstBfruiien
RandBmniocB lnstruioctuur
o D tn sneennw llekeur ienstruioctuurnvanndraa ennennlussen
1.5 Tertiaire structuur
Denterta renstruioctuurnvanneenne w tn sndenw sselwerk nintussenndenz jtakken
vanndenam nBzurennmetnhetnwater ienBplBsm ddel
o Tussenndenz jtakkennz ttennzwakkenwaterstBfruiien
o HydrBfBbenreaiocte
D.w.z.ndatndenz jtakkennd enn etnvannwaternhBuden
(hydrBfBBbnz jn)nmetnelkaarneennb nd ninaaniaan
o Ernz jnnapBla renennpBla renz jtakken
ApBla renz jtakkens:nz jnverm jdennzBnveelnmBiel jknwater
PBla renz jtakkens:nz jnw llennzBnveelnmBiel jkn nniocBntaioctnkBmennmetnwater
D tnzBritnvBBrneenndual te t
Dual te tn nndenstruioctuurnvanneennilBbula rne w t
o D tnzBritnvBBrneennzeerniocBmpaioctenstruioctuur
o Dual te tn nndezenz ns:
Aanndenb nnenkantnhBudenndenam nBzurennn etnvannwater
Aanndenbu tenkantnhBudenndenam nBzurennwelnvannwater
o DeterientennkunnenndezenstruioctuurnkapBtmaken
1.6 Kwaternaire structuur
Denkwaterna renstruioctuurniaatnBverne w ttennmetnmeerderenpBlypeptde-ketens
o Dezene w ttennz jnnievBrmdnu tnmeerderensubeenheden
o Zwakkenb nd nienn(waterstBfruiiennenn Bnb nd nien)
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