Notes de cours
uitgeschreven oefeningen bio-informatica Acar - moleculaire technieken
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alle oefeningen van bio-informatica stap voor stap uitgeschreven via databanken
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OPDRACHT 1 ANSOFFICIËLE GENNAAM
1a
Wat is de officiële gennaam en het officiële gensymbool van het BLUgen bij de mens?
HGNC à BLU (= alias)
De officiële gennaam is: zinc finger MYND-type containing 10
Het gensymbool is: ZMYND10
1b
Welke databank is het meest geschikt om deze informatie op te zoeken? Geef de lettercode
weer.
HGNC
1c
Geef 1 mogelijk alternatief gensymbool.
- CILD22
- DNAAF7
,GENBANK
2a
Wat heeft accessienummer NM_001446 in de nucleotide databank van het NCBI?
NCBI à nucleotide à NM_001446
= mRNA sequentie
2b
Geef de specifieke naam/definitie van de sequentie met accessienummer NM_001446 in de
nucleotide databank van het NCBI.
NCBI à nucleotide à NM_001446
= Homo sapiens fatty acid binding protein 7 (FABP7), transcript variant 1, mRNA
2c
Hoeveel exonen bevat deze sequentie volgens deze genbank file?
Feautures à exonen tellen
= 4 exonen (Bij genen met veel exonen worden ze vaak genummerd. Dan kan je naar het
laatste exon gaan onder de features en bij 'number' het aantal exonen aflezen.)
,2d
Wat is de locatie van deze sequentie?
Features à location à map
= 6q22.31
2e
Hoe groot is het fragment dat vertaald wordt naar eiwit? Geef het overeenkomstige
accessienummer weer van dit eiwit in de genbank en de bijhorende sequentie in FASTA
formaat.
CDS à NP_ …
Voor FASTA eiwit: klikken op NP_001437.1 à FASTA
Grootte = 478-80+1(!!!) = 399 nucleotiden
Accessienummer = NP_001437.1
FASTA =
MVEAFCATWKLTNSQNFDEYMKALGVGFATRQVGNVTKPTVIISQEGDKVVIRTLSTFKNTEISFQLGEE
FDETTADDRNCKSVVSLDGDKLVHIQKWDGKETNFVREIKDGKMVMTLTFGDVVAVRHYEKA
, WELK GEN BIJ WELK EIWIT?
3a
XP_001138587
XP = proteïne à NCBI à protein à XP_001138587 à CDS
= ATP5H
3b
XP_016775240.1
XP = proteïne à NCBI à protein à XP_016775240.1 à CDS
= INS
GEN OP CHROMOSOOM
Vb: chromosoom 4
4a
Zoek alternatieve namen (alias) voor het gen.
NCBI à gene à 4q22 homo sapiens àcategories: protein coding
= NACP, PARK1, PARK4, PD1
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