volledige samenvatting bio-informatica met uitgewerkte oefeningen en per oefening stap per stap vermeld hoe je eraan komt. zowel de oefeningen van de lessen komen aan bod, als de oefeningen van de werkcolleges. de laatste pagina bevat alle gebruikte codes voor in jupyter en python.
Les 1
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157
NM nr = transcript van een bep gen (NM_xxx.y -> xxx = ID en .y = versie)
NP nr = protein
Gelinkt aan elkaar
Tekst editor: BBEdit 15 (programma op computer)
Van https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157
1. Send to
2. Complete record
3. File
4. Format: gene bank/FASTA/… (afh van wat je nodig hebt)
5. Create new file
1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157
2. pubmed + nr ingeven (29764999)
3. related information: gene (E2F)
4. mRNA en Protein(s): hier vind je transcript (NM_005225.3) –> op klikken
5. download and open in tekst editor
6. graphic
7. https://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=refseqn;id=NM_005225;format=default&style=raw
https://www.uniprot.org/
- geeft alle info over proteinen
- mog om GFF te downloaden = tekst file om features te beschrijven
1. zoek human hemoglobin alfa in uniprot
2. download –> entry + FASTA
3. accession number: P69905
4. download –> entry/features only + GFF
, 1. zoek in ncbi bij pubmed: The DCC gene has a role in cellular differentiation and colorectal tumorigenesis (Hedrick
et al. 1994 Genes Dev)
2. pubmed ID: 7926722
3. pubmed ID zoeken in uniprot
4. PTM/Processing –> features –> signal: AZ 1-25 en seq = MENSLRCVWVPKLAFVLFGASLFSA
3D structuur bekijken: ncbi –> structure + naam gen
swissprot = uniprot
1. SOX2
2. mRNA and Protein(s): 1 mRNA transcript: NM_003106.4
3. transcriptie factor
4. FASTA: zie eerder
5. Structuur is beschikbaar
6. Uniport: human PAX6 zoeken –> ‘family & domains’ –> scroll naar beneden –> ‘view protein in InterPro’ –> alle
sonder ‘domain’ zijn geannoteerde domeinen
Les 2
Ontologies
= formele presentatie van concepten binnen een domein en de relatie binnen die concepten (het helpt computers te
begrijpen welke dingen bestaan en hoe ze met elkaar verbonden zijn).
Gen ontologie (GO): structuur
- Moleculaire functie: wat doet het genproduct?
- Celullaire component: waar en waneer is het actief?
- Biologische processen: in welke processen doet het mee?
, 1. Ga naar uniprot: zoek ‘PAX6’ –> klink aan op mens
2. Go annotation: via deze link naar QuickGO
Onduidelijk waarom gedaan (organisme zou mens moeten zijn)
3. Zoek: cardiac development –> all –> heart development (= correct GO term)
4. Kies bij taxon (links boven) ‘homo sapiens’: 2956 genen
5. Kies bij taxon ‘mus musculus’ (muis): 2827 genen
6. Zoek opnieuw ‘cardiac development’
7. Klinkt op term nr bij ‘heart devolpment’
8. Ga naar ‘child terms’: 28
9. Download association –> export
10. Wijzig bestand van naam: voeg ‘.txt’ toe
11. Open met excel –> gegevens –> tekst naar kolom –> gescheiden –> tab –> voltooien
12. Gen naam selecten (3e kolom) –> kopieren naar niet tabblad –> gegevens –> geavanceerd –> alleen unieke records
13. Links vanonder (naast gereed): 703 unieke gen symbolen
Open biomedical ontologies (OBO)
= opslagplaats voor ontologieën met gedefiniëerde sets van standaarden en regels (GO is deel van OBO)
http://obofoundry.org
https://www.ebi.ac.uk/ols4/ontologies
1. Zoek ‘oligodendrocyte’
2. Ga naar ‘class relations’ –> develops from (RO) oligodendrocyte precursor cell –> klik hier op
3. Develops from glioblast
4. Defenitie = An early neural cell developing from the early ependymal cell of the neural tube
5. Ga naar ‘class relations’ –> ‘related from’: macroglial cell, perineural satellite cell en oligodendrocyte precursor cell
(= other cell types that are derived from this cell type)
, Gene expression
https://www.gtexportal.org/home/index.html
Entrez = ncbi
Expressie in Entrez Expressie in GTEx (betrouwbaarder)
Nee, deze genen komen al
tot expressie in de embryo
en niet in volwassenen.
Gene expression omnibus (GEO)
Zoeken tussen alle datasets
Profile neighbours: zoeken binnen een dataset
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/
Human Cell Atlas
= referentie map maken van alle humane cellen die bestaan (kijken hoe cellen zich gedragen in gezonde en zieke
omstandigheden)
https://www.humancellatlas.org
1. Ga naar ‘data’ –> ‘heart’ –> ‘HCA Heart Datasets’ –> ‘Cells of the adult human heart’ en klik hierop
2. Ga naar ‘CZ CELLxGENE’ (we zitten nu in CellXGene, Chan-Zuckerberg Initiative)
3. Zoek rechts vanboven naar ‘MESP1’ –> druppeltje aanzetten: je ziet geen expressie
4. Zoek rechts vanboven naar ‘MYH11’ –> druppeltje aanzetten: je ziet een beetje expressie
5. Links ‘all cell_types’ druppeltje terug aanzetten om te kijken in welk celtype dit gen tot expressie komt: smooth
musle cell
6. Klik op ‘gene expression’ –> filter links bij ‘tissue’ op heart –> klik op ‘smooth muscle cell’
7. Marker genes –> lijst met alle marker genen
8. Klik op ‘+ Add to dot plot’ om de plot te genereren
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur AnetteVDB. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €7,99. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
