Dit document omvat de samenvatting (info slides + lesnotities) van les 9 van het vak 'genome technology and applications'. Les 4 was gewoon een inleiding van NGS voor de taak. Hierbij moet je in groep een presentatie geven over een bepaalde NGS techniek.
Induced pluripotent stem cells (iPSCs)
1. What
Stem cells
- Can divide and create an iden-cal copy of themselves, a process called self-renewal
- Can differen-ate/mature into cells that make up every type or several types of
-ssue(s) and organ(s) in the body, a process called
pluripotency/to-potency/mul-potency
o Pluripotent: differen-ate to many other celtypes
o To-potent: differen-ate to all celtypes
o Mul-potent: selec-on of celtypes
Potency
- Different types:
o Early embryonic cells – to-potency
§ First cells created -> generated placenta and embryo-c cells
o Embryonic stem cells – pluripotency
§ AJer one week you have cells surrounding the the embryo
o Adult stem cells: e.g., hematopoie-c stem cell – mul-potency
§ Differen-ate to certain celtypes
o Induced pluripotent stem cells – pluripotency
Induced
- You start from a soma-c cell -> bring them back to a stem cell
- You add Yamanaka cells
IPSC discovery
- Different TF will bring your soma-c cells back to stem cells
- Human IPSC
o Start from fibroblast
o Couple of TF that are crucial
o It needs to be able to form 3 germ layers
2. How?
IPSC crea5on
Soma,c cells
- Start from fibroblast
- Puncture skin
o Advantages: easily to get
o Disadvantage: for some people it is s-ll to invasive and UV exposure
§ Muta-on from sun exposure is and you don’t want this
- Alterna-ves
Yamanaka factors
- 4 factors
- Different hypothesis how it is possible to go to stem cells with only 4 factors
o S-ll need to be inves-gated
, - How do you get them in
o Integrated in the genome
§ You can do it with viral methods
• + transduc-on efficiency
• + You can do it for dividing and non-dividing cells
• - Random integra-on in te genome -> disadvantage
o cMyc is a oncological driver -> can be a problem, oncological
proper-es
• - Reac-va-on of transgene
§ Non viral methods
• - Nucleofec-on/transfec-on efficiency
• - They can also re-integrate in the genome
o Non-integra-ve system
§ Viral
• It can stay quite long in the cell -> it taked quite of passages to get it out
or you can do a heat shock
• Good transduc-on efficiency
§ Non-viral
• Effect is gone quite rapidly
• Transient
• Lower reprogramming efficiency
-
Valida,on
iPSC-specific
- Morphology: visual inspec-on of colonies
o Group of cells that are iden-cal = colony
o Well defined boarder without spikes
o Cells -ghtly packed
o Ra-o of the nucleus in comparison with the cytoplasm is very high
o Nucleoli are very prominent
o Bright center in the middle
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