Resume
Samenvatting Moleculaire diagnostiek
- Cours
- Moleculaire diagnostiek
- Établissement
- Thomas More Hogeschool (tmhs)
Samenvatting moleculaire diagnostiek, flashcards te vinden op quizlet (gebruikersnaam: Anouk_Lambrechts)
[Montrer plus]
Aperçu du contenu
Moleculaire diagnostiek1. Inleiding tot opsporen van DNA-variaties
1.1 Op niveau van chromosomen
1.1.1 Polyploïdie en trisomie
• Polyploïdie
o Het aantal chromosomen in een cel is groter dan 2
• Trisomie
o Van een chromosoom zijn er 3 stuks aanwezig
o Ontstaan door non-disjunctie tijdens de meiotische deling
1.1.2 Chromosomale translocaties
• Reciproke
o Wederkerige uitwisseling tussen DNA-segmenten van
2 niet-homologe chromosomen
• Niet-reciproke translocaties komen eveneens voor en hier
gaat het veelal over inversies binnen hetzelfde chromosoom
• Mogelijke gevolgen voor fenotype na translocatie:
o Breekpunt kan in een gen liggen en functie verstoren
o Gen kan onder invloed van andere promotor komen
o Breekpunt kan in een gen liggen en er kan een
hybride gen gecreëerd worden
1.1.3 Chromosomale deleties en inserties
• Deletie = verwijderen
• Insertie = toevoegen
1.1.4 Duplicaties
• Ontstaan door oneven crossing-over
tijdens de meiose, waarbij een
chromosoom tweemaal een bepaald DNA-
fragment draagt
1.1.5 Trinucleotide repeats
• Herhalingen van 3 nucleotiden hebben
verhoogd copy nummer tot ze de threshold
over gaan en worden ze onstabiel
1.2 Op niveau van DNA
1.2.1 SNPs en INDELs
• SN(i)Ps = single nucleotide polymorhism (basepaarsubstituties)
• INDELs = samentrekking van kleine deleties en inserties
• Missense mutatie = basensubstitutie leidt tot een aminozuur verandering
• Nonsense mutatie = codon verandert in STOPcodon, verkorte eiwit is meestal niet
functioneel en wordt snel afgebroken door de cel
• Anti-nonsense mutaties = stopcodon muteert naar codon voor een AZ, eiwit wordt langer
• Silent mutaties = basenpaarverandering geeft geen aanleiding tot AZ-verandering
1
, • INDELs-basenpaardeleties en inserties = deletie of insertie van 1 of meerdere basenparen in
coderende regio kan leiden tot verschil in fenotype
• Splice site mutaties = tijdens verwijderen van intron uit de pre-mRNA wordt er gebruik
gemaakt van consensussequenties, als signaalnucleotiden veranderen, wordt de splice-
machinerie van cel misleid en het intron wordt niet of deels verwijderd
• Transcriptionele mutaties = mutaties in 5’ of 3’-flankeerde genregio’s die het transcriptie
niveau van het gen veranderen
• Mutaties die translatie aantasten = door mutatie kan de efficiëntie van de mRNA binding
aan het ribosoom veranderen
1.2.2 Epigenetische variatie op DNA methylatie van C-residuen
2. Moleculaire diagnostiek
2.1 Moleculaire diagnostiek: wat en waarom?
• qPCR
2.2 Aandoeningen die bestudeerd worden in MD
• Monogene erfelijke aandoeningen
• Somatische defecten
• HLA-typering
• Infectieuze MO
2.2.1 MD voor erfelijke aandoeningen, verschillende levensstadia
• Chronologisch onderscheiden we volgende testen
o Pre-implantatie
o Prenataal
o Postnataal
▪ Neonataal (direct na de geboorte)
▪ Presymptomatisch
▪ Dragerschap bepalingen
2.2.1.1 Pre-implantatie
• Via PCR-onderzoek op embryonale stamcel van in vitro bevrucht embryo
2.2.1.2 Prenataal
• Testen op foetus
• Verschillende manieren om DNA van de foetus te verzamelen:
o Amnioncentese of vruchtwaterpunctie: 16-20 weken
▪ Cellen uit vruchtwater onderzocht op eventuele chromosoomafwijking
▪ Cellen in cultuur gebracht en gekweekt
▪ Na 3 weken resultaat
o Chorionvillibiopsie of vlokkentest: 9-12 weken
▪ Via buikwand of via vagina
▪ Stukje weefsel van placenta genomen
▪ Veel eerder uitvoerbaar
▪ Uitslag na enkele dagen beschikbaar
o NIPT (non invasieve prenatale test)
▪ Bloedonderzoek dat ten vroegste op 12 weken uitgevoerd kan worden
▪ DNA van baby dat in moederlijk bloed terecht is gekomen onderzocht
2
, 2.2.1.3 Neonataal
• Net na geboorte
• Aantal metabole aandoeningen
2.2.1.4 Presymptomatisch
• Eventuele mutaties opsporen, alvorens ziekte tot uiting komt
2.2.1.5 Carrier detectie
• Voor recessieve aandoeningen
3. Overzicht van de technieken
• Gekende variaties = gericht een bepaalde variant analyseren
• Ongekende variaties = nagaan of in DNA-sequentie variaties voorkomen
o Nieuw geanalyseerde DNA vergelijken met referentie
• Voor gekende ‘grotere’ mutaties (deleties, inserties, trinucleotidenexpansies,
translocaties,…)
o PCR en scheiding van de amplicons volgens lengte
o Multiplex-PCR en MLPA voor exondeleties in Duchenne spierdystrofiepatiënten
o FISH
o Southern blotting
• Voor gekende SNPs en INDELs
o Restrictie-enzym gebaseerde methoden
▪ RFLP-analyse
o Allele specific oligonucleotide (ASO) assays
▪ Hybridisatie aan capture probes, gebonden op vaste dragers
• Dot of slotblot assays
• SNP-chip
▪ Hybridisatie in oplossing
• Allel specifieke-PCR
• Via molecular beacons, FRET, lineaire probes
• Smeltcurve-analyse
o Ligatie-gebaseerde methoden
▪ OLA LCR
▪ MLPA
• Voor onbekende SNPs en INDELs
o SSCP (single strand conformation polymorphism)-analyse
o Heteroduplex analyse
• Voor gemethyleerde DNA-sequenties
o Restrictie-enzymdigesten
o Methylatiegevoelige PCR-bisulfietmethode
• High throughput SNP-detection
o SNP-minisequencing
o Pyrosequening
o Next en third generation sequencing
3
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur Anoukl1. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €4,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
66579 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 14 ans