R / RStudio samenvatting en handleiding van alle codes (Onderzoekstraining 1)

R en RStudio Tutorial

R en RStudio Tutorial 1
1.1 Organisatie voordat je begint: 3
Handige functies om te weten: 3
Hulp nodig? 3
Werk organiseren (in R Script): 3
Hoe ziet RStudio eruit? (als je het opent) 4
1.1.2 Rekenen met R 5
Vectors (collectie aan getallen) 5
Andere functies met rekenen 6
Wortels, kwadraat, absolute functies 6
Logaritme en exponent 6
Gemiddelde, mediaan,standaarddeviatie, variantie, range, het bereik,
proportie 6
Teksten plakken. 7
1.2 Kansen en kwantielen 7
Verschillende verdelingen: 8
Kwantielen / Percentielen (Q) / Za scores: 8
Kansen (P) (en p-waarde) 9
1.3 Coding in R 10
Logische variabele: 11
1.4 Data lezen van externe bestanden 12
Bepalen aantal rijen en kolommen van (dsBestand) 14
1.5 Data frames 14
Overzicht krijgen 14
Missing values 15
1.6 Figures 16
Layout van de figuren 19
2.1 Preparation session voor Tutorial 2 (groot deel herhalende info van
tutorial 1) 24


1

,2.2 Making figures (gg plot) 25
Labels X as aanpassen 26
Grouped bar charts 27
GG plot: scatter plot 28
2.3 Descriptive analysis 29
Descriptive summary 29
Frequentietabel 30
Outlier analysis (extreme observaties), en Z scores 31
Z-SCORES VINDEN 32
2.4 Statistical estimation (schatten) 32
Betrouwbaarheidsinterval 32
Betrouwbaarheidsintervallen voor subsets 34
Betrouwbaarheidsintervallen berekenen met ingebouwde functies EN
P-WAARDE (bijvoorbeeld om het sneller te berekenen) 35
3.1 Voorbereiden sessie 36
3.2 Hypothese toetsen gemiddelde, tweezijdig 36
3.2b Hypothesen toetsen gemiddelde, eenzijdig 37
Type II fout berekenen en de power van een hypothesetoets voor een
gemiddelde 38
3.2c: Hypothesen toetsen proportie, eenzijdig 39
Type II-fout (β) en de power (1−β) van een hypothesetoets voor een
proportie 40
3.2d Hypothesis toetsen, functies 41
3.3 Exporteren figuren en tabellen 43




2

,1.1 Organisatie voordat je begint:
1. Maak mappen aan
a. Map ‘Tutorials’
b. Binnen ‘Tutorials’ map weer 3 folders: ‘Data’, ‘Programs’, ‘Results’
c. Zorg ervoor dat er geen spaties etc. achter zitten, anders kan R het niet
herkennen. Het moet PRECIES hetzelfde zijn.
d. Download van Canvas: in Data e.g. ‘school.csv’ bestand. In Programs de ‘lab
sessions’


Handige functies om te weten:

Hulp nodig?
→ Rechtsonder kan je een ‘help’ tabje vinden. Je kan dan in het zoekbalkje een onderwerp
opzoeken waar je hulp bij nodig hebt.

→ Je kan ook in de console of editor om hulp vragen door 2 opties (stel je zoekt info over
een plot)
1. help(plot)
2. ?plot
→ als je het in de editor doet kan die je helpen de juiste termen te vinden




→ Heb je al een functie staan waar je hulp bij nodig hebt, bijvoorbeeld: describe(dsSchool)
klik dan met je muis op ‘describe’ en gebruik toets F1. Dan zul je rechtsonder een uitleg
vinden.


Werk organiseren (in R Script):
Command/Control + Shift + C
→ wanneer je een nieuwe program code begint, voeg wat — toe om lijnen te maken en zet
er dan bijvoorbeeld tussen ‘This is the beginning’




3

, → of een uitleg over wat er nu gaat komen bijvoorbeeld: ‘time to start explain how data sets
can be used’


Hoe ziet RStudio eruit? (als je het opent)
- Het linkerpaneel is RStudio (de console):
Over de console: gegevens worden hier niet opgeslagen, dus je werkt hier normaal niet in.




Voordat je begint:
1. Global environment leegmaken (als er nog van de vorige sessie wat in staat):
remove(list=ls()) → of gebruik het bezem tekentje
2. Console leegmaken: cat("\f") → of gebruik het bezem tekentje

Bezem tekentje:




Je kan ook specifieke objecten uit je global environment verwijderen zonder alles leeg te
halen. Dit doe je met de functie rm() en door expliciet de namen van de objecten te
specificeren die je wilt verwijderen.




4