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Samenvatting - Biochemie

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Deze samenvatting combineert de aanvullende informatie die tijdens de lessen door de docent is gegeven met het handboek "Principles of Biochemistry eight edition" door David L. Nelson en Michaem M. Cox

Aperçu 4 sur 86  pages

  • 10 janvier 2025
  • 86
  • 2023/2024
  • Resume
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YLilla
3. aminozuren, peptiden en eiwitten
3.1 aminozuren
-​ chiraal (behalve Gly)
-​ 20 AZ basis voor eiwitten (= covalent gebonden AZ)
-​ L-stereoisomeren (aminogroep links) zijn per toeval meer abundant
-​ klassiek 5 groepen




1)​ apolair
-​ Gly G, Ala A, Pro P, Val V, Leu L, Iso I, Met M
-​ hydrofobe interacties
2)​ aromatische
-​ Phe F, Tyr Y, Trp W
-​ Trp, Tyr: absorberen licht → absorptie van eiwitten bij 280 nm
-​ Wet van Lambert-Beer: absorptie
log(I0/I)= epsilon*c*l




3)​ polair, ongeladen
-​ Ser S, Thr T, Cys C, Asn N, Gln Q
-​ meer wateroplosbaar door H-bruggen

, 4)​ positief geladen zijgroepen
-​ Lys K, His H, Arg R
5)​ Negatief geladen zijgroepen
-​ Asp D, Glu E
verder: 300 AZ niet in eiwitten: ze zijn niet proteïnogeen
-​ 4-hydroxyproline: afgeleid van Pro, planten CW, collageen
-​ Selenocysteine (Sec, U): afgeleid van serine
-​ Ornithine,citruline:intermediairen in arginine synthese en ureumcyclus
⇒ post-translationele modificatie
-​ reageren als zuren en basen
-​ in water ⇒ zwitterion (zowel pos als neg lading) (amfoteer of amfolyt)




​ ​ ​ ​ ​ ​ ​ pI= iso-elektrisch punt=pH waar de
nettolading 0 is

,3.2 peptiden en eiwitten
-​ peptide: ketens van AZ
-​ condensatie reactie
-​ N → C-terminus
(ook AZ sequentie qua naamgeving)
-​ verbreken peptidebinding is exotherm




-​ veel proteine bestaan enkel uit AZ groepen, maar sommige
-​ geconjugeerde proteïnen: proteïnen die een permanente associatie van een
niet-AZ groep bevatten
-​ niet-AZ groep = prosthetische groep
-​ vb: lipoproteines: lipids
-​ glycoproteine:suikers
-​ metalloproteins: metalen
3.3 werken met eiwitten (EXAMEN: methodiek kennen, met voor- en nadelen)
.eiwitten kunnen worden gescheiden en gezuiverd
-​ eiwitten kunnen worden gescheiden en gezuiverd
1)​ extractie: breken weefsels/cellen in een buffer (zodat de proteine in de cel vrijkomen)
-​ differentiële centrifugatie: scheiding naar densiteit
-​ stapsgewijze scheiding door de snelheid op te voeren (lichte en zware
fractie)
-​ snelheid opvoeren ⇒ zware deeltjes sedimenteren

, -​ kolomchromatografie
-​ vaste (stationaire) fase: poreuze matrix
-​ mobiele fase: vloeistof, beweegt door matrix
-​ bewegingssnelheid afh van eigenschappen
-​ fractioneren= scheiden eiwitmengsel in fracties
-​ de proteine opl vormt een band door diffusie spreiding ⇒ bandverbreding,
maar dit zorgt voor een verdunning (nadeel)
-​ separatie verbetert naarmate de lengte groter wordt(en ook de
verdunning is minder)




-​ ionenuitwisselingschromatografie
-​ interactie geladen eiwitten met matrix
-​ matrix synthetisch polymeer met geladen groepen
-​ kationen uitwisseling: matrix met anionen
-​ anionen uitwisseling: matrix met kationen
-​ scheiding afh van pH van opl

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