Samenvatting moleculaire biologie (cel IV). Het bevat zowel de info uit de cursus (van Sarah Gerlo & Bert Callewaert) en de powerpoints + afbeeldingen ter verduidelijking.
OH-groep op 3’C van pentose reageert met fosfaatgroep op 5’C van
pentose ander nucleotide
Vorming fosfodiësterbinding (covalente binding zeer stabiel)
Eliminatie van 1 molecule water en 2 fosfaatgroepen (pyrofosfaat)
5’-3’ polariteit
Na vorming binding: 1 zuurstof van de fosfaatgroep is nog negatief
geladen
,Maat voor lengte van dubbelstrengig DNA = aantal basenparen (bp)
Korte enkelstrengige DNA moleculen = oligonucleotiden
2.2 Secundaire structuur
Zwakke krachten
- Waterstofbruggen tussen basen van 2 complementaire DNA
strengen
H atoom wordt gedeeld door 2 elektronegatieve atomen
Dragen bij aan stabiliteit dubbele helix
Basenparing tussen A-T en C-G = ‘watson-Crick’ of
complementaire basenparing
Tussen A-T 2 H-bruggen
Tussen C-G 3 H-bruggen
Basen zijn apolair slecht oplosbaar in water
Eens basen zijn ingebouwd in nucleotide, wel polair
DNA-helix: gepaarde, relatief vlakke basen hebben de neiging om zich op
elkaar te stapelen = base stacking
Verdrijven van watermoleculen uit binnenste van de dubbele helix
Hydrofobe basen zijn dicht op elkaar gestapeld stabilisatie door
elektrostatische interacties (VdW)
Zwakke krachten ontstaan doordat elektronen constant in beweging zijn
en de atomen kleine asymmetrie in lading bezorgen
Lading fluctueert doorheen tijd
Glycosidische bindingen verbinden de basenpaar met deoxyribose
suikers
Liggen niet perfect tegenover elkaar
Suiker-fosfaatruggengraten liggen niet op gelijke afstanden van
elkaar liggen
Grote groeve van de helix: rol in sequentiespecifieke interacties
tussen DNA en eiwitten
eiwitten lezen chemische informatie in de groeve af
N- en O-atomen van de basen in de grote groeve kunnen H-
bruggen aangaan met de zijketens van de AZ van DNA-
bindende eiwitten
kleine groeve van de helix: minder chemische informatie; minder
vaak specifieke eiwit-DNA interacties
,KENMERKEN SECUNDAIRE DNA (Watson en Crick)
- DNA = dubbelstrengige helix (door H-bruggen samengehouden) A –
T en C – G
- DNA helix is rechtshandig
- Helix is anti-parallel = 5’ uiteinde ene streng is gepaard met 3’ van
complementaire streng
- Basenparen en buitenranden van de basen zijn betrokken in H-
bruggen
Zodat DNA interacties kan aangaan met ander moleculen
(voor transcriptie en translatie)
2.3 Denaturatie en renaturatie
Denaturatie = DNA strengscheiding
DNA verwarmen: H-bruggen verbroken tussen basenparen
Fosfodiësterbindingen blijven intact
Wordt spectrofotometrisch gemeten
o Basen absorberen UV licht bij λ = 260 nm
o Absorptie bij enkelstrengig DNA is 2 maal sterker dan bij
dubbelstrengig DNA
o Tijdens smelten neemt capaciteit om UV licht te absorberen
toe = hyperchromiciteit
Smelttemperatuur (Tm) = waarbij de helft van de basenparen in een
dubbelstrengige DNA gedenatureerd zijn
o Bepaald door G – C gehalte
Ook door zoutconcentratie te verlagen: minder kationen aanwezig
om de negatieve lading van de fosfaatgroep te neutraliseren
o Ruggengraten van de 2 DNA stengen gaan elkaar afstoten
o DNA kan bij lage temperatuur denatureren
Hoge PH
Organische solventen
Renaturatie = annealing
Afkoelen: complementaire DNA strengen zullen elkaar terug vinden
en nieuwe dubbele helix vormen
2 complementaire DNA strengen van verschillende oorsprong laten
basenparen = hybridisatie
Snelheid is afhankelijk van de oorspronkelijke DNA concentratie
Renaturatiesnelheden vergelijken: ‘cot’curves
o Humaan DNA verschillende buigpunten want mengsel van
verschillende types DNA
Hoog repetitief
Gemiddeld repetitief
, Uniek DNA
o Bacterie (E. Coli) geen repeterende sequenties
o Sequenties die verschillende keren voorkomen in DNA mengsel
meer kans op terugvinden complement lagere Cot-
waarde
2.4 tertiaire structuur
Lange DNA moleculen makkelijk omwentelingen bijkrijgen of verliezen
Door lokaal ontwinden van DNA dubbele helix tijdens replicatie
Door binding van DNA aan bepaalde eiwitten
Indien de uiteinden van de eiwitten niet vrij kunnen bewegen:
torsionele stress en extra windingen
= supercoiling
Circulair DNA = 2 cirkels enkelstrenig DNA die om elkaar gedraaid zijn
Positieve vs negatieve supercoiling
DNA eukaryoten dubbele helix is 2x in linkshandige spiraal rond
nucleosoom gewonden = negatieve supercoiling DNA
Gestabiliseerd door zwakke interacties tussen DNA en DNA-bindende
eiwitten
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur nicapaulien. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €12,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
