Resume
Samenvatting pathogenetica
- Cours
- Pathogenetica
- Établissement
- Universiteit Gent (UGent)
Dit is een samenvatting van pathogenetica. Ik heb deze samenvatting gemaakt adhv de powerpoints en de lessen. (alle thema's)
[Montrer plus]
Aperçu du contenu
PATHOGENETICA: hoofdstuk 1Sectie 1: het DNA
Terminologie
Genoom = al het erfelijke materiaal in een cel
= optelsom van DNA op chromosomen
= mitochondriaal DNA
à hoe groot is variabel afh van diersoort
Locus = plaats op het genoom
Allel = verschillende versies die je hebt van een bepaalde locus
• Onderscheid: normaal/wild type en abnormaal/mutant type
Genotype = versie v DNA sequentie dat individu heeft op specifieke plaats
Genetische varianten = er is een verschil tov referentie
Mutatie = zeldzame variant, frequentie in populatie van <1%
Polymorfisme = variant die frequenter voorkomt, >1%
Vragen
Is er een link tss # eiwitcoderende genen en complexiteit van organisme?
• Nee: er zijn ook niet eiwitcodernede genen die rol spelen
Is het zo dat contributie van beide ouders nr nakomeling gelijk is (50/50)?
• Nee: mitochondriaal DNA, omgevingsfactoren (V)
Vaak wordt er associatie gemaakt tussen ‘ziekte’ en ‘variant, mutatie,
polymorfisme’ – welke van deze 3?
• Mutatie
Wat kan ervoor zorgen dat zelfde variant er anders uitziet?
• Er is een nieuwe referentie of versie van annotatie
• Er is een andere referentietype
• Forward vs reverse strand
Wat heeft de voorkeur: SNP of SNV?
• SNV, want bij polymorfisme is bijkomende betekenis
Is elke variant belangrijk, speelt elke variant rol in ziektes of erfelijke
kenmerken?
• Nee
Is het genoom van alle cellen van individu identiek?
• Nee: er kan strand slippage en replicatiefouten ontstaan
Variant beschrijven
Volgorde: referentie – versie – type referentie – locatie – allelen
NC_006598.3:g.8789496G>A
Type referentie:
1) DNA: genomisch of coderend
• Genomisch: g. (AGCT)
• Coderend: c. (AGCT)
,2) Transcript: r. (AGCU)
3) Eiwit: p. (aminozuren)
Varianten classificeren
Varianten kunnen klein zijn (1bp) tot zeer groot, knunen zelfs volledige
chromosomen of genomen zijn die varieren
à grens tussen groot/klein = 50 bp
Eigenlijke DNA-verandering
• Deletie = verwijdering van 1, enkele tot grote aantallen nt
• Insertie = additie van 1, enkele tot grote aantallen nt
• Substitutie = vervanging van 1 tot enkele nt
• Puntmutatie = deletie, insertie of substitutie van 1 nt
à single nucleotide polymorphism (SNP) of single nucleotide variant
(SNV) = substitutie van 1 nt
• Inversie = stukje DNA wordt omgedraaid
• Duplicatie= stukje DNA wordt herhaald
• Translocatie = stuk DNA wordt verplaatst
Hoe classificeren?
• Grootte: klein à groot
• Eigenlijke DNA-verandering
• Effect op niveau eiwit: silent – missense – nonsense – frameshift
• Pathogeniciteit: is variant ziekteverwekkend of niet
Effect op niveau eiwit
1) Silent of synonymous variant = gn effect op AZ-samenstelling
2) Missense variant = AZ vervangen dr ander AZ
3) Nonsense variant = codon vr AZ vervangen dr stopcodon
4) Frameshift variant = deletie of insertie gepaard met lengte ≠ 3
Waarom belangrijk?
Beslissingen obv DNA-testen kunnen verregaande consequenties hebben
à dier aborteren, euthanaseren, … is het rev, …
à je mag enkel DNA-testen aanbieden vr gevalideerde varianten
• Niet makkelijk
• Het is niet omdat het aangeboden is dr labo, dat het gevalideerd is
• Veel varianten/individu à weinig F-geassocieerd
• Initiele associatie is niet altijd gevalideerd
Hoe ontstaan varianten
Belangrijk om te weten omdat het een consequentie kan hebben voor het
uitvoeren van DNA-testen
Indeling: spontane en geinduceerde mutagenese
Spontane mutagenese
1) Replicatiefouten
• Replicatie is niet foutloos
• Incorporatie fout nt à 1ste correctie dr DNA polymerase
, • Niet perfect: mutatiefrequentie 1.1-1.7 x 10(-8)
2) Strand slippage thv repeats
Tandem repeat = sequentie van 2/meerdere DNA bp dat herhaald is in die
manier dat de herhalingen naast elkaar op chromosoom liggen
(belangrijk vr ouderschapscontrole)
• Mutatiefrequentie: 1 x 10(-3 a -4)
Waarom belangrijk om mechanisme te kennen?
• Afhankelijk van lengte van stuk ga je ander effect hebben
• Lengte allel speelt dus zol
Vb: Merle en strand slippage à onverwachte resultaten, double merles
• Gevolgen qua DNA test: nodig bij nakomelingen
• Gevolgen op niveau dier: aanw meerdere allelen in versch weefsels
= mosaicisme = aanw cellen binnen individu met ander genoom van
rest van individu
Sectie 3: link met fenotypes
Mutatie = verandering van het normale DNA
• Kan grote effecten hebben, bv vachtkleur = 1 mutatie
Mendeliaans of monogenetische aandoening: één vernadering in DNA à
wereld van verschil
Polygenetische of multifactoriele aandoening: samenspel genetische
vernaderingen en omgevingsfactoren
Mendeliaanse monogenetische aandoening
1) Autosomaal D: 1 slecht allel = ziek (bv: renaal cystadenocarcinoma)
2) Autosomaal R: 2 slechte allelen = ziek (bv: multidrug resistance of
haarlengte)
3) X-linked aandoeningen: X-linked D of R: Onderscheid tussen M/V
à dominant X-linked
• M en V: 1 slecht allel = ziek
• Prevalentie V >> M
à recessief X-linked
• M: 1 slecht allel = ziek
• V: 2 slechte allelen = ziek
• Prevalentie M >> V
Complicerende factoren
Penetrantie
= probabiliteit op hebben van bepaald F als je bepaald G hebt (dus wat is
kans op het kenmerk)
, Wat is penetrantie van (AA, Aa, aa) bij autosomaal R aandoening?
• 0, 0, 1
Wat is penetrantie van (AA, Aa, aa) bij autosomaal D aandoening?
• 1, 1, 0
Verminderde penetrantie = dieren zijn genetisch allemaal hetzelfde, maar
fenotypisch zijn er sommige die het niet vertonen dat ze bv paars zijn
à penetrantie kan varieren met genotype
Voorbeelden verminderde penetrantie
1) Degeneratieve myelopathie: geleidelijk aan worden symptomen erger
(ten vroegste 5j symptomen krijgen)
2) Exercise induced collapse: vanaf bep mate van inspanning zie je het
Variabele expressiviteit
Dieren hebben allemaal paars, maar sommige hebben het meer/minder
à ze zijn wel allemaal aangetast !!!
Genetische heterogeniteit
Indelen in 2 subgroepen
1) Allelische heterogeniteit = verschillende varianten in zelfde gen
veroorzaken aandoening (bv: degeneratieve myelopathie)
2) Locus heterogeniteit = varianten in verschillende genen veroorzaken
aandoening (bv: hypertrofische cardiomyopathie bij kat)
à varianten kunnen ras-, familie-, individu-specifiek zijn
Compound heterozygositeit
= je verwacht dat dieren die homozygoot zijn voor A, degeneratieve gaan
ontwikkelen – je veracht dat dieren die homozygoot zijn voor T,
degeneratieve gaan ontwikkelen – maar dier dat zwel A als T heeft
(heterozygoot vr beide loci) kan ook symptomen ontwikkelen
= type variant ontstaan wanneer elke ouder 1 alternatief allel doneert en
die allelen zich op versch loci binnen zelfde gen bevinden
Degeneratieve myelopathie: verminderde penetrantie, genetische
heterogeniteit, compound heterozygositeit
Fenokopie
= F veroorzaakt dr milieu-invloeden dat identiek is aan F veroorzaakt dr
variant
Voorbeelden
1) Warfarine vergiftiging: fenokopie genetische stollingsziekte hond
• F = vertraagde stolling bij wonde
• Fenokopie = vit K (nodig vr activatie stollingsfactoren) à activatie à
vit K epoxide à reductie à vit K essentieel vr recuperatie à
warfarine bindt op reductase à blokkage recycling vit K à activatie
stollingsfactoren à sotllingsproblemen
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur nien1234. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €6,06. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
71851 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 15 ans