Resume
Samenvatting Genetica
- Établissement
- Universiteit Gent (UGent)
Samenvatting genetica (prof. Poppe) Contacteer me gerust voor de Word-versie na aankoop!
[Montrer plus]
Aperçu du contenu
Deborah SaundersHoorcolleges
1. basisgenetica
2. genoomdiagnostiek
3. oncogenetica
4. bindweefselaandoeningen
5. andere belangrijke genetische aandoeningen
6. zeldzame aandoeningen en exoomdiagnostiek
PGO
1. verloskunde en genetica
2. pediatrie en genetica
BASISGENETICA
HET HUMAAN GENOOM PROJECT (HGP)
- doelstelling internationaal initiatief (1990): bepalen sequentie totale
- humane genoom vóór 2005
- intiële ‘working draft’ sequentie: 2001
- ‘finale’ sequentie: 2003
- lokalisatie en identificatie van de 25 à 30.000 humane genen
1. Hierarchical shotgun sequencing
- Genoom verknipt met resrictie-enzymes → grote fragmenten
- Gekloneerd in stabiele vectoren
- Clones verknipt in kleinere fragmenten
- Sequeneren
➔ Zeer arbeidsintensief, maar positie gesequeneerde fragmenten bijzonder nauwkeurig
2. Whole genome shotgun sequencing
- Volledige genoom onmiddellijk opgesplitst in kleinere fragmenten
➔ Minder intensief, maar bioonformatische ondersteuning veeleisend
Humaan genoom
- totaal: 3 miljard bp, ~20.000 genen ~100.000 eiwitten
- gensequenties: ~5%
o exonen: 1.5%
o intronen: 3.5%
- chromosoom 1: 250Mb
- chromosoom 22: 50Mb
- gen: gemiddeld 3.000 bp
- functie van ~50% van de genen is onbekend
- ‘junk’ (afval) DNA: ~95%
- ‘repeats’ (herhalingen): >50%
- lage variabiliteit: 99,9% identiek tussen individuen
- variatie: op 10 miljoen plaatsen mogelijk (SNPs) (1/300 bp)
1
, Deborah Saunders
o gemiddeld: 3 miljoen SNP verschillen tussen 2 individuen
Niet-coderende genen
- miRNA's: korte RNA fragmenten die kunnen binden op andere RNA's --> geven aanleiding tot
afbraak van dat transcript. Gelijkenis in sequentie. Neerregulatie van bepaald gen, transcript
- lncRNA's: komen tussen in heel wat processen van transcriptionele regulatie (actief/ niet
actief)
Intron begint met GT en eindigt met AG → Eiwitten gaan deze sequenties herkennen → exonen zijn
coderend!
GENETISCHE BASIS VAN ZIEKTE
Cytogenetische afwijkingen
- chromosomale herschikkingen
- ~10Mb
- karyotypering
Moleculair cytogenetische afwijkingen
- submiscropscopische chromosoom aberraties
- ~100Kb
- FISH, arrayCGH
Moleculaire afwijkingen
- ‘mutaties’
- ~1bp
- mutatie-analyse – sequenering
MUTATIES IN HET HUMAAN GENOOM
Puntmutaties
- missense mutaties: aminozuursubsitutie
- nonsense mutaties: stopcodon → vaak afgebroken: nonsense-mediated mRNA decay
- frameschift mutaties: PTM
- splice site mutaties:
o inactivatie van een donor of acceptor site
o activatie van een cryptische splice site
Deleties & inserties
- 1bp tot volledig gen
- ‘in frame’ of ‘out of frame’
o In frame hoeft niet pathogeen te zijn, soms polymorfisme
o Out of frame: altijd pathogeen!!
Triplet repeat expansies
- triplet repeats – (CAG)n, (CGG) n, (CTG) n, ...
o Repeats voor of na coderende gedeelte
o 5'UTR voor coderende gedeelte (UTR staat voor untranslated region) --> bepaalt
promotor of genacitviteit vb. Fragile X-syndrome
2
, Deborah Saunders
o 3'UTR na coderende gedeelte (stabiliteit transcript) vb. myotone dystrofie
o In coderende gedeelte vb. polyglutaminestaart in Huntington disease
- dynamische mutaties: onstabiel (meiotisch en/of mitotisch)
- Huntington, neurodegeneratieve aandoeningen...
- Geassocieerd met anticipatie
- Fenotype erger in komende generaties (jonger, erger...) Want onstabiel --> worden groter bij
elke generatie
EFFECT VAN MUTATIES OP EIWITFUNCTIE
Vb. Loss of function → Alfa-thalassemieën, enzymopathieën, inactiverende mutaties CFTR-gen, OI
Vb. Gain of function mutaties → Trisomie, achondroplasie, sikkelcelanemie
3
, Deborah Saunders
DE MOLECULAIRE BASIS VAN MONOGENISCHE AANDOENINGEN
GENETISCHE DEFECTEN IN STRUCTUUREIWITTEN: OSTEOGENESIS IMPERFECTA
Tot deze groep behoren o.m. erfelijke ziekten die het gevolg zijn van defecten in structuureiwitten van
het bindweefsel zoals collageen (Osteogenesis Imperfecta, het syndroom van Ehlers-Danlos) en
fibrilline (het syndroom van Marfan). De meeste van deze “erfelijke bindweefselaandoeningen”
worden autosomaal dominant overgeërfd.
- Type I: milde vorm
o Wisselend aantal fracturen, blauwe sclerae, normale lichaamslengte of geen
botmisvorming, gehoorsdaling, dentinogenesis imperfecta
o Autosomaal dominant
- Type II: perinataal lethale vorm
o Doodgeboorte of sterven na geboorte
o Beenderen ernstig misvormd en verkort
o Gedisproportioneerd klein gestalte en grote schedel (zeer week), platyspondylie
o Nieuwe, “dominante” mutatie
- Type III: ernstig deformerende vorm
o Ernstige botbroosheid, te kleine gestalte (dwerggroei), misvorming beenderen vooral
OL en bekken
o Sclerae wit of blauw, vaak dentogenesis imperfecta, gehoorsverlies
o Scoliose, rolstoelgebonden, beperkte levensverwachting
o Meestal tgv nieuwe, “dominante” mutatie
- Type IV: matig ernstige vorm
o matig ernstige botbroosheid, beendermisvormingen en te klein gestalte
o Witte sclerae, meestal dentinogenesis imperfecta, soms gehoorsverlies
o Meestal hyphoscoliosis
➔ Voorzichtige mobilisatie om ontkalking en osteoporose te voorkomen
➔ Ook: bindweefselaantasting, dunne huid, slechte wondheling met verstoorde
littekenvorming, vaatbroosheid (spontane ecchymosen), lies- en navelbreuken,
hyperlaxiteit, prolaps hartkleppen
➔ Herhalingsrisico wanneer reproductie mogelijk (mild en matig ernstig): ½ of 50%
➔ Type II en III (lethale en ernstige vorm) meestal tgv nieuwe dominante mutatie, dus
herhalingsrisico laag, maar mogelijkheid germinaal mozaïcisme!
4
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur dsaunder. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €4,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
72042 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 14 ans