Inhoud
Theorie .................................................................................................................................................... 4
Thema 1 ................................................................................................................................................... 4
Structuur van het DNA & RNA ................................................................................................................. 4
Alberts pagina 2-7, 100-101, 175-178 ............................................................................................. 4
Campbell 16.1 .................................................................................................................................. 4
DNA Replicatie ......................................................................................................................................... 5
Alberts pagina 239-258 ................................................................................................................... 5
Campbell 16.2 .................................................................................................................................. 5
Endosymbiosetheorie ............................................................................................................................ 11
Alberts pagina 25-29 ..................................................................................................................... 11
Campbell 7.5 .................................................................................................................................. 11
Organisatie van het genoom in de pro- en eukaryoot .......................................................................... 12
Alberts pagina 22-23, 25-29 .......................................................................................................... 12
Campbell 7.2 .................................................................................................................................. 12
Chromosomen ....................................................................................................................................... 12
Alberts pagina 180-193 ................................................................................................................. 12
Alberts pagina 262-265 ................................................................................................................. 12
Campbell 13.2 ................................................................................................................................ 12
DNA condensatie ................................................................................................................................... 14
Alberts pagina 187-193 ................................................................................................................. 14
Thema 2 ................................................................................................................................................. 18
Subtypen RNA en de verschillende functies van deze subtypen .......................................................... 18
Alberts pagina 301-330 ................................................................................................................. 18
Centrale dogma van de moleculaire biologie (van gen naar eiwit)....................................................... 19
Alberts pagina 2-7 ......................................................................................................................... 19
Alberts pagina 301-330 ................................................................................................................. 19
Campbell 17.1 ................................................................................................................................ 19
Transcriptie initiatie, elongatie en terminatie in pro- en eukaryoot .................................................... 20
Alberts pagina 301-330 ................................................................................................................. 20
Campbell 17.2 ................................................................................................................................ 20
RNA-verwerking eukaryoot ................................................................................................................... 24
Alberts pagina 301-330 ................................................................................................................. 24
Campbell 17.3 ................................................................................................................................ 24
Transport van kern naar cytoplasma..................................................................................................... 27
mRNA afbraak prokaryoot..................................................................................................................... 28
1
,mRNA afbraak eukaryoot ...................................................................................................................... 28
Alberts pagina 351-353 ................................................................................................................. 28
Genexpressie regulatie in het algemeen ............................................................................................... 30
Alberts pagina 369-386 ................................................................................................................. 30
Regulatie transcriptie prokaryoot ......................................................................................................... 30
Alberts pagina 369-386 ................................................................................................................. 30
Regulatie transcriptie eukaryoot ........................................................................................................... 32
Alberts pagina 369-386 ................................................................................................................. 32
Thema 3 ................................................................................................................................................. 34
Translatie initiatie, elongatie en terminatie in eukaryoten en prokaryoten......................................... 34
Alberts pagina 334-361 ................................................................................................................. 34
Campbell 17.4 ................................................................................................................................ 34
Post-translationele modificatie ............................................................................................................. 39
Alberts pagina 353-357 ................................................................................................................. 39
Eiwitten ................................................................................................................................................. 40
Alberts pagina 109-121, 127, 165-166 .......................................................................................... 40
Eiwitafbraak........................................................................................................................................... 42
Alberts pagina 357-361 ................................................................................................................. 42
Regulatie translatie ............................................................................................................................... 43
Thema 4 ................................................................................................................................................. 43
Mutagenese........................................................................................................................................... 43
Alberts pagina 217-218, 237-239 .................................................................................................. 43
(Post-) replicatief herstel van DNA en Pre-replicatief herstel van DNA ........................................ 46
Albertspagina 266-288 .................................................................................................................. 46
Meiose ................................................................................................................................................... 50
Alberts pagina 1004-1005 ............................................................................................................. 50
Technieken ............................................................................................................................................ 51
Alberts pagina 463-471, 473-474, 477-478 ................................................................................... 51
Les 1 PCR ............................................................................................................................................... 51
Les 2 Knippen en plakken ...................................................................................................................... 55
Les 3 Amplificatie, isolatie en validatie van recombinant plasmide ..................................................... 58
Les 4 Validatie van recombinant plasmide ............................................................................................ 59
Les 5 Meten van genexpressie .............................................................................................................. 60
Les 6 Kwantitatieve RT-PCR ................................................................................................................... 61
Alberts pagina 502-503 ................................................................................................................. 61
Les 8 en 9 Reverse genetics ................................................................................................................... 63
2
,Les 11 Mutaties opsporen ..................................................................................................................... 66
Alberts pagina 472......................................................................................................................... 66
Les 12 Reverse gentics........................................................................................................................... 72
Alberts pagina 497-498 ................................................................................................................. 72
Opdrachten............................................................................................................................................ 75
Les 1 ....................................................................................................................................................... 75
Les 2 ....................................................................................................................................................... 75
Les 3 ....................................................................................................................................................... 76
Les 4 ....................................................................................................................................................... 77
Les 5 ....................................................................................................................................................... 77
Les 6 ....................................................................................................................................................... 77
Les 7 ....................................................................................................................................................... 78
Les 8 ....................................................................................................................................................... 78
Les 9 ....................................................................................................................................................... 78
Les 10 ..................................................................................................................................................... 78
Les 11 ..................................................................................................................................................... 79
3
, Theorie
Thema 1
Structuur van het DNA & RNA
Alberts pagina 2-7, 100-101, 175-178
Campbell 16.1
• DNA is zuur, omdat de fosfaatgroep een H+ heeft afgestaan aan de omgeving.
• In een volledige draai van de helix zijn 10,4 lagen van basen paren.
• DNA is een rechtsdraaiende dubbele helix.
• DNA is opgebouwd uit een stikstofhoudende base, deoxyribose en een fosfaatgroep. Hoe
meer fosfaatgroepen, hoe negatiever de lading.
• De base zijn Adenine, Guanine, Cytosine en Thymine. (AT en CG). Bij RNA is de T een U.
• De stikstofbase zitten aan de binnenkant. Dit zijn waterstofbruggen.
• De fosfaat-suiker backbone zit aan de buitenkant. Dit zijn covalente bindingen.
• Van der Waalskrachten tussen de basenparen houden het molecuul bij elkaar.
• Tussen de stikstofhoudende base en deoxyribose zit een glycosidische binding.
• Aan de 5’ en de 3’ zijde zitten phosphodiesterbindingen.
• Bij meerdere fosfaatgroepen zitten phosphoanhydride bindingen.
• Elektrostatische krachten= tussen DNA en eiwitten.
• Adenine en Guanine hebben 2 organische ringen. Cytosine en Thymine 1.
• Adenine en Thymine vormen 2 waterstofbindingen. Cytosine en Guanine vormen er 3
(sterker).
• Hoe meer CG, hoe hoger de temperatuur om de bindingen te verbreken, doordat CG 3
waterstofbruggen heeft en AT 2.
• Nucleoside= suiker + base
Nucleotide= nucleoside + 1 of meer fosfaatgroepen.
• Het percentage purines en pyrimidines is altijd gelijk in het genoom.
4
Theorie .................................................................................................................................................... 4
Thema 1 ................................................................................................................................................... 4
Structuur van het DNA & RNA ................................................................................................................. 4
Alberts pagina 2-7, 100-101, 175-178 ............................................................................................. 4
Campbell 16.1 .................................................................................................................................. 4
DNA Replicatie ......................................................................................................................................... 5
Alberts pagina 239-258 ................................................................................................................... 5
Campbell 16.2 .................................................................................................................................. 5
Endosymbiosetheorie ............................................................................................................................ 11
Alberts pagina 25-29 ..................................................................................................................... 11
Campbell 7.5 .................................................................................................................................. 11
Organisatie van het genoom in de pro- en eukaryoot .......................................................................... 12
Alberts pagina 22-23, 25-29 .......................................................................................................... 12
Campbell 7.2 .................................................................................................................................. 12
Chromosomen ....................................................................................................................................... 12
Alberts pagina 180-193 ................................................................................................................. 12
Alberts pagina 262-265 ................................................................................................................. 12
Campbell 13.2 ................................................................................................................................ 12
DNA condensatie ................................................................................................................................... 14
Alberts pagina 187-193 ................................................................................................................. 14
Thema 2 ................................................................................................................................................. 18
Subtypen RNA en de verschillende functies van deze subtypen .......................................................... 18
Alberts pagina 301-330 ................................................................................................................. 18
Centrale dogma van de moleculaire biologie (van gen naar eiwit)....................................................... 19
Alberts pagina 2-7 ......................................................................................................................... 19
Alberts pagina 301-330 ................................................................................................................. 19
Campbell 17.1 ................................................................................................................................ 19
Transcriptie initiatie, elongatie en terminatie in pro- en eukaryoot .................................................... 20
Alberts pagina 301-330 ................................................................................................................. 20
Campbell 17.2 ................................................................................................................................ 20
RNA-verwerking eukaryoot ................................................................................................................... 24
Alberts pagina 301-330 ................................................................................................................. 24
Campbell 17.3 ................................................................................................................................ 24
Transport van kern naar cytoplasma..................................................................................................... 27
mRNA afbraak prokaryoot..................................................................................................................... 28
1
,mRNA afbraak eukaryoot ...................................................................................................................... 28
Alberts pagina 351-353 ................................................................................................................. 28
Genexpressie regulatie in het algemeen ............................................................................................... 30
Alberts pagina 369-386 ................................................................................................................. 30
Regulatie transcriptie prokaryoot ......................................................................................................... 30
Alberts pagina 369-386 ................................................................................................................. 30
Regulatie transcriptie eukaryoot ........................................................................................................... 32
Alberts pagina 369-386 ................................................................................................................. 32
Thema 3 ................................................................................................................................................. 34
Translatie initiatie, elongatie en terminatie in eukaryoten en prokaryoten......................................... 34
Alberts pagina 334-361 ................................................................................................................. 34
Campbell 17.4 ................................................................................................................................ 34
Post-translationele modificatie ............................................................................................................. 39
Alberts pagina 353-357 ................................................................................................................. 39
Eiwitten ................................................................................................................................................. 40
Alberts pagina 109-121, 127, 165-166 .......................................................................................... 40
Eiwitafbraak........................................................................................................................................... 42
Alberts pagina 357-361 ................................................................................................................. 42
Regulatie translatie ............................................................................................................................... 43
Thema 4 ................................................................................................................................................. 43
Mutagenese........................................................................................................................................... 43
Alberts pagina 217-218, 237-239 .................................................................................................. 43
(Post-) replicatief herstel van DNA en Pre-replicatief herstel van DNA ........................................ 46
Albertspagina 266-288 .................................................................................................................. 46
Meiose ................................................................................................................................................... 50
Alberts pagina 1004-1005 ............................................................................................................. 50
Technieken ............................................................................................................................................ 51
Alberts pagina 463-471, 473-474, 477-478 ................................................................................... 51
Les 1 PCR ............................................................................................................................................... 51
Les 2 Knippen en plakken ...................................................................................................................... 55
Les 3 Amplificatie, isolatie en validatie van recombinant plasmide ..................................................... 58
Les 4 Validatie van recombinant plasmide ............................................................................................ 59
Les 5 Meten van genexpressie .............................................................................................................. 60
Les 6 Kwantitatieve RT-PCR ................................................................................................................... 61
Alberts pagina 502-503 ................................................................................................................. 61
Les 8 en 9 Reverse genetics ................................................................................................................... 63
2
,Les 11 Mutaties opsporen ..................................................................................................................... 66
Alberts pagina 472......................................................................................................................... 66
Les 12 Reverse gentics........................................................................................................................... 72
Alberts pagina 497-498 ................................................................................................................. 72
Opdrachten............................................................................................................................................ 75
Les 1 ....................................................................................................................................................... 75
Les 2 ....................................................................................................................................................... 75
Les 3 ....................................................................................................................................................... 76
Les 4 ....................................................................................................................................................... 77
Les 5 ....................................................................................................................................................... 77
Les 6 ....................................................................................................................................................... 77
Les 7 ....................................................................................................................................................... 78
Les 8 ....................................................................................................................................................... 78
Les 9 ....................................................................................................................................................... 78
Les 10 ..................................................................................................................................................... 78
Les 11 ..................................................................................................................................................... 79
3
, Theorie
Thema 1
Structuur van het DNA & RNA
Alberts pagina 2-7, 100-101, 175-178
Campbell 16.1
• DNA is zuur, omdat de fosfaatgroep een H+ heeft afgestaan aan de omgeving.
• In een volledige draai van de helix zijn 10,4 lagen van basen paren.
• DNA is een rechtsdraaiende dubbele helix.
• DNA is opgebouwd uit een stikstofhoudende base, deoxyribose en een fosfaatgroep. Hoe
meer fosfaatgroepen, hoe negatiever de lading.
• De base zijn Adenine, Guanine, Cytosine en Thymine. (AT en CG). Bij RNA is de T een U.
• De stikstofbase zitten aan de binnenkant. Dit zijn waterstofbruggen.
• De fosfaat-suiker backbone zit aan de buitenkant. Dit zijn covalente bindingen.
• Van der Waalskrachten tussen de basenparen houden het molecuul bij elkaar.
• Tussen de stikstofhoudende base en deoxyribose zit een glycosidische binding.
• Aan de 5’ en de 3’ zijde zitten phosphodiesterbindingen.
• Bij meerdere fosfaatgroepen zitten phosphoanhydride bindingen.
• Elektrostatische krachten= tussen DNA en eiwitten.
• Adenine en Guanine hebben 2 organische ringen. Cytosine en Thymine 1.
• Adenine en Thymine vormen 2 waterstofbindingen. Cytosine en Guanine vormen er 3
(sterker).
• Hoe meer CG, hoe hoger de temperatuur om de bindingen te verbreken, doordat CG 3
waterstofbruggen heeft en AT 2.
• Nucleoside= suiker + base
Nucleotide= nucleoside + 1 of meer fosfaatgroepen.
• Het percentage purines en pyrimidines is altijd gelijk in het genoom.
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