Samenvatting
Samenvatting bioinformatica
- Instelling
- Universiteit Antwerpen (UA)
Samenvatting van de lessen bioinformatica. Handig om mee te nemen naar het open boek examen. score: 15/20
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 96 pagina's
Voorbeeld 4 van de 96 pagina's
In winkelwagen1 beoordeling
Door: neginjamali1 • 1 maand geleden
Voorbeeld van de inhoud
BIOINFORMATICASAMENVATTING
Academiejaar 2019-2020
Bronnen:
Samenvatting gemaakt a.d.h.v. de lessen en PowerPoint’s van Prof. Kris Laukens
Afbeeldingen afkomstig van de PowerPoint’s van Prof. Kris Laukens
,LES 0 – VAKINFORMATIE
1. Examen
open boek Meebrengen:
Oefeningen Schrijfgerief
Open vragen Samenvatting en/of cursus
Interpretatie vragen Rekenmachine
Practicumvragen
2. Inhoud theorie
Deel 1 – Scope
H1 – intro
H2 – computerwetenschappen (achtergrond)
Deel 2 – Sequence algorithms
H3 – pairwise alignment
H4 – multiple alignment
H5 – sequence search
H6 – sequence patterns
Deel 3 – Systems
H7 – phylogenetic analysis
H8 – sequence assembly
H9 – mass spectrum matching
H10 – networks
3. Inhoud practica
4 practica:
Databases
Problem solving
Computer
Labprogramming
1
,LES 1 – INLEIDING
1. “Getting started” – inleiding
We kunnen veel leren van één enkele sequentie:
Sequenties met elkaar vergelijken
Sequenties opzoeken in databanken
Evolutionaire verwantschappen bestuderen
Patronen in sequenties vinden
Functie van een proteïne voorspellen
1.1 Data verwerven
1.1.1 Het menselijk genoom
Wat is het? Sequentie achterhalen:
= 2x 23 chromosomen DNA uit weefsel halen, kopiëren & in kleine fragmenten knippen
Elke cel heeft een exacte kopie Sequentie van elk fragment bepalen met een “sequencer”
Kunnen we de sequentie bepalen Alle sequenties vergelijken & weer aan elkaar puzzelen
(basen: A/T/C/G) o = “genome assembly”
1.1.2 Metagenomics
= van organisme naar ecosysteem
Sample nemen
Dit sequencen & hiermee bepalen welke organismen vorkomen
1.1.3 Biologische complexiteit
Centraal dogma:
Genen (het DNA)
o Is slechts één enkel niveau
Vertelt iets over sequentie
Vertelt niets over wat deze sequentie betekent
o Toevallige mutaties in DNA leiden tot evolutie
Vergelijkbaar met het groene boekje: wel woorden, geen betekenis
Transcript (het RNA)
o = het ‘programma’ dat gegenereerd wordt
o Gaat bepalen welke eiwitten gevormd worden
Eiwitten
o = de programma’s die alles zullen uitvoeren
Vergelijkbaar meteen woordenboek: woorden + betekenis
RNA & eiwitten zorgen voor extra complexiteit:
Interactie
o Moleculen (eiwitten) interageren met & beïnvloeden elkaar
Variatie
o Er is een groot aantal genen
o Nog grotere variatie in RNA & eiwitten
Spatiotemporele dynamiek
o Hoeveelheid van elk molecule veranderd met de tijd & ruimte
1.2 Data integratie
= verschillende soorten data m.b.v. computers samenbrengen
1.2.1 Emergent properties
= “het geheel van moleculen is meer dan de som van alle componenten”
Je hebt 26 letters waarmee je een tekst kan maken
Je wil de letters zo combineren dat er een betekenis achter zit (meer dan de som v/d componenten)
2
, 2. Wat is bioinformatica?
Bioinformatica:
“Het onderzoeken, ontwikkelen of toepassen van computationele hulpmiddelen & benaderingen, om het gebruik van
biologische/medische/gedrags-/gezondheidsgegevens (data) uit te breiden, waaronder degene om dergelijke gegevens te
verwerven/op te slaan/te organiseren/archiveren/analyseren/visualiseren”
complexe moleculaire data begrijpen
Computationele biologie
“De ontwikkeling en toepassing van data-analytische & theoretische methoden, wiskundige modulering en computationele
simulatie technieken, voor de studie van biologische, gedrags- en sociale systemen.”
! Een geretaleerde discipline = data mining (nog een stapje verder)
2.1 Data
Wat kunnen we met data (gegevens) doen?
Processen
Vergelijken
Opslaan
Vergelijken
…
Wat is data?
Kan gaan over moleculaire delen DNA/RNA/proteïne/3D-structuren
Kan ook gaan over wat ze doen interacties/functies/rol bij ziekte/locatie…
2.2 Relevante trends
Bioinformatica groeit erg snel:
1. Hoge-doorvoer revolutie
o Grotere doorvoer mogelijk (onderzoek op grotere schaal)
o Gevolg: alles wordt minder duur
2. Centraal dogma is ‘verouderd’
o Nog steeds geldig, maar onvolledig
o Alles is veel complexer:
RNA-processing
Post-transnationale modificaties
3. Genoom & maatschappij
o Mogelijkheid om eigen DNA te laten afnemen & sequencen
o Er bestaan online databanken
4. The big wave data
o Steeds meer & meer data geproduceerd
o Computers volstaan niet meer om alles bij te houden
5. De AL-revolutie (artificiële intelligentie)
o Nieuwe computerprogramma’s
3. Oefeningen
Oefn. 1.1
Describe for yourself three biomolecular problems that can be answered with bioinformatics techniques. You can use inspiration from
past courses.
Oefn. 1.2
What role do you think bioinformatics willplay in your future career?
Oefn. 1.3
What role do you think bioinformatics willplay in the hospital of 2025
3
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper biomed2017. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €2,99. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 52510 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen