·
c y 2003, yyElizabeth y S. yyAllman yyand yyJohn yyA. y Rhodes
, Preface
Despite your ybest yefforts, ythere yis ylittle ychance ythat ythese ysolutions yare yerror-free.
yPlease y let y us y know y of y any y mistakes y you y find, y so y that y we y can y correct y them.
Special ythanks yto ythe ypublic ylibraries yof yBerlin, yMaryland; yColumbia, yNorth
yCarolina; yand yClarksville, yVirginia yfor ytheir y hospitality, y and y to y the
ysolutions yto ybe ywritten yunder y more y pleasant y conditions y than y we y expect y most
y students y will y experience.
Elizabeth yAllman
eallman@maine.edu
John
yRhodesyjrhodes@bates.edu
yAssateague yIsland, y Maryland
yCape y Hatteras, y North
y CarolinayBuggs y Island y Lake,
y Virginia
ii
, Contents
Preface ii
Chapter y 1. Dynamic y Modeling y with y Difference y Equations 5
1.1. The y Malthusian y Model 5
1.2. Nonlinear y Models 8
1.3. Analyzing y Nonlinear y Models 10
1.4. Variations y on y the y Logistic y Model 12
1.5. Comments y on y Discrete y and y Continuous y Models 13
Chapter y 2. Linear y Models y of y Structured y Populations 14
2.1. Linear y Models y and y Matrix y Algebra 14
2.2. Projection y Matrices y for y Structured y Models 16
2.3. Eigenvectors y and y Eigenvalues 17
2.4. Computing y Eigenvectors y and y Eigenvalues 19
Chapter y 3. Nonlinear y Models y of y Interactions 21
3.1. A y Simple y Predator–Prey y Model 21
3.2. Equilibria y of y Multipopulation y Models 22
3.3. Linearization y and y Stability 24
3.4. Positive y and y Negative y Interactions 25
Chapter y 4. Modeling y Molecular y Evolution 27
4.2. An y Introduction y to y Probability 27
4.3. Conditional y Probabilities 28
4.4. Matrix y Models y of y Base y Substitution 30
4.5. Phylogenetic y Distances 34
Chapter y 5. Constructing y Phylogenetic y Trees 40
5.1. Phylogenetic y Trees 40
5.2. Tree y Construction: y yDistance y Methods y – y Basics 42
5.3. Tree y Construction: y Distance y Methods y – y Neighbor y Joining 46
5.4. Tree y Construction: y yMaximum y Parsimony 49
5.6. Applications y and y Further y Reading 51
Chapter y 6. Genetics 55
6.1. Mendelian y Genetics 55
6.2. Probability y Distributions y in y Genetics 57
6.3. Linkage 62
6.4. Gene y Frequency y in y Populations 66
iii
, CONTENTS iv
Chapter y 7. Infectious y Disease y Modeling 70
7.1. Elementary y Epidemic y Models 70
7.2. Threshold y Values y and y Critical y Parameters 71
7.3. Variations y on y a y Theme 73
7.4. Multiple y Populations y and y Differentiated y Infectivity 75
Chapter y 8. Curve y Fitting y and y Biological y Modeling 77
8.1. Fitting y Curves y to y Data 77
8.2. The y Method y of y Least y Squares 78
8.3. Polynomial y Curve y Fitting 79
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Ascorers. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €15,10. Je zit daarna nergens aan vast.