Chapter 8
Fenotype: veroorzaakt door veranderingen (mutaties) in DNA
Verschillen DNA tot uitdrukking: transcriptie en translatie
Structuur RNA
Uracil ipv thymine
Ribose ipv deoxyribose
DNA: alleen 3’ OH
RNA: ook 2’ OH
1 streng: kan waterstofbruggen vormen met andere delen van dezelfde streng
Stems (dubbelstengs)
Loops (enkelstrengs, binding eiwitten)
Transcriptie in eukaryoten
1. 2% van het DNA is eiwit coderend
2. RNA polymerase I, II en III
3. Transcriptie vindt plaats in kern
4. DNA is verpakt met eiwitten tot chromatine
GTF’s (general transcriptie factors) brengen RNA polymerase naar start transcriptie
OH aan 3’
Fosfaat aan 5’
Alleen nucleotide aan 3’ OH: RNA groeit van 5’-3’
1 van 2 DNA strengen gebruikt als template
Hoe weet RNA polymerase waar hij moet beginnen?
TATA box – TATA box binding protein
Kristallisatiepunt andere eiwitten
RNA polymerase kan hierin landen
CTD verandert steeds: andere eiwitten kunnen binden – RNA processing
mRNA processing
Capping
M7G: gemethyleerd guanine
Tijdens transcriptie – ongeveer 25 nucleotiden
Bescherming RNA
Bindingsplek voor eiwitten
Polyadenylation
Einde: RNA polymerase schrijft iets te veel over – wordt afgeknipt
Lange staart A nucleotiden door eiwitten
Bescherming RNA
Splicing
Introns worden uit pre-mRNA gehaald
Dmv snRNAs: base paring met mRNA rondom introns
Splice site: begint met GU en eindigt met AG
Hulp andere eiwitten -> spliceosome knipt in het RNA (katalytische activiteit)
Alternative splicing
Verschillende manier aan elkaar knopen exons -> verschillende eiwitten
Exon skipping
,Afbraak mRNA
1. Poly(A) staart en cap worden afbgebroken door eiwitten: mRNA gevoeliger voor afbraak
Afbraak van 5’ -> 3’ en 3’ -> 5’
2. Small interfering RNAs (siRNAs)
Dubbelstrengs RNA moleculen wordt afgebroken door de cel
siRNA past op stuk RNA -> dubbelstrengs
Dicer eiwitcomplex herkent dubbelstrengs RNA – breekt het af tot stukjes van 21 nucleotiden
Beschermt cel tegen lichaamsvreemd DNA (viraal DNA)
RNA interferentie
Dubbelstrengs RNA: gericht RNA vernietigen
Mutaties maken – rol genen in organisme
, Chapter 10
1. RNA isoleren: zonder intronen – mRNA als template
2. Primer tegenaan zetten – reverse transcriptase: RNA -> DNA
3. mRNA afbreken – elkele streng DNA
4. Nieuwe primer met ligase tegenaan zetten
5. DNA polymerase maakt dubbelstrengs DNA
Nucleotidesequentie aan primer: restrictie enzym knipt een deel af -> losse uiteinden
complementair aan ander DNA
Plasmide: extra DNA in bacterie
Losse uiteinden – ander DNA aan plakken -> recombinant DNA molecuul
Plasmide:
Origin of replication
Cloning site met herkenningssite restrictie enzymen
Selectie marker: gen dat codeert voor eiwit om antbiotica af te breken
lacZ met polylinker: kleurt wanneer niet gerecombineerd
PCR
1. Primer op template DNA
2. Denaturatie bij 96 graden (DNA polymerase denatureert)
3. Strengen uit elkaar
4. Primers kunnen binden bij 60 graden
5. Taq polymerase synthetiseert DNA
6. Weer denatureren: nieuwe primers
7. Streng wordt weer verdubbeld
8. DNA scheiden op gel
9. Kleurstof toevoegen: zien waar DNA aanwezig is
DNA sequencing:
Dideoxy sequencing
DNA polymerase heeft OH nodig voor toevoeging volgend
nucleotide
Nucleotiden zonder OH (ddNTP): polymerase
stopt
Geautomatiseerd: fluorescente
dideoxyducleotide labels
Genetic engineering:
1. In vesikels
2. Inspuiten
3. Dmv virussen
CRISPR-Cas9
In bacterie gebruikt om binnendringers te
vernietigen
Stukjes RNA wordt herkend door bacteire en
afgebroken door Cas9
Cas9: kan midden in DNA knippen
1. 20 nucleotiden synthetiseren vooraf aan
plek wat je wil veranderen
2. Cloneren, overgeschreven tot single
guide RNA
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lisabusser. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,49. Je zit daarna nergens aan vast.
