Samenvatting
Samenvatting onderdeel transcriptomics en sequencing moleculaire detectie 2
Samenvatting van moleculaire detectie met het onderdeel transcripomics en sequencing
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 5 pagina's
Voorbeeld 2 van de 5 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
SAMENVATTING ONDERDEEL SEQUENCING EN TRANSCRIPTOMICS1. Principe van Sanger en NGS sequencing
technieken
Sequencing kan gebruikt worden in:
Genoom
o De complete genetische samenstelling van een organisme, cel of virus
Transcriptoom
o Alle RNA moleculen in een cel of populatie cellen
Het duurt ongeveer 13 jaar om het gehele menselijke genoom te sequencen met een automated
Sanger sequencer
1.1 Sanger sequencing
Eerste generatie sequencing (Sanger)
Ontwikkeld in 1977 door Frederick Sanger
Er is een (klein) stukje puur klonaal DNA voor nodig
Je kan maar 1 clone per reactie sequencen
Read lengte ~500-1000 bp
Vroeger: tijdrovend en arbeidsintensief
Waarom is de maximale lengte van een Sanger read ~1000 bp
o Grotere fragmenten zijn op een polyacrylamide gel niet goed te scheiden.
o De amplitude van het signaal neemt af vanwege het afnemende aantal moleculen
van langere lengte
Shotgun sequencing:
Sequensen van random stukken DNA waarbij er uit overlap een consensussequentie wordt
bepaald
Twee types:
o Hierarchical shotgun sequencing
Genoom eerst in grote stukken
o Whole genome shotgun sequencing
Genoom gelijk in kleinere stukken
Het voornaamste verschil tussen de 2 strategieën is vooral een verschil in benodigde
computerkracht
Basen identificeren, hoe zat dat bij Sanger?:
Eindpunt polymerisatiereactie
Reactie gestopt op alle basenposities door dideoxynucleotiden
Basen worden geïdentificeerd d.m.v. elektroforese
1.2 Next generation sequencing
De basisprincipes van Next generation sequencing:
Sanger: één fragment tegelijk per reactie
NGS: een groot complex mengsel van random fragmenten per reactie
1
, Truc #1: ruimtelijke scheiding:
Het scheiden van DNA fragmenten door verankering.
Voorbeeld 1:
o Clonal Bridge Amplification (Illumina)
o Wat gebeurt er met het originele template in clonal bridge amplification?
Het wordt na de eerste amplificatie weggewassen
Voorbeeld 2: emulsion PCR (o.a. Ion Torrent)
o
Truc #2: real-time sequencing:
Sequncing by synthesis (SBS) real time sequencing
Identificeer de basen op het moment dat ze worden geïncorporeerd door de polymerase
o Oftewel je krijgt elke stap informatie over je base
Toegepast om te identificeren bij NGS
Kan gebruikt worden in:
Genomics:
o Opsporen van mutaties (Variantanalyse)
o Sequencing van nieuwe genomen (de novo sequencing)
o Identificatie van organismen in een bepaalde biotoop (Metagenomics)
o Identificeren van mensen en verwantschap (DNA profiling)
Transcriptomics:
o Expressieanalyse (RNA-seq)
o Expressie regulatie analyse (Small RNA-seq/non-coding RNA sequencing)
o Opsporen van ziekten (exRNA-seq)
1.3 NGS dataverwerking
NGS Dataverwerking:
1. Re-sequencing
Doe een alignment van alle sequenties tegen een bekend referentiegenoom
2. De novo assembly
Gebruik de overlap tussen de fragmenten om een nieuwe consensus sequentie te
assembleren
Overzicht dataverwerking:
1) Re-sequencing
+ snelheid
+ kleine verschillen worden makkelijk opgepikt
- je hebt een bestaande referentie nodig
- reads die niet mappen worden niet gebruikt (je mist dus nieuwe informatie)
2
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper ahofstra00. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €2,99. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 64438 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen