Summary of lectures of the mastercourse Molecular Biology of the Cell - PART I: lectures of Michel Haring and Maike Stam.
Master Biomedical Sciences - Medical Biology, University of Amsterdam
Michel Haring – Lecture 1: Molecular Biology: The Basics (DNA sequencing & PCR)
DNA > RNA > protein > metabolite > phenotype
DNA:
- DNA replication is semi-conservative > every new double stranded molecule consists of one old
and one new strand (left picture)
- DNA synthesis = process of the formation of phosphodiester bonds while hydrolyzing the
matching dNTP molecule (right picture)
- DNA polymerase synthesizes DNA from a double stranded “primer”
- Mistakes in DNA synthesis (normally 1 error in 105 nucleotides) can be restored through:
, • Proof-reading activity of the DNA polymerase complex (1 error per 107 nucleotides left)
• Strand-directed mismatch repair (1 error in 1010 nucleotides left)
• This does not happen in bacteria
- Chemical changes in DNA bases can cause mutation in the DNA
• Depurination = A or G deletion
• Deamination = deletion of amine group: C>T; A>G; G stops replication
• During replication: no (deletion) or any base pair will be incorporated
• Always one strand changed and one strand unchanged
• Changes can be inherited
,Sequencing:
- Dideoxy sequencing (Sanger):
• DNA synthesis while incorporating chain terminators in separate reactions for the bases
A, C, G and T
• The chain terminator (dideoxynucleotide) lacks the 3’ OH necessary for strand
extension
• DNA synthesis will stop when a dideoxynucleotide is incorporated
• Run fragments on a gel and read sequence (manually or automated using a laser and
fluorescence)
- Shotgun sequencing:
• Randomly fragmented genomic DNA (BAC library) > sequencing > assembly by
comparison of overlapping sequences
, • Contigs: assembly of smaller DNA sequences into one continuous strand
• Works well with small genomes that do not have repetitive DNA
- Pyrosequencing:
• Incorporation of a dNTP molecule supplies PPi > converted to ATP > consumed by
luciferase to yield one flash of light
• Also difficult to read repetitive sequences > higher signal when more of the same base
pairs follow up each other
Base order: ATTCCTCGG
- Ion torrent sequencing:
• H+ is released when base pair is built is > measure pH
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper ajvv. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,48. Je zit daarna nergens aan vast.
