100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na betaling Zowel online als in PDF Je zit nergens aan vast
logo-home
College aantekeningen deel 1 OMICS in de biomedische wetenschappen (5052OIB12Y) €5,92   In winkelwagen

College aantekeningen

College aantekeningen deel 1 OMICS in de biomedische wetenschappen (5052OIB12Y)

 8 keer bekeken  1 keer verkocht

Samenvatting van het eerste deel van de colleges OMICS. Tijdens het tweede jaar van de bachelor Biomedische Wetenschappen bij de UvA.

Voorbeeld 3 van de 30  pagina's

  • 2 november 2023
  • 30
  • 2020/2021
  • College aantekeningen
  • -
  • College 1 t/m 9
Alle documenten voor dit vak (2)
avatar-seller
lucavaneick
Hoorcollege 1 Introductie OiBMW

Centrale dogma; DNA (transcriptie)  mRNA (translatie)  polypeptide

OMICS = OMICS technologieën zijn hight-throughput experimental
technologieën om molecule in een cel te meten.
Experimental  gebruik in laboratoria (wet-lab)
High-throughput  veel samples, genen, eiwitten, etc. tegelijk gemeten
Moleculen  DNA, mRNA, eiwitten, metabolieten

OMICS domeinen
- DNA
o Volgorde van nulceotiden van volledig/delen DNA
o Genomics  genome
- Level van genexpressie (mRNA)
o Totaal aantal mRNA moleculen van een gen
o Transcriptomics  transcriptome
- Eiwitten
o Overvloed en variaties/modificaties van vele eiwitten tegelijkertijd
o Proteomics  proteome
- Metabolieten
o Kwantificatie en identificatie van vele metabolieten tegelijkertijd
o Metabolomics  metabolome
Omics verwijst naar richting onderzoek binnen biologie die einden in ~omics
(bovengenoemd). En dit resulteert dan in ~ome.

Genome wide meten
- Meten vele moleculen tegelijk
- Complete DNA/RNA sequenties
- Alle genen, eiwitten, metabolieten

OMICS wet-lab technologiën (paar voorbeelden)
- Next generation sequencing; NGS (genomics, transcriptomics)
- (DNA) microarrays
- Mass-spectronomy (proteomics, metabolomics)

Bij omics ook bioinformatica (data te analyseren), systeembiologie (kijken naar
complete systemen, inzicht krijgen), informatiemanagement, e-science
(computersystemen voor verwerken data).

BIG data verzamelen via OMICS, patiënt data, life style data. En dan via bio-
informatica bottleneck geanalyseerd  informatie management, integratie, data
analyse, machine learning/ artificial intelligence, visualisatie. Dit leidt dan tot
nieuwe biologische kennis.
ICT infrastructuur: opslag, computatie, cloud, grid, internet
Wet-lab  experimentele bioloog (vooral in het lab)
Dry lab  analytische bioloog (vooral achter computer)

,Dus bio-informatica, statistiek en wiskunde zijn steeds belangrijker binnen
biomedische wetenschappen. En kunnen ook biologische systemen analyseren.
Hiervoor heb je verschillende ICT infrastructuren nodig zoals cloud of computer
clusters.

Doen dit allemaal om gezondheid en ziekten beter te begrijpen en hierbij beter
diagnose te stellen of zelfs ziekte preventie te ontwikkelen. Kan ook kijken naar
behandelingen en ontwikkelen van (persoonlijke) medicijnen.

Disease signature (biomarker)
- Is groep van genen, eiwitten, metabolieten etc. (of combinatie ervan)
gemeten in, bijvoorbeeld een cel, weefsel, bloed sample (combinatie).
Gemeten patronen zijn unieke karakteristieken voor biologische
(sub)fenotypen, medische conditie, behandeling, diagnose of prognose.
- Is dus niet maar een enkel gen of eiwit

Gepersonaliseerde medicijnen erg belangrijk, want heel vaak werkt bepaalde
medicaties niet in groep personen. Want iedereen heeft andere eigenschappen
van de ziekten. Op moleculair niveau kan je patiënten indelen in verschillende
klassen.
We zijn allemaal verschillend; fysiologisch, medisch, genetisch, moleculair etc.
Dus wat werkt voor de een werkt misschien niet voor de ander.

Word meestal gekeken naar gemiddelde uitkomst bij patiëntpopulatie. Want
grote uitkomsten zijn beter voor de overleving i.p.v. persoonlijke medicijnen.
Wordt dus gekeken naar statistische uitkomsten, dus niet altijd beste optie voor
iedereen. Zou bijvoorbeeld gekeken moeten worden naar de verschillende
mutaties die patiënten hebben om zo de keuze van de behandeling daaraan te
laten afhangen  gepersonaliseerde medicatie.

Dus gepersonaliseerde medicatie = to improve stratification and timing of
preventive and therapeutic measures by utilizing biological information and
biomarkers on the level of molecular disease pathways, genetics, proteomics as
well as metabolomics.




2

, Hoorcollege 2 Next generation sequencing

Aantal nucleotiden in humane genoom = 3 miljard
Aantal humane genen = ~20.000
Dragen ook veel bacteriële cellen met ons mee

Wat is DNA (RNA) sequensen  nucleotide volgorde in kaart brengen.
Bloed, cellen of weefsel waar je DNA of RNA uit extracteerd. En dat hak je in
stukken voor een DNA bibliotheek. En daarna ga je sequensen (Sanger of NGS)

Electropherogram  grafiek met piekjes wat dan weergaf of het een A,T,C of G
was

Illumina  bedrijf dan allemaal apparaten ontwikkeld voor sequensen

NGS maakt het mogelijk om complete DNA sequenties in kaart te brengen van
het individu en ook de populatie.

Toepassingen NGS
- Volle genomen (complete DNA sequenties) in kaart brengen
- Variatie detectie (mutaties; SNPs, indels etc.)
o Exome sequencing
o Zijn veelal kleine variaties
- Structurele variatie
o Bijvoorbeeld stukken genoom die gedupliceerd of geamplificeerd
zijn
- Splice variatie (RNA-seq)
o Exonen kunnen op verschillende volgorden in elkaar worden gezet
- RNA-seq (gen expressie)
- Chip-seq (eiwit interacties met DNA in kaart brengen)
o Combinatie van Chromatin ImmunoPrecipitation (ChIP) met
NGS
o Hebt een monster en maakt daar crosslinks tussen DNA en
gebonden eiwitten. Isoleer het DNA uit cel en daarbij blijven
eiwitten vastzitten. DNA in stukken ophakken en voegt eiwit-
specifieke antilichamen. Zo kan je bepalen waar specifiek eiwit
precies zit op het DNA. Kan je extraheren dus houd dan alleen DNA
over waaraan bepaald eiwit gebonden zat. Verbreekt vervolgens
cross link en dan kan je DNA sequensen. Kan dan in genoom zien
waar de eiwitten zitten gebonden
- DNA methylatie in kaart brengen
o Aan hand van bisulfiet kan je cytosine omzetten in uracil. En daarna
dan DNA sequensen. Maar werkt alleen als DNA niet gemethyleerd
is
o Dus alle Cs die dan overblijven zijn gemethyleerd
o C/T = N (% methylatie)
- Metagenomics




3

Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:

Verzekerd van kwaliteit door reviews

Verzekerd van kwaliteit door reviews

Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!

Snel en makkelijk kopen

Snel en makkelijk kopen

Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.

Focus op de essentie

Focus op de essentie

Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lucavaneick. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,92. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 75632 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen
€5,92  1x  verkocht
  • (0)
  Kopen