Systeembiologie

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 3 uit de reader: dimensies in data. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heatmap, weefselexpressie, expressiepatroon, vector, magnitude, distance matrix, data visualiseren, principale componenten, PC, PCA, co-expressie, microbioom, assen PCA, clusters, bi-clustered heatmap, clusters maken, cladogram, average linkage, single linkage, clustervorm, chaining behavior, clumping behavior, intermediate behavior, bracket-nota...

Dit is een samenvatting van de kennisclip over file formats. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fasta files, file extension, Phred score, ASCII tabel, fastq files, metadata, Genbank, tab-separated values, TSV, compressed files etc.

Dit is een samenvatting van de kennisclip over het berekenen van afstanden tussen vectoren volgens verschillende methodes, zoals de Manhattan distance en Euclidean distance. Andere begrippen die naar voren komen, zijn afstandsmatrix, Pythagoras, vectoren, magnitude, patroon, correlatie, Pearson, similarity etc.

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over het tweede hoofdstuk uit de reader van systeembiologie. In deze samenvatting worden veel voorbeelden gebruikt om de werkwijze van R duidelijk te maken. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: computers, modulaire architectuur, R, logical, operators, rekenkundige verrichtingen, testen, variabelen, datasoorten, tabel, RAM, geheugen, harde schijf, CPU, commando's, loops, nested loop, curly braches, functies, algoritme, Euclid's algori...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over het 1e hoofdstuk uit de reader. Begrippen die hierin naar voren komen, zijn: wetenschappelijke cyclus, database, data, crAssphage, datasets, data-driven discoveries, nulhypothese, Google, top down, bottom up, ISCB, fourth paradigm, FAIR data, data recycling, sequencing machines, transcriptoom, proteoom, fasta files, Omics revolution, annotatie, metadata, error propagation, experimental validation etc.

Dit is een samenvatting van de inleiding van bio-informatica. Begrippen die hierin naar voren komen zijn: sequencing, read, illumina, WGS, whole genome shotgun, metagenoom, tree of life, genomen, HGP, human genome project, microbioom etc.

College aantekeningen van systeembiologie deel 1. Alle colleges zijn hierin verwerkt, alles wat op het tentamen kwam stond hier in.