Notes de cours
ZSO 1 bioinformatica
- Cours
- Bio-informatica
- Établissement
- Universiteit Hasselt (UHasselt)
ZSO 1 - Uitgewerkte oefeningen van ZSO 1 van bioinformatica, biomedische wetenschappen UHasselt
[Montrer plus]
Vendeur
S'abonner
Aperçu du contenu
ZSO 1: BIO-INFORMATICAOPDRACHTEN 1
OEFENING 1:
GA NAAR DE NCBI HOME PAGE (HTTP://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/), SELECTEER “NUCLEOTIDE”
EN GEEF DE VOLGENDE ACCESSION CODE IN “U54469”. BEKIJK DE INHOUD VAN DEZE FILE.
Inhoud: Drosophila melanogaster eukaryotic initiation factor 4E (eIF4E) gene, complete cds,
alternatively spliced
WAAROM STAAT ER IN DE ANNOTATED INFORMATIE 2 X MRNA EN 2 X CDS VOOR EENZELFDE
GEN?
door alternatieve splicing kunnen we verschillende mRNA’s verkrijgen => 2 verschillende
producten:
Eukaryotic initiation factor 4E-II
Eukaryotic initiation factor 4E-I
WELKE VERSCHILLENDE FILEFORMATEN KAN JE BEKOMEN VOOR DEZE SEQUENTIES?
- GenBank
- FASTA
- Graphics
1
Bij de varianten nemen zij vaak 1 of 5.
, OEFENING 2:
ZOEK HET HUMANE ICAM-1 PROTEÏNE OP. WAT IS DE ACCESSION CODE?
ICAM-1 (homo sapiens) = GenBank: CAA41977
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAA41977.1
ZOEK VERVOLGENS HET BIJHORENDE MRNA OP. UIT HOEVEEL BASEPAREN BESTAAT DIT MRNA?
GEEF HET CDS IN FASTA FORMAAT. HOEVEEL EXONEN ZIJN ER?
*om dit te doen hebben we het nucleotide nodig => onder nucleotide moeten we dan ICAM-1
aangeven*
Baseparen = 2967
Aantal exonen = zeven
CDS in fasta formaat:
>NM_000201.3:41-1639 Homo sapiens intercellular adhesion molecule 1
(ICAM1), mRNA
ATGGCTCCCAGCAGCCCCCGGCCCGCGCTGCCCGCACTCCTGGTCCTGCTCGGGGCTCTGTTCCCAGGAC
CTGGCAATGCCCAGACATCTGTGTCCCCCTCAAAAGTCATCCTGCCCCGGGGAGGCTCCGTGCTGGTGAC
ATGCAGCACCTCCTGTGACCAGCCCAAGTTGTTGGGCATAGAGACCCCGTTGCCTAAAAAGGAGTTGCTC
CTGCCTGGGAACAACCGGAAGGTGTATGAACTGAGCAATGTGCAAGAAGATAGCCAACCAATGTGCTATT
CAAACTGCCCTGATGGGCAGTCAACAGCTAAAACCTTCCTCACCGTGTACTGGACTCCAGAACGGGTGGA
ACTGGCACCCCTCCCCTCTTGGCAGCCAGTGGGCAAGAACCTTACCCTACGCTGCCAGGTGGAGGGTGGG
GCACCCCGGGCCAACCTCACCGTGGTGCTGCTCCGTGGGGAGAAGGAGCTGAAACGGGAGCCAGCTGTGG
GGGAGCCCGCTGAGGTCACGACCACGGTGCTGGTGAGGAGAGATCACCATGGAGCCAATTTCTCGTGCCG
CACTGAACTGGACCTGCGGCCCCAAGGGCTGGAGCTGTTTGAGAACACCTCGGCCCCCTACCAGCTCCAG
ACCTTTGTCCTGCCAGCGACTCCCCCACAACTTGTCAGCCCCCGGGTCCTAGAGGTGGACACGCAGGGGA
CCGTGGTCTGTTCCCTGGACGGGCTGTTCCCAGTCTCGGAGGCCCAGGTCCACCTGGCACTGGGGGACCA
GAGGTTGAACCCCACAGTCACCTATGGCAACGACTCCTTCTCGGCCAAGGCCTCAGTCAGTGTGACCGCA
GAGGACGAGGGCACCCAGCGGCTGACGTGTGCAGTAATACTGGGGAACCAGAGCCAGGAGACACTGCAGA
CAGTGACCATCTACAGCTTTCCGGCGCCCAACGTGATTCTGACGAAGCCAGAGGTCTCAGAAGGGACCGA
GGTGACAGTGAAGTGTGAGGCCCACCCTAGAGCCAAGGTGACGCTGAATGGGGTTCCAGCCCAGCCACTG
GGCCCGAGGGCCCAGCTCCTGCTGAAGGCCACCCCAGAGGACAACGGGCGCAGCTTCTCCTGCTCTGCAA
CCCTGGAGGTGGCCGGCCAGCTTATACACAAGAACCAGACCCGGGAGCTTCGTGTCCTGTATGGCCCCCG
ACTGGACGAGAGGGATTGTCCGGGAAACTGGACGTGGCCAGAAAATTCCCAGCAGACTCCAATGTGCCAG
GCTTGGGGGAACCCATTGCCCGAGCTCAAGTGTCTAAAGGATGGCACTTTCCCACTGCCCATCGGGGAAT
CAGTGACTGTCACTCGAGATCTTGAGGGCACCTACCTCTGTCGGGCCAGGAGCACTCAAGGGGAGGTCAC
CCGCAAGGTGACCGTGAATGTGCTCTCCCCCCGGTATGAGATTGTCATCATCACTGTGGTAGCAGCCGCA
GTCATAATGGGCACTGCAGGCCTCAGCACGTACCTCTATAACCGCCAGCGGAAGATCAAGAAATACAGAC
TACAACAGGCCCAAAAAGGGACCCCCATGAAACCGAACACACAAGCCACGCCTCCCTGA
OEFENING 3:
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur anasloyens. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €6,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
72042 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 14 ans