Samenvatting van hoofdstuk 7: Analyzing the structure and expression of genes and genomes , Moleculaire Genetica door T. Voet en op basis van mijn notities en slides van de les. Voor de richting Biomedische Wetenschappen.
Hoofdstuk 7: Analyzing the structure and expression of
genes and genomes
Genome structure analysis and genome projects (adhv Sanger)
Hier bespreken we hoe men heel het humane genoom heeft achterhaald met de technieken
die men toen had.
● Genoom sequeneren = rekening houden met verschillende soorten DNA
○ MtDNA ⇒ in cytoplasma, slechts 1 type en klein = makkelijk
○ Nucleair DNA ⇒ in celkern, verschillende chromosomen en groot = complex
■ Moet verknipt worden in kleine stukjes om mee te werken, maar
verliezen zo de volgorde waarin deze zaten ⇒ oplossing: overlap
creëren tussen fragmenten
● 1 Overlap maken: DNA uit bloedcellen ⇒ restrictie-endonuclease herkent een
knipplaats en knipt + partiële digestie doen = endonucleasen in een lage
concentratie toevoegen en deze maar een korte reactie tijd geven ⇒ er wordt veel
minder geknipt en er wordt overlap gecreëerd ⇒ deze stukjes worden in een vector
gestoken en in een bacterie opgegroeid (zie vorig hoofdstuk)
● 2 Elke bacterie heeft nu een stukje DNA-fragment
○ 3 ⇒ shotgun-sequencing =
willekeurig een bacterie nemen en
het DNA sequeneren + dit herhalen
tot volledig genoom is bedekt
■ Moeilijk omdat humane
genoom veel repetitieve
sequenties heeft
○ 3 ⇒ hierarchical
shotgun-sequencing = eerst een
framework map maken met
fragmenten die overlappen en dan
verder gaan ⇒ biedt oplossing voor
repetitieve sequenties (zie
afbeelding voor begrijpen overlap)
● Hoe framework map maken?
○ Adhv genetische kaarten
■ Gebaseerd op polymorfe genetische merkers en wordt gemeten in cM
1
, ■ Hoe afstand bepalen tussen deze polymorfismen? ⇒ kijken naar
meiose met homologe recombinatie
● Staan deze dichtbij elkaar ⇒ minder waarschijnlijker dat er een
homologe recombinatie heeft plaatsgevonden tussen de 2
● Staan deze verder uit elkaar ⇒ waarschijnlijker dat er een
homologe recombinatie heeft plaatsgevonden tussen de 2
● Hieruit kunnen we dus de afstand tussen bepalen in cM, bv. 1
cM betekent 1% kans op recombinatie
○ Adhv fysische kaarten
■ Gebaseerd op STS-merkers (sequence tagged sites) = sequenties met
een unieke plaats in het genoom, vaak niet polymorf, meestal buiten
genen maar sommigen ook binnen waardoor deze tot expressie
komen = ETS-merkers (expressed sequence tags sites)
In kaart brengen via screening via hybride cellen
Humane cel met hamster cel fusioneren ⇒ uit deze cel gaan at random
aantal soorten chromosomen verloren en verkrijg je een stabiele cellijn
met een aantal chromosomen. Bepalen welke chromosomen er
aanwezig zijn in de cel en hiervan DNA extraheren ⇒ van DNA PCR
uitvoeren en nagaan of STS aanwezig zijn of niet, bv. heeft STS voor van
chromosoom 3 maar niet voor chromosoom 1
2
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur EmilieFZ. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €5,00. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
