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identification et toxicologie
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MICROBIOLOGIE2. Identification et Taxonomie
Manuel de référence : « Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology »
a) Classification phénétique
Caractères utilisés pour l’identification
Avc un certain nombre de données morphologiques on peut identifier certains caractères mais pas assez précis pour
reconnaitre une bactérie. On réalise alors une autres série de tests.
→ Identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF
Colonie isolée : préparer l’extrait, le placer sur une plaque MALDI
Temps d’analyse de 30 à 45min par échantillon
Identification le jour même : 50-200 échantillons
par appareil
-> rapide et rentable
→ Identification de sous espèces et de souches infra-espèce
-> PCR
Combinaison sérotype et génotype (en italique)
, Déterminer le sérotype d’une bactérie ?
Test d’agglutination avc billes de latex
b) Phylogénie moléculaire
◉ Phylogénie bactérienne à partir de caractères phénotypiques
Technique MP (Maximum de parcimonie) ou technique par distance
Plus les souches sont proches plus les coeffs
sont proches de 1
Caract présent= 1 / absent= 0
Comparaison 2 par 2 ce qui permet de construire la
matrice de distances/ le phylogramme
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