Samenvatting
Samenvatting biochemie & biofysica I
- Instelling
- Universiteit Gent (UGent)
Samenvatting biochemie & biofysica I
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 32 pagina's
Voorbeeld 4 van de 32 pagina's
In winkelwagenVerkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
BiochemieBiochemie De wetenschappelijke tak die de structuur, organisatie en functie van levende materie
beschrijft in moleculaire termen. Bevat 3 hoofd disciplines:
-Structurele chemie van de levende materie en de relatie tussen biologische functie en
chemische structuur
-Metabolisme: totaal van chemische reacties in een molecule
-Genetische biochemie: de chemie van biologische substanties die genetische informatie
bevatten of overdragen. Dit omvat moleculaire genetica: onderzoekt erfelijkheid en
genetische informatie in moleculaire termen
Pillars of life (Koshland’s) -Programma: georganizeerd plan voor opbouw en regeneratie van een
PICERAA organisme (DNA)
-Improvisatie: de mogelijkheid van een levend organisme om het programma
aan te passen om overleving te verzekeren in veranderende omgeving
-Compartmentalizatie: de mogelijkheid van een levend organisme om zichzelf
van de omgeving af te scheiden, vb met membranen
-Energie: levende materie moet complexiteit creeëren om programma en
andere “pillars of live” te onderhouden
-Regeneratie: de mogelijkheid om te compenseren voor “slijtage” gepaard
gaande met het onderhouden van een fysiologische toestand ver buiten het
natuurlijke evenwicht.
-Aanpassingsvermogen: vermogen om te reageren op veranderende
Omgevingsfactoren
-Afscheiding: metabole processen en pathways moeten in isolatie van elkaar
kunnen doorgaan, zelfs indien ze in zelfde celcompartiment plaatsvinden
Met behulp van:
-Semipermeabele membranen: omgeven cellen & intracellulaire celorganellen
-Homeostase: een conditie waarbij de chemische compositie van een biologische systeem
constant worden gehouden
Prokaryoot (0.1-10μm) Dit is een eencellig organisme zonder de compartimentering van de cel. De cel is omgeven
door plasmamembraan en celwand. DNA is vrij aanwezig in cytosol, ze bevatten ribosomen
voor synthese proteïnen & celopp kan pili (aanhechting) & flagellae (beweging) bevatten
Eukaryoot (10-100μm) Dit zijn (meestal) meercellige organismen, enkel de plantencellen hebben een celwand.
DNA zit in celkern, en cel bevat organellen, dierlijke cellen bevatten ook lysosomen.
Dierlijke cel:
Virus Een virus is niet cellulair, Ze bevatten RNA of DNA omgeven door proteïne capsule,
beschikken niet over eigen metabole machinerie, maar gebruiken deze van gastheer om vb
proteïnen aan te maken.
Hydrofoob De moleculaire eigenschap op niet in staat te zijn om deel te nemen aan
aantrekkingsinteracties met water. Hydrofobe substanties zijn niet ionisch en apolair, ze
kunnen niet gehydrateerd worden en lossen niet op in water
Hydrofiel De mogelijkheid van een atoom of molecule om deel te nemen aan aantrekkingsinteracties
met watermoleculen. Substanties die ionisch zijn of kunnen interageren met
waterstofbruggen zijn hydrofiel. Hydrofiele substanties zijn ofwel oplosbaar in water of ten
minste hydrateerbaar.
Amfifiel Een amfifiele verbinding bevat zowel hydrofobe als hydrofiele eigenschappen. Deze
moleculen bevatten een polaire kopgroep en een hydrofobe apolaire staart (KWS keten).
, Vb van dergelijke stoffen: vetzuren, lipiden, detergenten. In waterige oplossingen kunnen
amfifiele moleculen verschillende vormen aannemen:
-Monolaag aan oppervlakte
-Micellen (lipide monolaag)
-Bilayer vesikels (lipide dubbellaag)
Het hydrofiele gedeelte wijst naar water en het hydrofobe naar de lucht/elkaar.
Buffer Buffer oplossingen zijn instaat om pH veranderingen na toevoeging van een zuur of base te
minimaliseren aangezien geconjugeerd zuur HA en geconjugeerde base A- van de
bufferende component voldoende aanwezig zijn om de toegevoegde H+/OH- te
neutraliseren. Buffer opl bevatten equimolaire concentraties van de geconjugeerde zuren
en basen bij een pH rond de pKa waardoor: beste bufferende werking.
Alifatisch Een term uit de organische chemie voor alle verbindingen die wel koolstofketens maar
geen aromatische ringstructuur bevatten (alifatische AZ) Een alifatische verbinding wordt
daarom ook wel een niet-aromatisch koolwaterstof genoemd.
Omdat koolstof en waterstof ongeveer even elektronegatief zijn en tevens wegens de vaak
grote symmetrie, is een alifatische verbinding, wanneer er geen andere atomen zijn
opgenomen in het molecuul, een apolaire verbinding. Dat betekent dat het geen of een
klein dipoolmoment heeft en dus slecht mengt met een polaire verbinding, zoals water.
Om de twee stoffen dan toch te mengen is een emulgator nodig.
Polair Een polaire verbinding is een molecuul dat bestaat uit een chemische binding met een
zodanige verdeling van de elektronen, dat het centrum van de negatieve ladingen niet
samenvalt met dat van de positieve ladingen. Een polaire verbinding is het
tegenovergestelde van een apolaire verbinding.
Om een polair molecuul te verkrijgen, zijn de volgende voorwaarden nodig: Een
sterk elektronegatief element en een zwak elektronegatief element aan elkaar gebonden,
zodat een ladingsverschil ontstaat. Zo zullen koolstof (C), helium, metaalsoorten ... niet
polair zijn & Een asymmetrisch molecuul, want anders bestaan er wel positieve en
negatieve ladingen, maar vallen de centra daarvan samen.
Tetrachloormethaan (tetra) is niet polair (het positief en negatief centrum valt
samen), trichloormethaan is wél polair.
De mate waarin verbindingen polair zijn, wordt numeriek weergegeven in
hun dipoolmoment (μ= afstand x lading) (van negatief naar positief)
Apolair Dit zijn KWS ketens, deze zijn niet ionair en kunnen geen waterstofbindingen aangaan;
deze verbindingen zijn hydrofoob/lipofiel. Als ze toch oplossen wordt er een kooi/clathrate
structuur gevormd.
Micel Kleine druppels die gevormd worden wanneer een amfifiele substantie met een polaire
kop en een apolaire staart (zoals een vetzuur) gemengd worden met een waterig midden.
Elke druppel bestaat uit een sferische cluster van amfifiele moleculen met hun polaire
hoofd gericht naar buiten en hun apolaire staart naar de binnenkant.
Amfoliet Een substantie wiens moleculen zowel zure als basische groepen hebben. Deze molecule
kan zowel protonen opnemen als afstaan
Macro-ionen Grote polyelectrolyten zoals nucleïnezuren en polyamfolieten zoals proteïnen zijn
macroionen. Elk macroion zal kleine tegen ionen aantrekken van tegenovergestelde lading
(tegenionen). De oplosbaarheid van macrionen is afhankelijk van de lading en pH van de
oplossing. Elektrostatische interacties tussen macro-ionen kunnen leiden tussen afstoting
of aantrekking (DNA-strengen dat negatief geladen zijn, stoten elkaar af, maar wordt
aangetrokken door proteïnen: positief geladen)
Osmose Beweging van water of semi-permeabele membranen om gelijke concentratie aan deeltjes
te bekomen. Diffusie door membraan naar kant met hoogste concentratie aan deeltjes
(verdunnen). Toepassing in kruidje-roer-me-niet, vleesetende planten: sluiten bladeren
, door osmotische effecten
Tegenionen Een macroion trekt een wolk van tegenionen aan, wat de macrionen van elkaar afschermt.
Isotoon Er is een gelijke concentratie zowel binnen als buiten de molecule.
Hypertoon Buiten de molecule zijn meer deeltjes waardoor water zich naar buiten gaat verplaatsen &
het volume binnen inkrimpt
Hypotoon Wanneer binnen meer deeltjes aanwezig zijn dan buiten en er water, naar binnen in de
molecule diffundeert, het volume binnen de molecule stijgt.
Amfolyt Een deeltje dat zowel een proton kan opnemen als afstaan
Aminozuur Dit is de bouwsteen van een proteïne. Aan het α-koolstof handen een:
-Aminogroep (pKa=10)
-Carboxylfunctie (pKa=2)
-Zijketen (R-groep); verschilt per aminozuur
-Waterstof
Bij fysiologische pH zitten zowel de carboxyl (COO-) als de aminogroep (NH3+) in
geioniseerde vorm (zwitterion). Gemiddelde moleculaire massa 119 g/mol
Een koolstof met 4 verschillende groepen: chiraal (stereocenter/ asymmetrische C). Alle
α-AZ hebben een stereocentrum behalve glycine (R=waterstof): achiraal.
In proteïnen: L-AZ (fisherprojectie: restgroep aan linkerkant), bepaalt de asymmetrische
vorm en specifieke herkenning liganden, stereochemie bepaalt ook secundaire structuur
(α-helix en β-blad)
De aminozuren
Glycine Gly G Alifatisch
*Kleinste AZ
*Geen chiraal centrum
*Geeft flexibiteit in eiwitketen: in
bochten van eiwitten
Alanine Ala A Alifatisch
Valine Val V Alifatisch
Hydrofoob
Leucine Leu L Alifatisch
Hydrofoob
Alifatisch
Hydrofoob
Isoleucine Ile I
, Hydroxyl/zwavel-bevattend
*-OH groep is goede nucleofiel
(enzymactiviteit)
*-OH groep kan gefosforyleerd
Serine Ser S worden
Cysteïne Cys C Hydroxyl/zwavel-bevattend
*-SH groep is goede nucleofiel
(enzymactiviteit)
*pKa van SH is 8,3: ioniseerbaar bij
hoge pH
*Oxidatie van 2 Cys zijketens
resulteert in disulfide binding
(cystine)
Threonine Thr T Hydroxyl/zwavel-bevattend
Methionine Met M Hydroxyl/zwavel-bevattend
Hydrofoob
*Kan dienen als CH3-donor in
enzymatische reacties
*Eerste AZ in eiwitsynthese
Proline Pro P Cyclisch
*Zijketens zijn covalent gebonden
met de aminegroep
*Vaak aan opp proteïne
*Cis vorm komt ook voor (4:1)
*Rigide ring: knik in proteïne
Phenylalanine Phe F Aromatisch
geconj dubbele binding: absorptie
nabij UV
Hydrofoob
Tyrosine Tyr Y Aromatisch
geconj dubbele binding: absorptie
nabij UV: detectie en kwantificatie
van proteïnen mbv
spectrofotometrische bepaling bij
280 nm
Hydroxyl/zwavel-bevattend
Hydrofoob (< door polaire zijketens)
*-OH groep kan gefosforyleerd
worden
*pKa van zijketen is 10: ioniseerbaar
bij hoge pH
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper tinedemoor. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 52510 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen