Samenvatting
Samenvatting Cel 4: partim Genetica
- Instelling
- Universiteit Gent (UGent)
Volledige samenvatting van deel Genetica van het vak Cel IV. Zeer volledig, inclusief inhoud van de lessen + cursus.
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 34 pagina's
Voorbeeld 4 van de 34 pagina's
In winkelwagen
Voorbeeld van de inhoud
Cel IV: GeneticaLes 1 en 2: Moleculaire basis van monogenische aandoeningen
H1: inleiding
Mendel
o Genen
o Dom/recessief
o Onafh overerving
Humaan genoom = 46 chromosomen => domein vd cytogenetica
o 3 miljard bp
o 98% niet coderend DNA
o Repeats: >50%
o Genetische variatie
- 99,8% identiek
- Single nucleotide varianten (SNVs)
- Structurele varianten (SVs) incl
kopijveranderingen (CNVs)
Structuur genomen
o Cis en trans, vnl niet-coderend
Chromosomen dragen DNA
o DNA bestaat uit 4 nucleotiden (G,A,T,C) rond histonen
o Groep histonen = nucleosoom
H4: Moleculaire basis van monogenische aandoeningen
4.1 Moleculaire pathologie: basisbegrippen
4.1.1 Basisbegrippen
Germinale / constitutionele mutatie
o Kan op volgende generatie
Somatische mutatie: niet doorgegeven
o Bij kanker!
Polymorfisme (=benigne variant)
o Niet geassocieerd met fenotype, onopgemerkt
Pathogene variant
o Geassocieerd met ziekte, wel fenotype
, Genlocus: locatie gen op chromosoom
Genotype: geheel van allelen aanwezig op bepaalde locus
Homozygoot: zelfde allelen voor 2 kopijen bep genlocus
Hemizygoot: mannen hebben slechts 1 X chromosoom
Heterozygoot: 2 verschillende allelen
o Variant type
o Wild type
Samengesteld heterozygoot (compound heterozygoot)
o 2 verschillende allelen voor bep genlocus
Chromosomale afwijkingen
o Klinische cytogenetica (bv interstitiële deletie, translocatie)
o Microscopisch zichtbaar
Genomische herschikkingen
o Moleculaire cytogenomica (bv deletie, duplicatie)
o Submicroscopisch
Sequentievariaties
o Moleculaire genetica
o Vroeger: puntmutaties
De novo variant: niet in ouders individu aanwezig – opzoeken met trio-analyse
4.1.2 Classificatie mutaties
4.1.2.1 Basenpaarsubstituties
Puntmutaties
Transitie
o Purine (Pu) > Pu
o Pyrimidine (Py) > Py
o Frequenter dan transversie
Transversie
o Purine naar Pyrimidine of omgekeerd
Hoge frequentie C>T: spontane deaminatie gemethyleerde cytosines (CpG hotspots)
Silent: geen AZ verandering (synoniem)
Missense (niet synoniem)
o Verandering 1 AZ
o Stopcodon!
, Nonsense
o Coderend codon -> stopcodon (=prematuur stopcodon = PTC)
Nonsense-mediated decay zorgt voor degradatie
- Enkel als het te ver van echt stopcodon gelegen is
Splice-site mutaties
o Mutatie in splice donor of splice acceptor site => aberrant RNA-splicing
o Mature mRNA = enkel exons
o Splice donor = 5’ splice site met vooral GT
o Splice acceptor = 3’ splice site met vooral AG
o Kan door substituties in intron/exonranden
4.1.2.2 Deleties/inserties
1 of meer nucleotiden in of uit
Duplicatie: DNA fragment verdubbeld
In frame
o Veelvoud van 3 nucleotiden
o Leesraam niet verstoord
o Niet perse pathogeen
Frameshift
o Geen veelvoud van 3
o Meestal pathogeen
o Meestal PTC
Totale gendeletie en totale genduplicaties
o Niet-allelische homologische recombinatie (NAHR) tss twee low copy repeats (LCRs)
- Mispairing LCRs => abnormale recombinatie
Structurele varianten (SVs) - gebalanceerd
o Grote verandering
o Deletie, insertie, inversie of translocatie mogelijk
Kopijveranderingen (CNVs) – ongebalanceerd
PM22 – door NAHR => Charcot-Marie-Tooth –- ev door consanguiniteit
o Verminderde dosage: loss of function – deletie => HNPP (hereditaire druk
neuropathie)
o Activerende mutatie: gain of function
o Inactiverende mutatie: loss of function
4.1.2.3 (Triplet) repeat-expansies – exx!
Herhalingen 3 nucleotiden: (GAA)n of (CGG)n,...
Variabele lengte
, 3 categorieën betrokken bij ziekte
o 5’UTR/promotor – niet coderend
- CGG: Fragile X Syndroom
o Coderend
- CAG: Huntington
- Allemaal neurodegeneratief
o 3’UTR – niet coderend
- CTG: myotone dystrophy = ziekte v Steinert
Dynamische mutaties
o Instabiel tijdens meiose
o Kan leiden tot patho
Stabiele mutaties
Anticipatie
o Age of onset (=aanvangsleeftijd ziekte) daalt en ernst stijgt
o Oorzaak: toename repeat expansie tijdens meiose
4.1.3 Nomenclatuur voor mutaties
Nucleotidenniveau (cDNA)
o Start met C
o Nadien A van startcodon ATG (gezien als +1)
- Voorgegane base is -1 (geen 0)
Proteïneniveau (HGVS-nomenclatuur)
4.1.4 Richtlijnen voor evalueren significantie
mutaties
Significantie variant nagaan
o Aard variant evalueren
- Totale gendeletie, nonsense en frameshift => bijna altijd patho
- Splice-mutatie => verstoring genfunctie
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Bix01. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €14,99. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 52510 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen