College aantekeningen

ALLE practica van bio-informatica samengevat

2 keer verkocht

Vak
Bio-informatica

Instelling
Universiteit Antwerpen (UA)

Dit is een samenvatting van ALLE practica van bio-informatica, volledig met duidelijke uitleg bij alle opdrachten en compleet met screenshots! Behaald punt: 16/20

[Meer zien]

Voorbeeld 4 van de 76 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 24 juni 2021
Aantal pagina's 76
Geschreven in 2020/2021
Type College aantekeningen
Docent(en) Kris laukens
Bevat Alle colleges

Volgen

Bi0med Lid sinds 5 jaar 519 documenten verkocht

€6,49

In winkelwagen

Opslaan

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

Inhoud

1. Databases & alignment.......................................................................................................................4
Section 1: databases...........................................................................................................................4
Exercise 1.1: NCBI databases..........................................................................................................4
Exercise 1.2: UniProt.......................................................................................................................9
Section 2: pairwise alignment...........................................................................................................10
Exercise 2.1: getting familiar with dot plots..................................................................................10
Exercise 2.2: studying the influence of the word size on dot plots...............................................13
Exercise 2.3: Read a dot plot........................................................................................................14
Excercise 2.4 Exploring the NW and SW algorithms.....................................................................14
Excercise 2.5 Selecting the proper alignment tool........................................................................15
Excercise 2.6: Studying the effect of the parameters on pairwise alignments..............................17
Section 3: Multiple sequence alignment..........................................................................................20
Exercise 3.1: progressive versus iterative methods......................................................................20
Excercise 3.2 Comparison of orthologous gene products.............................................................21
Overview question............................................................................................................................22
Homework........................................................................................................................................23
Q1: Extracting phenotype information from DNA........................................................................23
Q2: Drawing a dotplot by hand.....................................................................................................24
Q3: Describe briefly how you would solve following problems...................................................25
2. Search & motifs................................................................................................................................27
Section 4: Sequence similarity search...............................................................................................27
Exercise 4.1: Getting familiar with sequence similarity search: word size....................................27
Excercise 4.2: getting familiar with sequence similarity search: BLAST........................................28
Section 5: Sequence motifs..............................................................................................................33
Excercise 5.1: basic motif exercises..............................................................................................33
Excercise 5.2: motif visualization and searching...........................................................................35
3. Phylogenetic trees, protein structure & gene ontology....................................................................38
Section 6: Phylogenetic trees...........................................................................................................38
Excercise 6.1 Unkown organisms and its position in the tree of life.............................................38
Excercise 6.2: orthologs and paralogs: the evolution of hemoglobin...........................................40
Section 7. Protein structure..............................................................................................................43
Excercise 7.1: primary sequence based information....................................................................43
Excercise 7.2: Secondary structure prediction..............................................................................46
Excercise 7.3: viewing 3D protein structures................................................................................47
Section 8. Gene ontology..................................................................................................................48
Excercise 8.2: searching the GO database (GO terms)..................................................................49

, Excercise 8.3 Searching the GO database (protein)......................................................................49
Overview exercise: analysis of SARS-CoV-2 and other coronaviruses...............................................50
Coronavirus phylogeny.................................................................................................................50
Infectivity of SARS-CoV-2..............................................................................................................50
Assessing the infection risk in other vertebrates..........................................................................51
4. Next Generation Sequencing............................................................................................................53
Nota’s...............................................................................................................................................53
Introduction to the practical excercises........................................................................................57
Section 9: genome analysis...............................................................................................................59
Exercise 9.1: on FASTQ file format................................................................................................59
Appendix: description of file types...................................................................................................67
SAM/BAM files..............................................................................................................................67
VCF/BCF files.................................................................................................................................67
TESTJES PRACTICA 1-4..........................................................................................................................70

,PRACTICUM 1: databases &
alignment

, 1. Databases & alignment
Section 1: databases
Exercise 1.1: NCBI databases
1.1.1 Gene database
NCBI is a US-based organisation that maintains several reference databases for biological and
molecular data. We are interested in the Gene database right now, which you can reach by
navigating to Genes & Expression and then Gene. Underneath the search box you can click Advanced
to create a custom query. Try to look for the human version of the insulin gene.

1. Which diseases are associated with problems of insulin metabolism?

Insulin-dependent diabetes mellitus, permanent neonatal diabetes mellitus, maturity-onset diabetes
of the young type 10 and hyperproinsulinemia.

- De eerste kolom geeft de ID van het gen in de database
- De tweede kolom geeft de beschrijving van het gen
- De derde kolom geeft het chromosoom en de locatie in het chromosoom

Onder fenotypes en dan ‘associated conditions’ vindt men de geassocieerde ziekten met insulin. Hier
zijn dit verschillende vormen van diabetes. MedGen, een andere NCBI database kan gebruikt worden
om meer informatie te vergaren over de oorzaak en het fenotype van de ziekte, relevante
publicaties,…

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Focus op de essentie

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Bi0med. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,49. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 64232 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen

College aantekeningen

ALLE practica van bio-informatica samengevat

Document informatie

Onderwerpen

Geschreven voor

Verkoper

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud