100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na betaling Zowel online als in PDF Je zit nergens aan vast
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
Samenvatting Overzicht Bio informatica Cursus (Behaald Resultaat: 16/20) €6,49
In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Universiteit Antwerpen (UA)
  4.  
  5. Biomedische Wetenschappen
  6.  
  7. Bio-informatica

Samenvatting

Samenvatting Overzicht Bio informatica Cursus (Behaald Resultaat: 16/20)
 16 keer bekeken  0 keer verkocht

Dit document bevat een overzicht van alle onderwerpen van bio informatica gegeven in academiejaar . Ik heb hiervoor een overzicht gemaakt van alle algoritmes en dit al kort uitgelicht. Verder bevat het per les en practica een overzicht van de belangrijkste onderdelen en verwijzingen naar de dia's w...

[Meer zien]

Voorbeeld 1 van de 3  pagina's

Document informatie

  • 3 november 2021
  • 3
  • 2021/2022
  • Samenvatting

Onderwerpen

Geschreven voor

Alle documenten voor dit vak (10)

Verkoper

avatar-seller
lemmeslodders

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

Ex-examenvragen / Voorbeeldvragen

1. Dot matrix methode uitvoeren met zowel korte als lange woordlengte. Hoe zie je
meteen of er een hoge similariteit is (duidelijke diagonaal)? Wat is ‘woordlengte’? Wat
is het verschil tussen een korte en een lange woordlengte en hoe bepaal je of je een
korte of een lange wilt gebruiken? Duid aan (indien aanwezig): insertie, mismatch,
repeat en palindroom sequentie.

2. Needleman – Wunsch (NW) of Smith – Waterman (SW) alignement met B.A.B.A.
uitvoeren. Hoe zie je meteen of er een hoge similariteit is (groene diagonaal)? Hoe komt
deze matrix tot stand? Duid aan (indien aanwezig): insertie, mismatch en deletie.

3. Needleman – Wunsch en Smith – Waterman alignement met EMBOSS Needle and
Water,
met enerzijds twee sterk gerelateerde proteïnen en anderzijds met twee zwak
gerelateerde proteïnen. Wat is het verschil tussen een NW en een SW alignement?
Verklaar de verschillende parameters die worden weergegeven (bv. Gap penalty).
Vergelijk beide methodes a.d.h.v. de gegeven scores, alignement van de domeinen (zelf
opzoeken),… en verklaar waarom NW of SW een betere keuze is.

4. Gebruik Ugene om vijf opgegeven sequenties te aligneren op drie verschillende
manieren (bv. Clustal Omega, Kalign en MAFFT). Vergelijk de drie resultaten en bepaal
welke methode de beste is.

5. Kies via Pfam twee eiwitten uit eenzelfde eiwitfamilie en kies zelf een methode om de
sequenties ervan te aligneren. Duid in het resultaat belangrijke kenmerken aan (bv.
Een eiwitdomein). Zijn deze kenmerken correct gealigneerd door het gekozen
programma?

6. Gebruik één van de twee gekozen eiwitsequenties uit bovenstaande opdracht om een
BLAST search uit te voeren. Zoek een eiwit dat nog niet tot een eiwitfamilie toegekend
is en toon de BLAST resultaten ervan (bv. Max score, total score, E-value…). Zou je dit
eiwit onder jou gekozen eiwitfamilie klasseren? Waarom wel of niet?

7. Kies via Pfam een eiwit uit de Laminine familie. Zoek op welke domeinen er allemaal
voorkomen in deze eiwitfamilie en welke functie ze hebben. Geef overzichtelijk de
domeinen en motieven weer van het door jou gekozen proteïne (zoeken in Interpro,
Pfam, Uniprot,…) en verklaar a.d.h.v. de aanwezige domeinen de functie van het eiwit.

8. Zoek via PDB de secundaire structuur op van één van de domeinen uit de Laminine
familie. Vermeld ook de methode die gebruikt werd voor de structuurbepaling en
gegevens i.v.m. de publicatie van het artikel.

9. Een oefening i.v.m. Gene Ontology (GO). Zoek via Unitprot domeinen van eiwitten uit
de Laminine familie die instaan voor de verschillende categorieën van GO (biologisch
proces, moleculaire functie en lokalisatie).

Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:

√ Verzekerd van kwaliteit door reviews

√ Verzekerd van kwaliteit door reviews

Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!

Snel en makkelijk kopen

Snel en makkelijk kopen

Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.

Focus op de essentie

Focus op de essentie

Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lemmeslodders. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,49. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 56326 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen
€6,49
  • (0)
In winkelwagen
Toegevoegd