Korte overzicht, index, lijst die alle paginanummers weergeeft over een bepaald onderwerp om deze snel te vinden in een openboek examen. Specifiek over de slides en cursus van bio-informatica.
Hoofdstuk Onderwerpen Slides Boek pagina's
H1: Intro 7- 28
H2: Background in Database organisation 6 29-30
computer sciences Relational databases 7-8 31
Algorithms 9-14 32-37
Classification problems 33 38
Confusion matrix 35-39 39-42
ROC 40-41 42
Graph theory 43- 58 42-51
Different types of graphs 44--51 42-45
Adjacency matrix 46 46
Adjacency list 47 46
Brute force algorithm 63 51-52
Big-O-notation 65-68 53
Complexity classes 69-72 53-54
Exhaustive vs. heuristic 73 54-55
Search, decision and optimization 74-91 55-59
problems/algorithms
Iterative improvement 82-87 58-59
H3: Pairwise Match/mismatch/hamming distance 7 64-67
alignment Substitution matrix and alignment score 17-22 67-72
o Gap penalties 23-25 72-73
Global vs. local pairwise alignment 32 75
Definitions: similarity/identity/conservation 35-39 77
/Homologs/orthologs/paralogs/xenologs/
analogs
Dot matrix of dotplot 44-50 78-81
o EMBOSS dotplot 50-54 81
Global alignment 55-80 81-93
o Needleman-Wunsch 59-80 84-93
Local alignment 82-91 93-96
o Smith-Waterman
Advanced penalties 92-93 97
Substitution matrices 97-114 98-101
o PAM 115-141 102-106
o Blosum 142-150 106-108
o PAM vs. Blosum 151-154 108
H4: Multiple Use MSA 6-15 111
alignment (MSA) MSA as a graph 20-24
Dynamic methods (exhaustive) 25-37 115-120
o Lipman MSA algorithm 29-30 117-118
o Scoring multiple alignment 31-37 118-120
Progressive methods (heuristic) 39-49 121-125
o Feng-Doolittle algorithm 41-45 121-122
o Clustal W 46-49 122-125
Iterative methods 51-58 125-130
o MAFFT 57 126-127
o MUSLE 53-56 127-128
o SAGA 58 128-130
Consistency-based methods 60-67 130-132
o ProbCons 61 130-131
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper jennadeneve. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,49. Je zit daarna nergens aan vast.
