Samenvatting
Samenvatting Methoden in het Biomedisch Onderzoek 3
- Instelling
- Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
een samenvatting van alle hoorcolleges en notities. Door dit document te leren haalde ik in eerste zit een 19/20.
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 70 pagina's
Voorbeeld 4 van de 70 pagina's
In winkelwagen2 beoordelingen
Door: aaronverbeek • 11 maanden geleden
Door: astridhindryckxprive • 1 jaar geleden
Voorbeeld van de inhoud
H1: DNA1. DNA sequentiebepaling
= volgorde van basen in DNA aflezen
a. Toepassingen
De novo genoom sequentiebepaling
- Deels of volledig
- Onbekend genoom van nieuwe organismen sequencen
Resequencing
- Versus referentiegenoom
- Mutaties zoeken
- SNPs zoeken
- Diagnose, farmacogenetica, NIPT…
Aantal DNA/ RNA moleculen tellen
b. 1e generatie
Sanger sequencing
1 primer => 1 streng per keer aflezen
2 aparte reactie = FW en RV primer
betrouwbaarheid verhogen
- korte lengte
- moeite met herhalingen
- lage trouhhput, hoge kosten
Vroeger: 4 versch reacties met 1 ddNTP – scheiden op PAA
gel – aflezen
Nu: fluo gelabelde ddNTPs – scheiding via capillaire
gelelektroforese – aflezen door laser en sensor –
elektroferogram
Phred score => kwaliteitscore
- Q = -10*log(P)
- P = probaliteit van foutieve base call
- Hoge Q = goed
Insertie/ deletie => gemengd signaal > bulk sequencing
1
, Referentiesequentie Human genome project
mens maken Hierarchical shotgun sequencing
Sanger sequencing
Nature 2001
Human Genome sequencing by Celera
Whole genome shotgun sequencing
Sanger sequencing
Geen klonering => mapping moeilijk
Science 2001
Technologische ontwikkeling sequencing
- Automatisering
- Aanpak verandert
Ontwikkeling bio-informatica
Visie op data = open science
Biologische kennis
- Sequentie van genen
- Inzicht evolutie en conservatie
- Genetische verschillen tussen mensen
Nieuwe uitdagingen
- Volledige sequentie
- Meerdere species
- Individuele humane sequenties
- Persoonlijke genoomsequentie van iedereen
Precision medicine
- Kennis DNA en SNPs => diagnose, preventie…
- Farmacogenomics
= bepaald waarom mensen slecht reageren op drug
- Therapie op maat
- Ethische aspecten
c. 2e generatie: short read NGS
= massief parallel sequencen van geamplificeerde DNA moleculen
+ hoge throughput, lage kost
+ massale sequentiebepaling
+ snel, accuraat
+ weinig input nodig
- nog kortere readlengte
- veel fouten
2
,DOEL: 1 humaan genoom op 1 toestel op 1 dag
3 pijlers
1) Parallele detectie
- Clusters = kopieën van een template
- Klonale in vitro amplificatie van template
- Multiplexing van meerere clusters
2) Miniaturisatie
3) Integratie
= directe detectie
STAP 1: Moet complex zijn
AANMAAK DNA Genoeg versch sequenties hebben
LIBRARY Stel: tekort => bacteriofaag DNA erbij & later weghalen
3
, Types
- WGS
- WES/ taregeted
- Amplicon sequencing
SOMS: tagmentatie & adaptorligatie samen
- Illumina Nextera kit
- Transposase: knippen & ligeren
- PCR cycli => extra barcodes en adaptoren toev
STAP 2: = in parallel verschillende templates kopiëren
KLONALE IN Solid phase bridge amplification
VITRO
AMPLIFICATIE
Emulsie
Rolling circle amplificatie in oplossing
STAP 3: Sequencing by synthesis
SEQUENCING = synthese streng complementair aan template
Nadeel: fouten bij homopolymeren & indels
4
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper JenteDG. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,99. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 53068 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen