100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na je betaling Lees online óf als PDF Geen vaste maandelijkse kosten
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
Samenvatting Biochemie - VUB €9,99
In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Vrije Universiteit Brussel (VUB)
  4.  
  5. Biologie
  6.  
  7. Biochemie (006333)

Samenvatting

Samenvatting Biochemie - VUB

2 beoordelingen
 16 keer verkocht

Deze samenvatting omvat alle hoorcolleges van het vak Biochemie, gegeven door prof. Steyaert op de VUB. Volgende hoofdstukken (volgens de hoc's) komen aan bod: H1: Biochemistry, an envolving science ; H2: Protein composition and structur ; H3: Exploring proteins and proteomes ; H4: DNA, RNA an...

[Meer zien]
Laatste update van het document: 3 jaar geleden

Voorbeeld 7 van de 150  pagina's

Document informatie

  • Nee
  • Zie beschrijving
  • 15 januari 2022
  • 15 januari 2022
  • 150
  • 2021/2022
  • Samenvatting

Onderwerpen

Gekoppeld boek

book image

Titel boek:

Auteur(s):

  • Uitgave:
  • ISBN:
  • Druk:

Meer samenvattingen voor studieboek

Alles voor dit studieboek (20)

Geschreven voor

Alle documenten voor dit vak (3)

2  beoordelingen

review-writer-avatar

Door: timdirven • 4 maanden geleden

review-writer-avatar

Door: matsiwens • 1 jaar geleden

Verkoper

avatar-seller
lunawillems1

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

BIOCHEMIE
H1: Biochemistry: An Evolving Science
Biochemie = studie van chemische levensprocessen

Biochemische samenhang ligt aan basis van biologische diversiteit
Alle levensvormen hebben dezelfde biochemische basis = compounds (metabolieten en macromoleculen)

- Dezelfde metabolieten, bv.:
 Glucose
o Vroege aarde: toename aan O2 zorgt voor betere verbranding glucose → °meer organismen
 Glycerol
- Gelijkaardige macromoleculen
 Eiwitten < DNA
o Structuurfunctie = structuur van macro-molec. cruciaal voor functies van molecules
▪ Bv. dubbel helix, complementariteit, anti-parallel…
o Functie DNA : harde schijf van genetische info

- Bv. geneesmiddelen op muizen testen → toepassen op mensen

→ gemeensch. compounds = beste argument voor evolutie → gemeens. voorouder

- Bacteria
- Eukarya
- Archaea


DNA illustreert de relatie tussen structuur en functie
- Lineaire polymeer van vier types basen op een
suikerfosfaatruggengraat
 Complementaire basenparen
o Adenine – Thymine
o Cytosine – Guanine
 Makkelijk kopies maken door telkens complementaire basen te plakken
 Back-ups mogelijk: bv. mutaties kunnen hersteld worden via info van complementaire streng
- Dubbele helix
- Anti-parallel: 5’ → 3’ en 3’ → 5’
- Erfelijkheid
 Elke streng dient als template voor een nieuwe gesynthetiseerde streng


Basis concepten van chemie verklaren de eigenschappen van biologische moleculen
Chemische interacties bepalen de structuur

- Solvent eigenschappen belangrijk!
 Bv. bij vorming van DNA →
 Water = solvent of life

Covalente binding
Elektronen worden gedeeld tussen atomen

- Sterke binding met veel energie
 C-C → 85 kcal/mol
 C=O → 175 kcal/mol
- Quasi irreversibel
- Bv. tussen basen en suikerfosfaatruggengraat in DNA
- Bv. acetaat
- Soms meerdere patronen mogelijk
1 Luna Willems – Biologie – VUB 2021 – 2022

,  Bv. adenine




- Chemische reacties = breken en vormen van covalente bindingen
 Arrow pushing: e- delen
o Elke pijl = elektronenpaar




Niet-covalente binding
- Zwakke interacties
 Veel tezamen = significant
- Makkelijk breken en vormen
- Reversibel

1. Elektrostatische interactie
- Hoe hoger de lading, hoe hoger de energie
- Wet van Coulomb: E = k q1 q2 / D r
 D = dialectische constante
o beschrijft eigenschappen
o meestal 1
o D = 80 bij H2O → extreem → heel zwakke binding
▪ Dus interactie in vacuüm veel sterker dan in H2O
- 1,4 kcal/mol

2. Waterstofbruggen
- Donor & acceptor
- Tussen de twee DNA-strengen
 A – T: 2
 C – G: 3
 DNA makkelijk kunnen openritsen
- H2O kan acceptor én donor zijn
 Kan 4 bruggen vormen
- Vaak 3 Å als lengte tussen d & a



3. Van der Waals interactie
- 0,5 – 1 kcal/mol
- Kernen bij elkaar brengen = onmogelijk want dan krijg je oneindige energie
- Van der Waals afstand: minimale energie
- In DNA: basenparen op een afstand houden → °dubbele helix




2 Luna Willems – Biologie – VUB 2021 – 2022

,4. Hydrofobe interactie
- Eigenschappen water
 Polair
 Telkens 4 bruggen
 Heel cohesief = hoge onderlinge aantrekkingskracht tussen moleculen
o Liefst 4 x H2O als buren

- Hydrofobe effect: apolaire moleculen kunnen niet aan waterstofbindingen of ionische interacties met het solvent
doen
 Bv. olie (geen N of O bv.) in water zal 1 fase vormen
o Kan niet interageren met water: geen N of O bv.
o Opp. olie daalt, opp. water stijgt
▪ Meer waterstofbruggen kunnen gevormd worden



Thermodynamica
- Bepaalt gedrag van biologische systemen
 Onder welke condities kunnen specifieke processen al dan niet plaatsvinden?
- 1e wet: wet van behoud van energie
- 2e wet: de totale entropie (ΔStotaal) van een systeem en zijn omgeving stijgt voor een spontaan proces
 Omgeving = universum – systeem
 2 H2 + O2 ↔ 2 H2O
o Ssysteem daalt
o Somgeving stijgt
o Hsysteem stijgt: enthalpie = energie afgegeven aan de omgeving (anders knalt 2H 2 + O2)




Gibs vrije energie

= vrije energie: omvat zowel de entropie van het systeem als van de omgeving (warmte die vrijkomt uit het systeem)




➔ Berekenbaar of entropie daalt/stijgt en dus of een proces spontaan of niet is



Heat release

Warmte komt vrij in de omgeving bij de vorming van de dubbele helix!

➔ 60 kcal/mol moet geabsorbeerd worden voor constante T




3 Luna Willems – Biologie – VUB 2021 – 2022

,Zuur-base reacties
- pH bepaalt bv. ionisaties
 bv. guanine kan een proton verliezen bij pKa = 9,7




- pH = 7
 zuurtegraad mens + gebufferd (pH niet te snel doen stijgen/dalen)
 guanine = geprotoneerd → °H-bruggen mogelijk
- Fosforzuur = belangrijke buffer in biologische systemen




De genomische revolutie transformeert biochemie, geneeskunde en andere gebieden

- Genoom
 Codeert eiwitten & bevat info over plaats waar ze moeten zijn, locatie, tijd…
 Sequeneren van het genoom wordt steeds goedkoper
 Bv. migratie van mensen duizenden jaren geleden dmv vergelijken van DNA sequenties ondersteunt
- The human microbiome
 obv wat we eten en micro-organismen die we tegenkomen wordt onze eigen biochemie beïnvloed
- Moleculaire representaties
 Space filling, ball-and-stick, skeletal, stereochemie (isomeren (spiegelbeelden), Fisher)
 Kleurcode
o O = rood
o C = zwart
o H = wit
o S = geel
o N = blauw




4 Luna Willems – Biologie – VUB 2021 – 2022

,H2: Protein Composition and Structure
Proteïnen bestaan uit combinaties van aminozuren
- Lineaire keten van aminozuren dat zich via structuurelementen verder opvouwt tot 3D (tertiaire) structuur
- Meerdere eiwitten samen = quaternaire structuur

Structuur = biologische functie
- Volledige structuur van eiwit bepaalt vooral de functie ervan
- Bv. een symmetrisch dimeer van 2 eiwitten dat zich rond
DNA bindt
 Interageert met DNA dat ook een tweevoudige
symmetrie heeft
 3D structuur van het dimeer bepaalt of het rond DNA
kan of niet

Veel eiwitten werken in eiwitcomplexen
- Bv. in spieren: gespecialiseerde cellen met meerdere nuclei met daarin sarcomeren
 Sacromeren bestaan uit vezels = complexe combinatie van eiwitten die samenwerking en
over elkaar schuiven voor contractie
 Motoreiwitten!

Sommige eiwitten zijn rigide, andere flexibel
- Meestal dynamisch/flexibel
- Bv. een eiwit dat een ijzeratoom kan binden
 Als het gebonden is, ondergaat het een conformatieverandering om ijzer af te schermen
van solvent
- Dynamiek en conformationele wijzigingen bepalen dus mee de functie!

Structuur aminozuren
= 20 mogelijke chemische bouwstenen voor eiwitten

Alle levende wezens gebruiken exact dezelfde 20 aminozuren!

“Aminoacid”
< organische molecules: altijd een koolstof centraal
< 4 substituenten:

- 1 waterstof langs Cα kant
- 1 amino: NH3+
- 1 acid: COO-
- Restgroep R
 zorgt voor variatie tussen aminozuren

Stereochemie: isomeren
- L-isomeer
- D-isomeer

→ alle aminozuren zullen enkel van L-isomeren zijn!

D-isomeren zijn ook mogelijk → velen zijn toxisch! → komt dus niet voor in biologische systemen

Chemische diversiteit: 20 mogelijke zijketens (restgroep)
Divers qua…

- Grootte
- Vorm
- Lading
- Eigenschappen om waterstofbruggen te kunnen vormen
5 Luna Willems – Biologie – VUB 2021 – 2022

, - Eigenschappen mbt hydrofoob karakter
- Al dan niet chemisch reactief

Het zijn zwitterions
= zowel een negatief als positief geladen deel

- NH3+ = ioniseerbaar → proton verliezen
- COO- = ioniseerbaar → proton opnemen
- Onder pH 7 zijn beiden geladen: globaal zijn ze negatief
(!) → goed wateroplosbaar
- Sommige andere zijketens zijn los van dit ook
ioniseerbaar



- Bij lagere pH: proton opnemen → op COO- plaatsen
- Bij hogere pH: proton afgeven → van NH3+ afhalen



Soorten
➔ 20 AZ’s die in evolutie gekozen zijn omdat ze een grote diversiteit aan chemische eigenschappen hebben
➔ Zouden moeten opgenomen zijn uit de omgeving (vandaag de dag is omgeving chemisch heel anders)
➔ 20 AZ’s zijn chemisch heel stabiel
➔ Meeste micro-organismen maken hun eigen AZ
➔ Wij maken slechts 11 zelf, de rest via voeding

Glycine (Gly, G)
- Eenvoudigste
- Zijketen = waterstof = H
- Geen asymmetrische eigenschappen
 Geen isomerie
 Wel bij alle anderen!

Methygroep
Alanine (Ala, A)
- Zijketen = methylgroep = CH3




Valine (Val, V)
- Zijketen = 3 methylgroepen = 3 x CH3




Leucine (Leu, L)
- Zijketen = 4 methylgroepen = 4 x CH3




6 Luna Willems – Biologie – VUB 2021 – 2022

, Isoleucine (Ile, I)
- Zijketen = 4 methylgroepen in andere constellatie
= 4 x CH3




Methionine (Met, M)
- Zijketen = 3 methylgroepen + 1 zwavel = 3 x CH3
en S




Proline (Pro, P)
- Speciale
- Secundaire amino (hangt vast aan 2 andere
ketens)
 Zijketens zitten in hoofdketen
- In bijna alle eiwitten



Aromatische zijketens
Kan meeste licht absorberen + groep dat bij fotospectrometrie gebruikt kan worden om naar eiwitten te kijken
Phenylalanine (Phe, F)
- Zijketen = benzeenring
- Alaline met phenylgroep




Tyrosine (Tyr, Y)
- Zijketen = phenolring + hydroxylgroep
 OH → alcohol
- Alanine met phenolgroep
- Beetje fluorescent




Tryptofaan (Trp, W)
- Heterocyclische ring = benzeering +
stikstofhoudende vijfring
- Dus 2 aromatische ringen
- Grootste fluorescente eigenschappen!




7 Luna Willems – Biologie – VUB 2021 – 2022

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Focus op de essentie

Focus op de essentie

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lunawillems1. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €9,99. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 69052 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen
€9,99  16x  verkocht
  • (2)
In winkelwagen
Toegevoegd