Samenvatting

Samenvatting voor FBT04 - Dry Lab

2 keer verkocht

Vak
FBT04

Instelling
Hogeschool West-Vlaanderen (HoWest)

De samenvatting kan gebruikt worden voor het openboek examen van FBT04. Het is een volledig document waarin zowel de uitleg van alles staat als de verschillende stappen die moeten worden gedaan om resultaat te behalen via de verschillende programma's.

[Meer zien]

Voorbeeld 2 van de 44 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 23 januari 2022
Aantal pagina's 44
Geschreven in 2020/2021
Type Samenvatting

bio informatica
ncbi
biogrid
cytoscape
ngs
brh
msa
algoritme
megax
clustalw
mucle
fylogenetische boom
snp
clusteren
k means
weka
normalisatie expressiedata

Volgen

BLTstudent Lid sinds 3 jaar 13 documenten verkocht

€4,99

Ook beschikbaar in voordeelbundel v.a. €10,49

In winkelwagen

Opslaan

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

Ook beschikbaar in voordeelbundel (1)

FBT voor Howest

€ 13,47 € 10,49 3 items

1. Samenvatting - Samenvatting statistiek - mlt 01 (of fbt01)
2. Samenvatting - Samenvatting voor fbt04 - dry lab
3. Samenvatting - Samenvatting fbt05 - werken in een analyselab voor voeding
Meer zien

Leerdoelen
1.1 Hoofdstuk 1
 De student zoekt biologische informatie op van een target in literatuurdatabanken
(Pubmed)
 De student zoekt moleculaire informatie op van een target in courante (sequentie)
databanken
1.2 Hoofdstuk 2
 De student verkent de moleculaire context van
een target met behulp van eiwitinteractie netwerken
1.3 Hoofdstuk 3
 De student analyseert gen en eiwit expressiedata met als doel het verkrijgen van
informatie in verschillende condities
 De student gebruikt Excel voor het verwerken van ruwe biologische gegevens
zoals qPCR data
1.4 Hoofdstuk 4
 De student definieert de belangrijkste soorten van (high-throughput) functionele
genomics experimenten (microarray en NGS experimenten)
 De student selecteert een microarray/NGS platform op basis van een biologische
onderzoeksvraag
 De student analyseert gen en eiwit expressiedata met als doel het verkrijgen van
informatie in verschillende condities
1.5 Hoofdstuk 5
 De student analyseert en verwerkt NGS data
 De student gebruikt blast en de best reciprocal hit methode voor functionele
annotatie van onbekende nucleotide sequenties of NGS contigs
 De student definieert homologe, orthologe en paraloge sequenties
1.6 Hoofdstuk 6
 De student analyseert en verwerkt NGS data
 De student controleert de kwaliteit van functionele annotatie met behulp van
sequentie alignering en fylogenetische analyse
 De student definieert homologe, orthologe en paraloge sequenties
1.7 Hoofdstuk 7
 De student detecteert genetische variatie in sequentiedata
 De student zoekt genetische variatie in een sequentie op in databanken
 De student linkt genetische variatie aan genetisch overdraagbare aandoeningen
 De student gebruikt exoom- en sequentieanalyse voor SNP detectie
 De student vertaalt genetische variatie naar structurele veranderingen van een
eiwit
1.8 Hoofdstuk 8
 De student beschouwt de opbouw van een biologische dataset
 De student past classificatie/clusteringsmethodes toe op een biologische dataset

, 1 Courante bio-informatica databanken
1.1 Inleiding
Databank systeem → opslaan data
→ data organiseren
→ data delen
Centraal dogma van moleculaire biologie → onderverdeling in 4 groepen
- DNA (sequentie nucleotide, variatie, OMIM, taxonomie, …)
- RNA (sequentie nucleotide, EST/cDNA, Gene, expressiedata, homologen, …)
- EW (sequentie protein, geconserveerde domeinen, structuurinformatie, …)
- Overige met literatuurdatabanken
→ NCBI: National Center for Biotechnology Information: DNA- en EW-sequenties
1.2 Belangrijke begrippen en concepten
Wetenschappelijke literatuur: Pubmed
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
1.2.1 Zoekopdracht
- Via filter na zoeken vb. datum, species, type, taal, categorie
- Via boleaanse operatoren: AND (of “…”), OR, NOT
→ Niet alle combinaties tussen de verschillende woorden worden toegestaan,
maar beide zoektermen moeten (OR = mogen niet) in voorkomen in resultaten
- MeSH (Medical Subject Headings) termen: ncbi.com  MeSH-databank  eerste
term  op eerste klikken  Add to search builder  tweede term  Add to search
builder  …  Search PubMed
→ termen moeten als kernwoorden worden toegekend → alleen relevante artikels
(voordeel)
→ er wordt ook met synoniemen gewerkt (voordeel)
→ term kan nadien (na publicatiedatum van artikels) worden
toegevoegd/geïndexeerd als MeSH term
1.2.2 Accessienummers en RefSeq project
Accessienummer = identificatienummer (ID’s) voor elk record om ze te organiseren,
onderscheiden en te linken aan elkaar
RefSeq databank: om te voorkomen dat eenzelfde record verschillende namen krijgt in
verschillende databanken
→ alleen meerdere ID’s bij splice-varianten (transcripten) of isovormen (eiwit)
NC_ Compleet genoom
NM_ mRNA
NP_ Eiwit
NR_ RNA
Genbank = databank met de meeste bekende nucleotide- en eiwitsequenties
+ bibliografische (bronnen, referenties) en biologische (coderend? Intron?
Exon ?) annotatie (info toevoegen)

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Focus op de essentie

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.