A detailed description of each step of practical 2, including screenshots and explanations of the steps taken in R. This document includes everything that is seen in class, and all the exercises that are needed to be made for practical 2 of Advanced Data Analysis of the first master of Biomedical S...
Practical 2 : Statistical analysis is R
Before you start :
- Create a folder / directory on your PC where you put all files related to this practical
- Turn this folder into your working directory
setwd ( "C:/wherever your files are")
1. Demo : the independent sample t-test
Data in long format : ozoneLong.txt
Read in the dataset ozoneLong.txt. This small dataset contains measurements of ozone (O3) in
two gardens, labelled A and B.
White format: concentrations in the gardens in two separate columns: no paired data. Independent
observations.
In the long format, there is the same data but arranged differently: one column which tells you which
garden and one column which gives the value of the ozone.
Here we want to know if there is a difference in ozone concentrations between the 2 gardens. The
null hypothesis is there is no difference in ozone between the gardens.
- Parametric tests: e.g. T-test
o Only allowed if you have enough observations and the data has +- a normal
distribution
- If the conditions for parametric testing are not fulfilled, you do Mann-Withney U test
Use the formula interface: t.test(continuantVar~groupingVar,data=myData)
Comes back quite often: this is usually the first argument of some function about a statistical test.
Generally it is y~x with y being the dependent variable (in t.test= continuous variable, here ozone),
and x that defines the groups (which group an observation comes from). The third argument is the
data frame.
First explore the data :
- How are the data organized? Check the environment in RStudio, or the str() function.
What do the two variables mean?
- Generate a plot to visualize the ozone concentration in the two gardens
Plot(myData$garden,myData$ozone)
Gives automatically a boxplot.
Looks like the ozone concentrations are higher in garden B than in garden A.
1
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Bi0med. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,49. Je zit daarna nergens aan vast.
