H2. MATERIAAL EN METHODE VOOR DE ANALYSE VAN HET
EPIGENOOM
1. Histon modificaties
De complexiteit van histonmodificaties
• Histonstaarten kunnen gemodificeerd worden
o Methylatie, Acetylatie, Fosforylatie
o Op lysine, arginine (serine, threonine, …)
o nieuwe: propionylatie, butyrylatie, crotonylatie, formylatie, …
• Niet alleen de histonstaarten, maar ook de binnenkant (globulaire deel) kan soms
gemodificeerd zijn (MAAR verhouding 99% staart vs 1% binnenkant)
• enorme complexiteit van verschillende modificaties → elk jaar nieuwe ontdekkingen
• Er zijn meer dan 1 miljoen mogelijke
combinaties van post-translationele
modificaties op histon H3 bijvoorbeeld
• Elk histon heeft zijn unieke print van
modificaties
1. Western/ELISA
• Bedrijven maken anti-lichamen tegen histonmodificaties
• Western blot
o Histonen worden geïsoleerd uit cellen
o Uitplaten op een western gel
o Via de klassieke western blot analyse doen
o Figuur
▪ Voorbeelden van antilichamen tegen 1x gemethyleerd, 2x gemethyleerd, 4x
geacetyleerd,…
▪ Heel moeilijk om een onderscheid te maken tussen bv mono- en dimethyl
want zijn beiden niet geladen
• Peptide ELISA
o Plaat coaten met de anti-lichamen
o Lysaat toevoegen
o Secundaire AL met fluorofoor toevoegen
o klassieke ELISA
, nadeel
• door op voorhand AL uit te kiezen, verlies je informatie (want je maakt een selectie)
• modificaties zijn zo complex, dat er complexere methodes nodig zijn
2. Proteomics
Door de complexiteit van modificaties, zijn meer complexe methoden vereist
• Het is niet eenvoudig om te weten welke histonvorm aanwezig is in de cel
Klassieke proteomics
• Eiwitpreparaat maken om eiwitten te isoleren→ trypsine digest zodat eiwitten geïsoleerd
geraken → identificatie van peptiden in het proteomic experiment → je kan korte en lange
peptiden bekomen, je wilt zo kort mogelijke peptiden → de massa van deze peptiden ga je
vergelijken met peptiden in databases → identificatie van de peptiden/eiwitten
• De PC geeft de mogelijke modificaties weer en herkent patronen die veel voorkomen
• Je krijgt een exponentiële toename in de complexiteit van de histoncode
Histon proteomics: 2 identificaties uitvoeren
1. identificatie van het peptide
2. identificatie van de modificatie
a. Door te kijken naar de massaverschuiving die overeen komt met bv methylatie,
acetylatie, …
b. Het systeem moet hiervoor getraind worden
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper student2018BMW. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,99. Je zit daarna nergens aan vast.
