CB samenvatting (BWC)
0.1 Grootorde
Diameter ionenkanaal = 0,3 nm
DNA helix = 2nm
Microfilament & membraan = 7nm
Intermediair filament = 8-12nm
Microtubulus & ribosoom = 25nm
Nucleaire porie = 40nm
Virus = 25-300nm
Mitochondrion = 1µm
Microvillus = 1-2µm
Bacteria/eukarya = 1-5µm
Chloroplast = 10µm
Menselijke cel = 20µm
Plantencel = 20-30µm
Massa van een AZ = 75-204 Da
0.2 Begrippenlijst
Bindingsenergie
= energie vereist om 1 mol covalente bindingen te breken (in kcal/mol)
X-stralen kristallografie
= techniek om de structuur en elektronendensiteit van eiwitten te achterhalen mbv een diffraction pattern
gecreëerd door weerkaatsing van afgevuurde X-stralen
Peptidebinding
= covalente binding tussen carboxylgroep en hydroxylgroep van 2 AZ met een resonantie van rond de 50%
H-brug
= niet-covalente binding tussen donoren (zoals hydroxyl- of aminogroep) & acceptoren (zoals carbonyl- of
sulfhydrylgroep) in water of in alfa-helix
Ionbinding
= niet-covalente binding tussen positieve en negatieve groepen, gevoelig aan pH veranderingen
Zwavel- / disulfide brug
= covalente binding tussen S-atomen van 2 sulfhydryl (-SH) zijgroepen van Cys, gevormd door oxiderende
omgeving van ER (<=> cytosol is reducerend): PDI
Alfa helix
= secundaire structuur van een eiwit met 3.6 AZ / winding, H-bruggen (X1-X4) & helix-stabiliserende AZ
(leucine, methionine, glutamaat)
Beta streng & plaat
= maximaal uitgerokken secundaire structuur van een eiwit met H-bruggen & stabiliserende AZ (isoleucine,
valine, phenylalanine), anti-parallel (H-bruggen evenwijdig) of parallel
Evy Moons Geneeskunde 1e bach 1
,Hemoglobine
= stof in RBC met meerdere subeenheden (2a & 2b) met elk een heemgroep en ijzeratoom,
puntmutatie van Glu6→ Val6 veroorzaakt sikkelcelanemie
Ziekte van alzheimer
= aandoening in hersenen door ophoping van amyloïde b (plaques) & sterven van neuronen door
ophoping van Tau → te stabiele MT (neurofibrillaire knopen)
Diffusietijd
= tijd die een neutraal molecule nodig heeft om een bepaalde afstand doorheen het cytoplasma af te leggen
= t = x²/2D (in 1 dimensie, D = diffusiecoëfficiënt)
Nucleoli
= structuren in de kern van een eukaryote cel waarvan de functie rRNA synthese & ribosoom assemblage is
Antimicrobiële peptiden
= kationische/amfipathische eiwitten van 10-50 AZ, aangemaakt in huid en darmen en luchtwegen, die als
verdedigingsmechanisme van een cel kunnen interageren met negatief geladen membranen van
microben/bacteriën (zwitterionische fosfolipiden) door vorming van een transmembranaire porie
Glycoforine
= membraaneiwit in RBC (singlepass) die 16 suikergroepen (1 N-linked) covalent gebonden heeft aan
extracellulaire zijde, zorgt voor negatieve afstoting tussen RBC
Wet van Fick
= wet bij eenvoudige diffusie die een lineair verband stelt tussen snelheid van diffusie (v) en concentratie
opgeloste stof [S]
= J = -P.ΔC
TRPM8
= temperatuurgevoelig kation kanaal (niet-selectief) dat geactiveerd wordt door koude of menthol en zorgt voor
een verhoging van lichaamstemperatuur
TRPV1
= temperatuurgevoelig kation kanaal (niet-selectief) dat geactiveerd wordt door warmte of capsaïcine en zorgt
voor een verlaging van lichaamstemperatuur
GLUT
= uniporter (gefaciliteerde diffusie, passief transport) die (D-)glucose binnenbrengt in de cel want membranen
zijn zeer weinig permeabel voor glucose en die geïnhibeerd wordt door glucose-analogen; heeft 4 isovormen,
van lage naar hoge affiniteit: GLUT2 (in lever en betacellen), GLUT4 (in spier- en vetweefsel), GLUT1 (in
RBC) en GLUT3 (in hersenen)
GLUT1
= uniporter met affiniteit: glucose >= galactose > mannose; bij deze transporter is er ook constante drijvende
kracht voor glucose in de cel want deze wordt steeds omgezet naar G6P door hexokinase/glucokinase
Na/K pomp
= secundair actieve transporter die gebruik maakt van Na influx (via ander transport) en
intracellulair ATP; alfa + beta/gamma subeenheid met een intracellulaire autofosforyleringssite
(Asp) en een extracellulaire bindingplaats voor inhiberend digitalis; pompt steeds 3 Na naar
buiten en 2 K naar binnen: E1-ATP (+Na) → E1-P → E2-P (+K) → E2
Digitalis
= vingerhoedskruid (D-purpurea), inhibeert Na/K pomp → celzwelling
SGLT
Evy Moons Geneeskunde 1e bach 2
,= Na/glucose cotransporter in PM: secundair actief transport (2Na+ en 1glucose inwaarts) → bv.
dunne darm
Sorteersignaal/tag
= adreslabel dat herkenning vereist door een sorteersysteem, bestaat in de vorm van: korte AZ seq /
saccharide(n) / hydrofoob domein (lengte bepaalt in welk membraan)
Mannose-6-fosfaat (M-6-P)
= sorteersignaal voor lysosomale enzymen (zure hydrolasen): sortering vanuit GA mbv vesikel
Phenobarbital
= barbituraat (verdovend) die gedetoxificeerd (gehydroxyleerd) wordt door CYP450 enzymen in
SER, kan tolerantie ontwikkelen door stijging van aantal CYP450 enzymen → oplossing = P-
chlorophenobarbital
CYP450
= enzymen in SER die instaan voor detoxificatie van organische moleculen: endogeen of
xenobiotica, dmv hydroxylering → urine; kunnen ook cholesterol synthetiseren en converteren
naar steroïdhormonen; kunnen geïnhibeerd worden door interactie met geneesmiddelen (bv.
CYP3A4) of met voedingsstoffen (bv. CYP3A4)
CYP3A4
= mono-oxygenase enzym dat inactief terfenadine (anti-histamine) omzet in actief fexofenadine,
maar geblokkeerd door bepaald antibioticum OF door bergamottine/furanocoumarine (in bep.
sinaasappel) → overdosis van terfenadine kan hartritmestoornissen veroorzaken
Chaperone eiwitten
= katalysatoren van spontane vouwing van nieuw gevormde eiwitten in ER; binden al tijdens translatie en
beletten verkeerde vouwing; bv. BiP, lectines (calreticuline, calnexine)
Vouwenzymes
= katalysatoren van spontane vouwing van nieuw gevormde eiwitten in ER; binden al tijdens translatie en
beletten verkeerde vouwing; bv. PDI (proteïne disulfide isomerase), PPI (peptidyl-prolylisomerase)
Oligosaccharyltransferase
= membraaneiwit dat geassocieerd is met translocon en dient als enzym in lumen van ER voor covalente
translocatie van kerngroep suikerresidu’s van precursor dolichol-P naar Asn residu van eiwit; werkt al
cotranslationeel
ERAD
= kwaliteitscontrole van eiwitten in ER na initiële vouwing geholpen door chaperonen/vouwenzymes; terminale
glucose wordt geklieft door glucosidase II & chaperonen/vouwenzymes komen los
➔ Als juist gevouwen: export naar Golgi
➔ Als verkeerd gevouwen: afbraak door proteasoom in cytosol via translocon / herkenning door UGGT &
hertoevoeging van terminale G voor calnexine en calreticuline
Zymogeen granulen
= vesikels met spijsverteringsenzymen die doorheen de secretorische route (gereguleerde
secretie: signaal = hormonen/NT) van exocriene cellen van de pancreas naar dunne darm gaan
en daar geactiveerd worden; lage pH van TGN zorgt voor aggregatie/condensatie van ZG
eiwitten → dan inclusie in ZG
Bacteriorhodopsin
= transmembranair eiwit met 7 a-helices die porie vormen voor H+ met N-terminus exoplasmatisch en C-
terminus cytoplasmatisch
Evy Moons Geneeskunde 1e bach 3
,Hydropathieplot
= bepaalt welk deel van transmembranair eiwit in/buiten membraan ligt (adhv R-groep van AZ); positief =
hydrofoob, negatief = hydrofiel
ɣ-TuRC complex
= complex in centrosoom die noodzakelijk is en waarop MT zich bouwen, opgebouwd uit ɣ-tubuline en GRiPs
Kritische concentratie
= kleiner voor plus einde van MT (beta) dan voor min einde (alfa)
Bloedarmoede / anemie
= aandoening waarbij er een verhoogde afbraak van RBC is door bv. sferocytose (RBC=rond) = veroorzaakt
door mutaties in actine-band4.1-spectrine-ankyrine netwerk
Listeria bacterie
= bacterie die eerst een cel infecteert door fagocytose, dan uitstulping maakt in het membraan dmv ‘actine
rocket’ om dan mbv fagocytose weer een andere cel te infecteren
Catecholamines
= monoamines, catechol (ring) + aminogroep, tyrosine → Dopa → Dopamine → noradrenaline
→ adrenaline
-KDEL seq
= sorteersignaal voor luminale ER eiwitten aan C-terminus dat herkend wordt in CGN en
verhindert sortering mbv transportvesikel → terug naar ER = retrieval
= Lys-Asp-Glu-Leu
Cotranslationele translocatie
= import in ER terwijl eiwit gesynthetiseerd wordt (translatie) door met ER verbonden ribosomen, hydrofobe
signaalpeptide aan NH2-terminus van eiwit wordt herkend door SRP en brengt deze naar translocon in
membraan van ER
Bulk flow
= aselecte binding van cargo door manteleiwitten (eventueel via R) → exocytose
ROS
= Reactive Oxygen Species; nevenproduct van metabolisme maar zeer schadelijk voor de cel en veroorzaakt
veroudering; opgelost door superoxide dismutase, catalase en anti-oxidantia
= superoxide anion, H2O2, hydroxyl radicaal
Calorie
= energie vereist om 1g water met 1°C te verhogen
Soortelijke warmte
= hoeveelheid warmte die moet geabsorbeerd worden om 1°C te laten stijgen (1cal/g)
Joule
= 0,239 cal
Voedingscalorie C
= 1.000 cal = 1 kcal
H
=E+P.V → ΔH=ΔE
ΔG
= ΔH - T.ΔS [(k)cal/mol]
= R.T.ln( [C]prc.[D]prd / [A]pra.[B]prb ) - R.T.ln(Keq)
ΔG0’
Evy Moons Geneeskunde 1e bach 4
, = -R.T.ln(K’eq)
R.T in standaard condities
= 592 cal/mol
Dissociatieconstante Kd
= [A].[B] / [AB]
= evenwichtsconstante van dissociatiereactie; hoe lager de Kd, hoe groter de affiniteit voor ligand en dus hoe
gevoeliger de cel
= [ligand] waarbij 50% van de receptoren/enzymen bezet zijn
ITC
= techniek om te meten hoe moleculen binden met elkaar (ΔH → exotherm/endotherm) door
vergelijking met een referentiecel
Carboxypeptidase A
= protease in spijsvertering, heeft zink nodig als cofactor
Lysozyme
= protease die glycosidebindingen in polymeren van bacteriële celwand hydrolyseert
Oxidatie
= verwijderen van elektronen en daarbij horende protonen door dehydrogenasen, exergonisch
Reductie
= toevoegen van elektronen en daarbij horende protonen door hydrogenasen, endergonisch
Proteolyse in spijsvertering
= enterokinase van epitheel → trypsinogeen naar trypsine → chymotrypsionogeen naar
chymotrypsine → procarboxypeptidase naar carboxypeptidase
Ribozymen
= RNA enzymen, minder diversiteit
Michaelis-Menten kinetica
= v0 = Vmax.[S] / (Km+[S])
Turnover number
= kcat = Vmax / [Et]
P4 type ATPase
= PS/PE flippase in PM: exoplasmatisch → cytosolisch
Topoisomerase II
= ATP vereisend
Regeling van glycolyse & gluconeogenese door F2,6BP
= fosforylering van F6P + defosforylering van F2,6BP door PFK-2; PFK-2 wordt fosfatase als zelf
omkeerbaar gefosforyleerd door eiwitkinasen (gereguleerd door glucagon en/of adrenaline →
cAMP)
Pantotheenzuur
= vit B5
Thiamine
= vit B1
Isoprene
= vit A
Niacine
= vit B3
Evy Moons Geneeskunde 1e bach 5
