College aantekeningen
ZSO 2 bioinformatica
- Vak
- Bio-informatica
- Instelling
- Universiteit Hasselt (UHasselt)
ZSO 2 - Uitgewerkte oefeningen van ZSO 2 van bioinformatica, biomedische wetenschappen UHasselt
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 11 pagina's
Voorbeeld 2 van de 11 pagina's
In winkelwagenVerkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
ZSO 2 – BIOINFORMATICAOPDRACHTEN
OEFENING 1
VOER EEN ALIGNMENT UIT VAN ONDERSTAANDE 2 NUCLEOTIDE SEQUENTIES MET ZOWEL BLAST
EN CLUSTAL OMEGA (HTTP://WWW.EBI.AC.UK/TOOLS/MSA/ ). VERGELIJK DE BEKOMEN
RESULTATEN. WAT IS HET VERSCHIL TUSSEN BEIDE ALIGNMENTS? WELK RESULTAAT DENK JE
DAT HET BESTE PAST EN WAAROM?
>seq1
AATGCTGTACGTACGCTAGCTA
>seq2
AATGCCGTACGCACACTAGCTCA
I. clustal omega
*de volledige sequenties zo kopiëren zoals ze hierboven staat om foutmeldingen te
vermijden, dan krijgen we: https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?
jobId=clustalo-I20191206-102411-0742-54290390-p2m
II. BLAST
*bij de BLAST naar onderaan scrollen en hier zoeken naar global alignment, daar de twee
sequenties ingeven: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
, OEFENING 2 - MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS
VOER EEN MULTIPLE ALIGNMENT UIT VAN ONDERSTAANDE 4 MIRNA PRECURSOREN MET
CLUSTAL OMEGA. BESPREEK DE FYLOGENETISCHE VERWANTSCHAP.
Globaal bekijken => clustal en we kunnen ook de fylogenie bekijken hiermee
>hsa-mir-377
UUGAGCAGAGGUUGCCCUUGGUGAAUUCGCUUUAUUUAUGUUGAAUCACACAAAGGCAACUUUUGUU
UG
>mmu-mir-377
UGAGCAGAGGUUGCCCUUGGUGAAUUCGCUUUAUUGAUGUUGAAUCACACAAAGGCAACUUUUGUUU
G
>rno-mir-377
CUUGAGCAGAGGUUGCCCUUGGUGAAUUCGCUUUAUUGAUGUUGAAUCACACAAAGGCAACUUUUGGU
UGAG
>hsa-mir-539
AUACUUGAGGAGAAAUUAUCCUUGGUGUGUUCGCUUUAUUUAUGAUGAAUCAUACAAGGACAAUUUC
UUUUUGAGUA
*op de website voor clustal omega de vier mRNA sequenties ingeven (aanpassen naar RNA)
en dan krijgen we: https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=clustalo-
I20191206-104133-0907-67098636-p1m
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper anasloyens. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 53068 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen