Dit is een volledige samenvatting van het vak microbiële evolutie en diversiteit het deel van professor Vandamme. Deze omschrijft de 3 thema's die gegeven werden: inleiding, ID en typing. Deze samenvatting is inclusief figuren en in het nederlands.
Microbiële evolutie en diversiteit
Part 1 – microbiele evolutie en zijn impact op
diagnostics and typing
Peter vandamme: 1 theorievraag en 3 oefeningen
1) The generation of diversity
Introductie
Het is belangrijk om termen te begrijpen en juist te begrijpen. Wordt niet letterlijk bevraagd.
Legionella -> vaak verspreid door aerosols, in leidingen waar water niet warm genoeg is.
Bacteriele cellijn (delend) wordt gezien als een individu -> praktijkgerichter dan 1 bacterie op zich.
Celdeling -> verzameling van bijna identieke dochtercellen
Na een paar uur al een kolonie op agarplaatje.
Natuurlijke verzamelingen van populaties = gemeenschappen
monoculturen zijn niet natuurlijk = populaties
Bij een staalname uit een gemeenschap zullen de individuele cellen van verschillende populaties
uitgroeien tot zichtbare kolonies op een primaire isolatieplaat.
Bij het nemen van meerdere isolaten kunnen die dus afkomstig zullen zijn van dezelfde of van
verschillende delende cellijnen. Maw stammen.
Examenvraag: pik 100 isolaten op en typeer ze (niet hetzelfde als identificeren) -> van hoeveel
stammen zijn ze afkomstig.
Isolaat Een algemene term voor een reincultuur van
een bacterie bekomen na subcultuur van 1
enkele kolonie van een primaire isolatieplaat
die verondersteld wordt afkomstig te zijn van 1
enkele cel.
Stam Theoretisch begrip dat verwijst naar een isolaat,
of een groep van isolaten, afkomstig van 1
delende cellijn en die van andere stammen kan
onderscheiden worden adhv fenotypsche of
genotypische eigenschappen, of beide.
Populatie De verzameling van dochtercellen in een
bepaald ecosysteem die afkomstig zijn van 1
delende cellijn.
Gemeenschap Een verzameling van diverse (pro- en
eukaryoten) populaties in een bepaald
ecosysteem (microbioom vs microbiota)
,Wat is een soort?
De belangrijkste eenheid in de bacteriële taxonomie is de soort (= species)
De stam is de basiseenheid van een soort (= species) en wordt met een nummer aangeduid
bv LMG 1222 (cultuur collectie acroniem + volgnummer)
Wat is een bacterie – individu – stam?
Stam/kloon (Engels: strain) niet hetzelfde als isolaat, nummer, reincultuur, soort, populatie,
gemeenschap
Identification/typing
Proces van herkennen en klasseren van isolaten als leden van de zelfde of verschillende soorten door
in rekening te brengen dat soorten genetische drift ondergaan = identificatie
Toewijzen aan stammen = typing
The observation of cohesion and diversity
Bacteriën veranderen en evolueren.
Het evolutionaire proces
Op basis van genoomsequenties kunnen we zien in welke mate en met welke snelheid deze
processen optreden.
Ontstaan van mutaties (exogeen, endogeen)
mutaties ontstaan toevallig en het milieu selecteert voor voordelige mutaties
Meeste mutaties zijn neutraal = genetische drift, accumuleert over de tijd
Deleties decreases fitness en worden verwijderd door natuurlijke selectie over de tijd
Voordelige mutaties increases fitness en zijn favoriet bij natuurlijke selectie.
Selectie is gedefineerd door fitness (mogelijkheid van een organisme om een nageslacht te
produceren en bijdragen tot genetische samenstelling van toekomstige generaties).
Fysische en geografische scheiding draagt bij tot een sterke populatie drift.
Horizontal gene transfer
Andere genetische veranderingen -> gen duplicatie, gen verlies, horizontale gentransfe
Laat transfer van DNA toe tussen verschillende takken van de evolutionaire boom
Ten minste 3 mechanismen: transformatie (uptake of free DNA), transductie (virus mediated) en
conjugatie (cel tot cel en mediated by plasmid)
, Getransferreerd DNA zal:
- Gedegradeerd zijn door restrictie-enzymen
- Bestaaat op zichzelf
- Gerecombineerd zijn met recipient genoom
Orthologe genen: genen waarvan we evolutionair aannemen dat ze van elkaar afkomstig zijn, maar
dezelfde functie behouden hebben.
Paraloge genen: 1 van beide kopieen heeft oorspronkelijke functie behouden, maar de andere een
andere functie heeft opgenomen in de loop van de tijd.
➔ In deze cursus alleen over orthologe genen
Homologe recombinatie: stuk genoom van 2 bacterien. 2 stukken die overeen met elkaar worden
uitgewisseld. (sequenties nodig die heel goed op elkaar lijken).
Non-homologe recombinatie: vereist geen grote similariteit, geen uitwisseling van stukken die
overeenkomen.
Horizontale gentransfer
Gevolgen:
- Genconversie (homologe recombinatie) resulteert in vervanging van recipient kopij met
donor kopij
- Additief (niet homologe recombinatie)
Bij geen voordeel: verwijderd over tijd door competitie
Bij een voordeel, domineren over de tijd
Effectieve middelen voor het betrekken van nieuwe functies
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper biochemiestudentje. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,49. Je zit daarna nergens aan vast.
