100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na betaling Zowel online als in PDF Je zit nergens aan vast
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
Samenvatting moleculaire biologie (t.e.m. H8) €2,99   In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  4.  
  5. Biochemie
  6.  
  7. Moleculaire biologie

Samenvatting

Samenvatting moleculaire biologie (t.e.m. H8)
 24 keer bekeken  0 keer verkocht

Zie jij door de bomen het bos niet meer? Wat moet je kennen en wat niet? Ik begrijp de powerpoint niet? Klinkt herkenbaar? Hier is u oplossing. Een volledige samenvatting tot en met hoofdstuk 7 met figuren om alles nog extra duidelijker te maken.

Laatste update van het document: 1 jaar geleden

Voorbeeld 7 van de 25  pagina's

Document informatie

  • Nee
  • Hoofdstuk 1 t.e.m. 8
  • 28 december 2022
  • 27 januari 2023
  • 25
  • 2022/2023
  • Samenvatting

Onderwerpen

Gekoppeld boek

book image

Titel boek:

Auteur(s):

  • Uitgave:
  • ISBN:
  • Druk:

Meer samenvattingen voor studieboek

Alles voor dit studieboek (9)

Geschreven voor

Alle documenten voor dit vak (4)

Verkoper

avatar-seller
caramestdag

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

Moleculaire
biologie
Inleidende les: Hoofdstuk 1-5
Hoofdstuk 6
Hoofdstuk 7
Hoofdstuk 8




Cara Mestdag
2022-2023

, 1



Inhoud
Inleiding..................................................................................................................................................3
The Nature of Genetic Material..........................................................................................................3
Transformation in Bacteria.............................................................................................................3
The Chemical Nature of Polynucleotides........................................................................................4
DNA Structure: The Double Helix........................................................................................................4
Physical Chemistry of Nucleic Acids....................................................................................................4
A Variety of DNA Structures...........................................................................................................4
Technieken om DNA te bestuderen................................................................................................5
Storing Information............................................................................................................................5
Hoofdstuk 6: Het mechanisme van transcriptie bij bacteriën.................................................................6
RNA Polymerase Structure.................................................................................................................6
Binding of RNA Polymerase to Promoters......................................................................................6
Promoter Structure.........................................................................................................................6
Transcription Initiation.......................................................................................................................6
The Stochastic σ-Cycle Model.........................................................................................................7
The Role of the α-Subunit in UP Element Recognition....................................................................7
Elongation...........................................................................................................................................7
Termination of Transcription..............................................................................................................7
Rho-Independent Termination.......................................................................................................8
Rho-Dependent Termination..........................................................................................................8
Hoofdstuk 7: Control op fijne schaal v bacteriële transcriptie: Operons................................................8
The lac Operon...................................................................................................................................9
Negative Control of the lac Operon................................................................................................9
The Mechanism of Repression........................................................................................................9
Positive Control of the lac Operon................................................................................................10
The Mechanism of CAP Action......................................................................................................10
The ara Operon.................................................................................................................................10
The ara Operon Repression Loop.................................................................................................11
The trp Operon.................................................................................................................................11
Tryptophan’s Role in Negative Control of the trp Operon............................................................11
Control of the trp Operon by Attenuation....................................................................................12
Defeating Attenuation..................................................................................................................12
Riboswitches.....................................................................................................................................13
Hoofdstuk 8: major shifts in bacteriële transcriptie..............................................................................13

, 2


Sigma Factor Switching.....................................................................................................................13
Phage Infection & sporulation......................................................................................................13
Genes with Multiple Promoters....................................................................................................13
Other σ Switches..........................................................................................................................13
Anti-σ-Factors...............................................................................................................................14
The RNA Polymerase Encoded in Phage T7......................................................................................14
Infection of E. coli by Phage λ...........................................................................................................14
Lytic Reproduction of Phage λ......................................................................................................15
Establishing Lysogeny...................................................................................................................19
Autoregulation of the cI Gene During Lysogeny...........................................................................20
Determining the Fate of a λ Infection: Lysis or Lysogeny..............................................................21
Lysogen Induction.........................................................................................................................23

, 3



Inleiding
The Nature of Genetic Material
Eind 19de werden nucleïnezuren afgezonderd van het proteïnen

In 1910-1920 vond Levene dat DNA en RNA bestond uit fosfaten,
(deoxy)ribosesuikers en 4 verschillende basen. MAAR: hij aanschouwde het
proteïne als genetisch materiaal & belang sequence werd niet ontdekt

 TETRANUCLEOTIDE HYPOTHESE

Transformation in Bacteria
(door F. Griffitih in 1928)

(a) S: smooth (virulent
(b) R: rough (nonvirulent)
(c) Heat killed S: smooth (nonvirulent)
(d) R: rough + heat killid S (virulent)  R transformeert de dode bacteriecellen zodat ze als
levend werken




Wat is nu de genetische drager? Verder onderzoek nodig.

Avery, MacLeod & McCarty vonden dat DNA het transforming materiaal is a.d.h.v. ultracentrifugatie
(grootte bepalen), elektroforese (zien hoe snel beweegt doorheen elektrisch veld  hoge
ladings/massabalans kwam overeen met DNA), UV absorptie (golflengte van absorberende stof
kwam overeen met die van DNA) en elementaire analyse (gemiddelde van 1.67 stikstof-fosfor ratio)

Bevestigd voor een bacteriofaag door Hersey & Chase (1952)

, 4


The Chemical Nature of Polynucleotides
In 1940 ontdekte men

 DNA bestaat uit desoxyribose, fosfaatgroepen, adenine (A),
cytosine (C), guamine (G) en thymine (T)
 RNA bestaat uit ribose, fosfaatgroepen, adenine (A),
cytosine (C), guamine (G) en uracil (U).
 Adenine & guamine = purines
 Cytosine, thymine en uracil = pyrimidines
 Basen en suikers in RNA en DNA = nulceosiden
 Fosfaatgroep, suiker en base = nucleotiden




DNA Structure: The Double Helix
Uit X-ray data van Franklin volgde dat DNA een spiraalachtige vorm heeft,
DNA heeft een herhalende structuur en gaf informatie over de grootte van
het DNA.

Watson en Circk stelde DNA voor als een dubbele helix met een suikerfosfaat
als ruggengroot aan de buitenkant en basen gelinieerd aan de binnenkant. Er
werd ook zichtbaar dat er grotere en kleinere groeven zijn door de manier
waarop de basen zijn ingeplant op de suikers.

 DNA is dubbele helix
 Suikerfosfaatbackbone
 A met T en G met C
 Replicatie van DNA is semi-conservatief: elke streng dient als template voor het bouwen van
een complementaire partner

Physical Chemistry of Nucleic Acids
A Variety of DNA Structures
A) Deze helix is wat breder en meer ontwonden. Hij heft meer
helling en een binding is mogelijk tussen DNA en RNA. Komt
vooral voor bij hybriden tussen RNA en DNA bij de DNA
transcriptie. Baseparen staan weg van de horizontale.
B) De meeste voorkomende vorm (voorgesteld door Watson &
Crick). Base-paren staan horizontaal.
Z) Uitgerokken helix. Bij het volgen van de fosfaatgroepen zie je een
zigzagstructuur. Dit is een linksdraaiende helix en is rijk aan G-C
verbindingen.

, 5


Uit proeven waarbij de temperatuur werd gewijzigd blijkt dat de GC content van DNA verschilt tussen
25% en 75%. Dit heeft effect op de densiteit en dus de temperatuur. Hoe meer GC hoe meer
compartimentering van AT  SUPERCOILING

 DNA absorbeert UV licht: absorptie afhankelijk van
staat DNA (dubbelstrengig of gedenautureert)
 Absorbantie volgen bij een
temperatuursverandering
 Bij hyperchromatische-shift (= moment dat
absorptie sterk verandert)  DNA denautureert.
 Andere technieken: organische solventen, hoge H,
chaotropic reagens (ureum), lage zout concentratie
(dubbelstrengig blijven is moeilijk want lading
wordt geneutraliseerd door zout)

Technieken om DNA te bestuderen
Ionenuitwisselingschromatografie = vloeistofschromatografie
Chromatografie = een mengsel scheiden in componenten door deze te laten vloeien over een vaste
fase (glazen bolletjes) of een hars met een bepaalde lading. Het elueren van de componenten
gebeurt via een zoutgradiënt te creëren.

Een anionenuitwisselingschromatografie maakt gebruik van positief geladen pareltjes.

Een kationenuitwisselingschromatografie maakt gebruik van negatief geladen pareltjes.

SDS-PAGE
= gelelektroforese

Voor het uitzoeken hoeveel eiwitten er in het mengsel zit en om
te hun moleculaire massa te bepalen.

Scheiding gebeurt op basis van de lengte. De Sodium Dodecyl
Sulfaat (=SDS) is een anionisch detergent dat ervoor zorgt dat
deeltje dezelfde negatieve lading hebben. Zo kan er niet
gescheiden worden op basis van lading. SDS zorgt ervoor dat de
deeltje denatureren en DNA kan vervolgens op basis van grootte
gescheiden worden.

Storing Information
(benamingen kennen voor later)

, 6


Hoofdstuk 6: Het mechanisme van transcriptie bij
bacteriën
RNA Polymerase Structure
RNA polymerase zit in dieren, planten en bacteriën. Het bestaat uit twee
grote subeenheden: β en β’, maar ook drie kleinere subeenheden: α, α en
σ. (werd in de jaren 60 ontdekt via SDS-PAGE)

We noemen α2ββ’σ het holoenzym met α2ββ’ het core en σ de sigma.

De core bevat de basis transcriptie machinerie, maar de sigma-factor
zorgt ervoor dat de core specifieke genen gaat transcriberen.

Promoters
= plaats waar RNA polymerase gaat binden

Binding of RNA Polymerase to Promoters
De sigmafactor zorgt voor de initiatie van transcriptie door het
holoenzym te laten binden aan een promotor.

(a) Eerst gaan het holoenzym binden en lichtjes ontbinden
op het DNA op zoek naar de promotor
(b) Wanneer het de promotor heeft gevonden en daaraan
bindt wordt een gesloten promotorcomplex gevormd.
(c) Door zo sterk gebonden te zijn zal het DNA waaraan het
gebonden is smelten en een oen pormotor complex
wordt gevormd.

Promoter Structure
We maken gebruik van DNase footprinting om te weten waar het enzym bindt aan DNA. Daaruit
bleek dat de promotors van bacteriën op een vaste regio liggen. Dit worden boxen genoemd.

 -10 box = TATAAT-box (een korte sequentie die 10 bp stroomopwaarts ligt op het DNA)
 -35 box = TTGACA-box (een korte sequentie die 35bp stroomopwaarts ligt op het DNA)

Hoe meer een sequentie overeenkomt met bovenstaande baseparenopeenvolging hoe sterker de
promotor.

 Promotor down mutations = mutaties die de promotorbinding zwakker maken doordat ze
meer verschillen van het consensus DNA (= DNA let -10 en -35 box)
 Promotor up mutations = mutaties die de promotorbindingen versterken doordat ze minder
verschillen van het consensus DNA

Sommige heel sterke promotors bevatten een extra element, het UP element. Dit element zorgt
ervoor dat de promotor nog aantrekkelijker is voor RNA polymerase. 
UP element verhoogt hierdoor de transcriptie (met een factor 30)



Transcription Initiation
= proces waarbij de eerste twee nucleotiden aan elkaar worden gezet. Na
het blijven herhalen van dit proces krijgen we een RNA-molecule

Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:

√ Verzekerd van kwaliteit door reviews

√ Verzekerd van kwaliteit door reviews

Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!

Snel en makkelijk kopen

Snel en makkelijk kopen

Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.

Focus op de essentie

Focus op de essentie

Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper caramestdag. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €2,99. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 75323 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen
€2,99
  • (0)
  Kopen