Samenvatting
Summary gen- en genoomtechnologie
- Instelling
- Universiteit Antwerpen (UA)
summary of the course of gene- and genome technology
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 307 pagina's
Voorbeeld 4 van de 307 pagina's
In winkelwagenVerkoper
VolgenVoorbeeld van de inhoud
Samenvatting Gen- en genoomtechnologieHoofdstuk 1A: Herhaling recombinante DNA technologie
1.1. DNA
• DNA en RNA zijn nucleïnezuren die opgebouwd zijn uit nucleotiden
o Opbouw van nucleotiden:
▪ Basen (N):
✓ Purines (P):
❖ Adenine
❖ Guanine
✓ Pyrimidines (Y):
❖ Cytosine
❖ Thymine (DNA)
❖ Uracil (RNA)
✓ Extra:
❖ Van cytosine naar uracil: deaminatie
❖ Van uracil naar thymine: methylatie
▪ Nucleoside:
✓ = base + suiker
❖ Suiker = ribose in RNA en deoxyribose in DNA
❖ Ribose wordt genummerd van 1’ tot 5’
▪ 3’OH en 5’CH3 zijn zeer belangrijk in oriëntatie
van DNA
▪ Bij DNA staat er op de 3’-C een OH-groep
▪ Wordt vervangen door een H bij dideoxy… →
belangrijke moleculen bij Sanger sequencing
(ketenterminatie door inbouw ervan)
✓ Soorten:
❖ Adenosine en deoxyadenosine
❖ Guanosine en deoxyguanosine
❖ Cytidine en deoxycitidine
❖ Thymidine en deoxythymidine
❖ Uridine en deoxyuridine
▪ Nucleotiden:
✓ = nucleoside + fosfaat
❖ Monofosfaat (NMP’s), difosfaat (NDP’s) of trifosfaat
(NTP’s)
❖ Nummering fosfaatgroepen belangrijk in
labelingsexperimenten: α, β en γ
✓ Soorten:
❖ AMP (adenylaat), ADP en ATP + dAMP, dADP en dATP
❖ GMP (guanylaat), GDP en GTP + dGMP, dGDP en dGTP
1
, ❖ CMP (cytidylaat), CDP en CTP + dCMP, dCDP en dCTP
❖ TMP (thymidylaat) + dTMP, dTDP en dTTP
❖ UMP (uridylaat), UDP en UTP + dUMP, dUDP en dUTP
▪ Natuurlijke niet-voorkomende nucleotiden: TMP, TDP en TTP (want
Thymine komt niet voor in RNA)
▪ Voorbeeld:
o Opbouw van aminozuren (+ kunnen tekenen)
▪ Algemene structuur:
✓ NH = aminoterminus
✓ COOH = carboxyterminus
✓ R = restgroep
❖ Afhankelijk van deze groep worden AZ’n onderverdeeld
in grote categoriën:
▪ Geladen polair
• Zuur: aspartaat en glutamaat
• Basisch: lysine, arginine en histidine
▪ Ongeladen polair
• Amide-groep: asparagine en glutamine
• Hydroxylgroep: serine, threonine en
tyrosine
• Sulfhydrylgroep: cysteïne
▪ Niet polair
• Glycine, alanine, valine, leucine,
isoleucine, proline, methionine,
phenylalanine en tryptofaan
✓ Zie afbeelding dia6 → kunnen tekenen
▪ 3 letter en 1 letter code ook kennen → dit is basis!!
2
, o De genetische code
▪ Wordt afgelezen vanaf het mRNA-transcript
▪ Startcodon = AUG → codeert voor methionine
▪ Stopcodons:
✓ UAA = amber
✓ UAG = ochre
✓ UGA = opal
▪ De wobble hypothese:
✓ Stelt dat het paren van het codon en anticodon de normale A-U
en G-C regels volgt voor de eerste 2 base-posities in een codon,
maar dat uitzonderlijke ‘wobbles’ gebeuren op de 3de positie
en zo dus G-U basenparen gevormd kunnen worden
✓ Deze wobble is mogelijk door de degeneratie van de
genetische code
❖ Wilt zeggen: er zijn ongeveer 60-tal codons die in totaal
coderen voor slechts 20 AZ’n → er zijn dus meerdere
codons voor 1 enkel AZ + er zijn een 160-tal tRNA’s met
bepaald anticodon waardoor dus meerdere tRNA’s een
bepaald codon kunnen herkennen
✓ Belang van deze wobble:
❖ Bescherming tegen mutaties
❖ Doordat er meer tRNA’s zijn dan dat er AZ’n zijn (dus
meer tRNA’s voor 1 bepaald AZ) gaat de replicatie
sneller
✓ Opm. amino-acyl synthetases helpen bij het koppelen van het
AZ aan zijn respectievelijk tRNA → zo miniem aantal fouten
❖ Zie cursus van 2 jaar geleden
▪ Opm. inosine = post-translationele modificatie van adenine → kan
gebruikt worden in bepaalde RNA-moleculen als natuurlijke base
• DNA-structuur:
o DNA is vooral een dubbelstrengige helix
▪ De nucleotiden van 1 streng zijn verbonden met elkaar: de 3’ van de
ene base is gekoppeld met de 5’ van de volgende base via een
fosfodiësterbinding
❖ Op deze manier wordt er een 5’ → 3’ richting verkregen
❖ Zie zelfgemaakte tekening dia 9
▪ Deze 2 strengen worden de direct streng genoemd en de indirect
streng en lopen antiparallel
▪ De nucleotiden in beide strengen vormen een basenpaar door de
vorming van waterstofbruggen
en zo de planaire structuur te
vormen
❖ A-T → 2 H-bruggen
❖ G-C → 3 H-bruggen
3
, ▪ In de helix zijn er ook een minor en major groeve aanwezig
❖ Hierin kunnen DNA-binding proteïns binden zoals histonen,
polymerasen en TF’n (voor genregulatie)
o Er bestaan ook triple helix structuren van DNA
▪ T-loop in het einde van de telomeren om het telomeer stabiel te
houden
▪ D-loop in mitochondriaal DNA (klein stuk van mtDNA is triple strengig)
• DNA-replicatie:
o Belang: vermenigvuldigen van DNA
o Verloopt semi-conservatief: de 2 originele strengen van de dubbele helix
blijven altijd behouden (verdwijnt wel na een bepaalde tijd natuurlijk) en een
nieuwe dochtersteng wordt dan gesynthetiseerd en vormt met elk van de
originele strengen een nieuwe dubbele helix
o Wordt uitgevoerd door DNA-polymerasen
▪ Prokaryoten hebben 1 polymerase die alles doet
▪ Eukaryoten hebben er meerdere die de strengen gaan aanmaken
o Verloop van de open fork replicatie
▪ Helicases zijn EW’n die DNA ontwarren/uiteen halen
▪ Zo ° plaats om nieuwe strengen te gaan aanmaken
o Het primosoom is het EW-complex dat bij replicatie betrokken is
▪ Afbeelding dia 11
▪ DNA-primase maakt RNA-primer, die okazakifragment voorafgaat
▪ Als wordt bij elkaar gehouden door clamp loader, clamp readers,
sliding clamps,… samen met helicase
▪ Werkt als een soort naaimachine
▪ Ss DNA binding protein
❖ = replicatie protein A
❖ Bindt op ss DNA na ontwarring door helicase en zorgt zo voor:
o Verhinderen afbraak van de streng
o Maakt de streng rigide en lang genoeg om zo de sliding
componenten en het polymerase erlangs te laten
glijden
▪ DNA-polymerase zelf
❖ Prokaryoten hebben er 1 (zoals
hierboven uitgelegd)
❖ Eukaryoten (plant en dier)
hebben er meerdere die elk een
specifieke functie hebben
o Leading strand synthese verloopt snel omdat er slechts 1 primer nodig is
waarop DNA-polymerase aanhecht en vervolgens de hele dochterstreng van
5’ naar 3’ kan synthetiseren (continue synthese)
▪ Lagging strand synthese verloopt trager doordat er eerst een korte
RNA-primer moet aangemaakt worden die dienst doet als primer
zodat DNA-polymerase stukje kan synthetiseren = okazakifragment
4
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper driesluyten. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €23,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 56326 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen