Samenvatting
Samenvatting modeling en structuurbepaling van biomoleculen
samenvatting van de cursus 'modeling en structuurbepaling van biomoleculen'
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 9 pagina's
Voorbeeld 2 van de 9 pagina's
In winkelwagenVerkoper
VolgenVoorbeeld van de inhoud
Samenvatting Modeling en structuurbepalingvan biomoleculen
Examen: van het onderdeel van Hans De Winter --> 1 casus bespreken + hoe we dit
probleem zouden aanpakken
o Dit moet je voorbereiden thuis + je leert de cursus --> prof stelt dan vragen
over de casus waarbij je informatie nodig hebt uit de cursus
Hoofdstuk 1: Chemo-informatica
1.1. Moleculaire formaten
Opdat de PC met moleculaire informatie kan werken --> moleculen moeten
geconverteerd worden in een formaat dat PC’s kunnen verstaan
o We hebben accurate quantum chemische representaties met wavefuncties
die de positie van de elektronen en de overeenkomstige atoomkernen
beschrijven (LUMO en HOMO)
Zeer accuraat + bevatten grootste hoeveelheid informatie
In praktijk: niet zeer bruikbaar --> reden: zeer tijdrovend om te
genereren + zeer duur (veel opslagruimte) --> om wille hiervan:
alternatieve methoden werden ontwikkeld waarin het merendeel van
de chemische informatie verwijderd wordt en wordt beschouwd als
impliciet aanwezig --> zo wordt er impliciet verondersteld dat:
Elke C, O en N-atoom 6, 8 en 7 elektronen bevatten, respect.
Elk atoom geconnecteerd is aan een geschikt aantal H-atomen
zodat elke atoom-valentie correct weergegeven is
De O-atomen bevatten 2 ionenparen en het N-atoom bevat 1
ionpaar
o Grootste verschil tussen de moleculaire formaten = de hoeveelheid
voorafgaande kennis die verondersteld wordt
o Er zijn veel chemische formaten beschikbaar --> MAAR: de meest frequent
gebruikte: SMILES, SDF en PDB-formats
1.1.1. SMILES
= Simplified Molecular Input Line Entry Specification
o Het is een specificatie in de vorm van een lijn-notatie want het beschrijft de
structuur van moleculen gebruik makende van korte sequenties van
karakters die geen spaties bevatten (= ASCII strings)
o Hier worden een aantal voorbeelden gegeven --> wat de verschillende zaken
betekenen wordt verder uitgelegd
, Opm. H-atomen worden meestal niet weergegeven + aromatische
structuren kunnen direct of in de Kekulé vorm gespecifieerd worden
Er zijn 5 algemene SMILES regels mbt de specificatie van atomen, bindingen,
braching, ringsluitingen en ontkoppelingen --> worden hieronder uitgelegd
Atomen:
o Worden weergegeven door hun standaard afkorting van de chemische
elementen + worden omringt door vierkante haken --> vb. [Ag] voor zilver -->
MAAR: de haken worden weggelaten bij atomen:
In de organische subset: B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, or I
Atomen die geen formele lading hebben
Atomen waarbij het aantal vastgehangen H’s geïmpliceerd wordt door
hun normale valentie
Atomen welke de normale isotopen zijn
Atomen die niet chirale centra zijn
o Vb. de SMILES voor water kan geschreven worden als O or [OH2] or [H]O[H] --
> MAAR: het hydronium ion kan enkel gespecifieerd worden als [OH3+] or [H]
[O+]([H])[H]
o Als haakjes gebruikt worden: het symbool H moet toegevoegd worden als het
atoom tussen de haakjes gebonden wordt door 1 of meerdere H’s, gevolgd
door het aantal H’s als dit groter is dan 1 en dan een + of – voor
respectievelijk een positieve of negatieve lading
Vb. [NH4+] should be used to represent ammonium, although that [H]
[N+]([H])([H])[H] may also be used
Als er meer dan 1 lading is --> wordt geschreven als [Ca+2]
o Voor aromatische atomen = atomen die deel uitmaken van een aromatische
ring: de kleine letters van de atomen worden gebruikt ipv hoofdletters
Vb. B, C, N, O, P and S atoms this becomes ‘b’, ‘c’, ‘n’, ‘o’, ‘p’ and ‘s’,
respectively
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper driesluyten. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €20,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 56326 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen