Samenvatting

Samenvatting Microbiologie 2

1 keer verkocht

Vak
Microbiologie

Instelling
Karel De Grote-Hogeschool (KdG)

Samenvatting van theorie microbiologie, 2de jaar professionele bachelor biochemie.

[Meer zien]

Voorbeeld 4 van de 31 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 2 maart 2023
Aantal pagina's 31
Geschreven in 2021/2022
Type Samenvatting

€6,49

In winkelwagen

Opslaan

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

Microbiologie
1 Inleiding
Koolstofbron:

 Heterotroof: = organisch materiaal
 Autotroof: = CO2

Energiebron:

 Fototroof: licht
 Chemotroof: chemische reactie me name dan een oxidatie
reactie

Electronenbron:

 Organotroof: organische moleculen
 Lithotroof: anorganische moleculen

1.1 Metabolisme: fotosynthese
 Klassieke fotosynthese: reactie : 6CO2 + 6 H2O => 6O2 +
C6H12O6
o Vb: eukaryoten en cyanobacterien
o  oxygene fotosynthese
o Chlorofyl a en b: belangrijkste licht absorberende
pigmenten
 Anaerobe fotosynthese
o Geen h2o
o Geen productie van O2
o  anoxygene fotosynthese
o Bacteriofyl (verschilt in golflengte van het licht dat hij
opneemt)
o Slechts 1 fotosysteem dus cyclische fotosynthese
o Andere pigmenten en mechanismen om reducerend
vermogen op te bouwen
o Fototrope groene en purpere bacterien en heliobacterien
 Rhodopsine gebaseerd
o Brengt zelf zijn losgekomen elektronen ipv over te geven aan
nadp
o Bij archea
o Geen chlorofyl
o Wel speciaal membraaneiwit: bacteriorhodopsine (protonenpomp)
o Bv: halobacterium salinarum

Fotosysteem 1: p700
Fotosysteem 2: p680 absorptie kortere golflengtes

Opbouwend reducerend vermogen

 Mbv hydrogenase: oxidatie H2  vorming NADPH

1

,  Reverse electron flow: electronen uit ETS(kost energie); andere donoren vervangen
electronen
 Componenten uit hun ETS heeft een negatievere E0-waarde dan van NADP => spontane flow
electronen. Gebeurt spontaan, moeten er geen energie in steken. Electronen moeten wel
vervangen worden door iets anders te oxideren.
o Bv: groene fototrofe bactereien en heliobacterien

2 Taxonomie
2.1 Prokaryotische classificatie en taxonomie
Small subunit ribosomal RNAs (SSU rRNAs) drie domeinen:

 Archaea: prokaryoten
 Bacteria: prokaryoten
 Eucarya eukaryoten

Ranking:

 Domein
 Phylumclass
 Orde
 Famillie
 Genus
 Species

 Procaryote species:
o verzameling van stammen die veel gemeenschappelijke stabiele eigenschappen
hebben en die duidelijk verschillen van andere stammen.
o Verzameling organismen die dezelfde sequentie hebben in de belangrijkste genen
(‘=housekeeping genes’)

 Stam:
o Identieke bacterien die afkomstig zijn van dezelfde kolonie van een reincultuur
o Kunnen verschillen:
 Biovars: lichtjes biologisch anders.
 Morfovars: stammen die varieren qua morfologie, kunnen er iets anders
uitzien

2

,  Serovars: stammen die van elkaar verschillen op serologisch niveau (een
specifiek subtype van een micro organisme of cel, ingedeeld op bsis van de
specifieke antigenen aanwezig op het celmembraan)

Type stam:

 Meestal de eerste stam die bestudeerd is van een species
 Volledig gekarakteriseerd
 Bacterie kan soms lichtjes evolueren en kan daardoor verschillen van “de boekjes”

Binomiaal systeem voor naamgeving

Elk organisme heeft 2 namen:

 Genus naam (met hoofdletter en mag afgekort worden tot eerste letter.) Escherichia
 Species naam (zonder hoofdletter) coli
  E. coli

Technieken in de taxonomie

 Klassieke eigenschappen:
o Morfologie: uiterlijk, hoe: grammkleuring en microscopisch onderzoek (vorm,
grootte, kolonievorming, kleur,…)
o Fysiologie: wat heeft ze nodig?
o Biochemie: wat kan ze doen?
o Ecologie: waar komt ze vandaan? (habitat preference, growth requirement,
symbiotische relatie, levenscyclus patroon.)
o Genetica: met verwante soort dna uitwisselen of niet?
 3 manieren waarop bacterien DNA kunnen uitwisselen:
 Transformatie (in staat DNA fragmenten op te nemen van dode
bacterien)
 Conjugatie (fysiek contact met conjugatie buis en f factor wordt
doorgegeven)
 Transductie (met tussenkomst van virussen)
Moleculair onderzoek

 Zeer belangrijk
 Grote en nauwkeurige bron van informatie
 Goed zicht op de evolutie

Moleculaire technieken

 Samenstelling van NZ
 Hybridisatie van NZ
 NZ sequencing

2.2 G+C gehalte
 4 nucleotiden in DNA = guanine, adenine, thymine en cytosine
 Verschil tussen GC(3 H-bruggen) en AT(2 H-bruggen), altijd waterstofbrug tussen de 2
 Denatureren van DNA: dsDNA to ssDNA

3

,  Door te verwarmen

Basensamenstelling van NZ

DNA wordt verwarmd, hoe meer G+C bindingen er zijn, hoe meer H-bruggen er verbroken moeten
worden, hoe langer het duurt voor ze enkelstrenging worden.

Smelttemperatuur ™ temperatuur waarbij de helft van het dsDNA enkelstrenging geworden is. Te
bepalen met een spectrofotometer bij 260 nm

2.3 NZ hybridisatie
 Maat voor homologie in sequentie tussen 2 bacterien
 Procedure:
o Binden van ssDNA van bacterie 1 op een nitrocellulose filter
o Incubatie filter met gelabeld(fluoriscent) ssDNA van bacterie 2
o => hybridisatie (complementair ssDNA zal binden)
o => afspoelen niet gebonden DNA
o Meting hoeveelheid gelabeld DNA op filter
o => hoe meer, hoe verwanter

(2 ssDNAs samenbrengen, complementaire stukken zoeken elkaar op en binden. Hoe meer dna op
filter, hoe verwanter)

2.4 Sequencing
 Zeer nauwkeurige en directe techniek
 Sequences van 16S en 18S RNA (SSU rRNAs)

Sanger sequencing of keten-terminatie-methode

DNA dat je wil sequence:

 Enkelstrenging maken
 Pcr op uitvoeren, (primer, DNA polymerase, nucleotide nodig) + ddNTP’s dideoxyNTP
 Gaat ss ds maken
 Ipv dNTP, ddNTP  hierdoor stopt keten omdat er geen volgend nucleotide meer kan worden
ingebouwd

Fase 2:

Scheiding met SEC, laser detecteert welk deeltje er
langs de detector loopt.

Fase 3:

Elke piek vertegenwoordigt een nucleotide en zo kan
men de volgorde bepalen

Vergelijkende analyse van 16S rRNA

 Oligonucleotide signature sequences
o Korte geconserveerde sequenties die specifiek zijn voor een bepaalde groep organismen

4

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Focus op de essentie

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.