College aantekeningen
Hoofdstuk 4
- Instelling
- Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
Dit zijn mijn college aantekeningen, heel handig om zelf een samenvatting van te maken!
[Meer zien]Voorbeeld 1 van de 9 pagina's
Voorbeeld 1 van de 9 pagina's
In winkelwagen
Voorbeeld van de inhoud
Les 4Proces van genotypering
In de vorige les hebben we gezien hoe we de DNA-fragmenten scheiden door capillaire elektroforese
en hoe we de verschillende fluorescente labels kunnen scheiden. Hoe gaan we nu het DNA-profiel
interpreteren als we deze resultaten hebben? In deze les gaan we kijken hoe we de lengte van elk
fragment kunnen bepalen; hoe we de fragmenten kunnen vergelijken met de allelische ladder; en
hoe we de allelen gaan benoemen. Hierna worden de resultaten ook nog geverifieerd door een
tweede persoon, zodat er geen fouten worden gemaakt en dat de geïnterpreteerde data ook correct
gaan zijn.
Analyse van de capillaire elektroforese data – Fragment analyse
De formamide oplossing moet een bepaalde kwaliteit hebben, zodat het DNA goed wordt opgezogen
in de capillairen door het aanleggen van een spanning. We hebben verschillende componenten nodig
voor de fragment analyse en de genotypering:
Elk staal die uit de capillaire elektroforese is
gekomen, bevat naast formamide en het PCR-
product ook een ‘Internal Lane Standard’
(ILS). Deze ILS is essentieel voor het bepalen
van de lengte van de PCR-fragmenten.
Wanneer we een andere fluorescent label zien
dan de te analyseren PCR-producten, hebben
we overlap met de andere PCR-fragmenten
De Internal Lane Standard (ILS) is een synthetische mix
van verschillende fragmenten van een gekende lengte.
Hiermee kunnen we een grafiek opstellen in functie
van de gekende lengte en de migratie in de capillair.
Voor de fragmenten in het staal kan men nu de lengte
van bepalen, dit wordt berekend door software.
Elke reeks van analyses bevat ten minste één staal die uit de capillaire elektroforese is
gekomen met, naast formamide en ILS, ook een ‘allelische’ ladder. Dit bevat de lengtes van
de meest belangrijke allelen en wordt dan ook wel de synthetische standaard genoemd
Een allelische ladder wordt ontwikkeld door een artificieel mengsel van verschillende frequent
voorkomende STR allelen. Hierin zit dezelfde primer set als die gebruikt wordt in de multiplex kit voor
de analyse van onbekende stalen. Ook is het exact aantal herhalingsmotieven gekend van elk
fragment (gekende STR allelen) via sequentie analyse, zo weten wij exact hoeveel
herhalingsmotieven aanwezig zijn in de ladder. Tijdens
het ontwikkelen van de ladder, wordt er ook een
populatie studie gebruikt, dit is essentieel om het
aantal frequente allelen te kennen. We nemen
honderden individuen en voeren een fragment analyse
uit met dezelfde primer set. Zo kunnen we zien welke
fragmenten we zien binnen die honderden personen.
Voor elk staal kunnen we zien hoeveel PCR-producten
er zijn geproduceerd. We nemen gelijke hoeveelheden
van deze individuele PCR-reacties en gaan hier
opnieuw de PCR voor uitvoeren met dezelfde primer
set. Nu krijgen we de allelische ladder. Dit is de werking voor één STR, dus dit moet vaak gebeuren
voor alle te onderzoeken STRs in een kit.
Proces van genotypering
Nu we de lengte hebben bepaald en de fragmenten hebben vergeleken met de allelische ladder, is de
volgende stap om de allelen uit ons PCR-staal te gaan benoemen.
Pagina 1 van 9
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lisaankersmit. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €9,83. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 53022 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen