Samenvatting
Samenvatting Principes van gen regulatie en epigenetica.docx
- Instelling
- Universiteit Antwerpen (UA)
samenvatting gebaseerd op de powerpoints en eigen notities
[Meer zien]Voorbeeld 3 van de 16 pagina's
Voorbeeld 3 van de 16 pagina's
In winkelwagenVoorbeeld van de inhoud
Principes van genregulatie enepigenetica
Genetische regulatie
Plaats van genetische regulatie kan verschillen
o Cis-acting indien element reguleert op eigen DNA-streng
Promotor of enhancer zit in de buurt van de andere sequentie
Reguleert 1 gen of 1 allel
Regulatie op mRNA niveau via 5’ en 3’ UTR
Gebonden door trans-activerende eiwitten en miRNA’s
o Voornamelijk miRNA gebonden op 3’ UTR
o lncRNA’s binden op 5’ UTR
o Trans-acting: RNA of eiwit dat afgeschreven wordt en bindt op een enhancer
Er moet diffusie optreden om trans-acting te verkrijgen
Binding van eiwit of RNA op regulatorisch element
Regulatie van beide allelelen van een gen
Meerdere genen tegelijk mogelijk
Regulatie is een combinatie van cis en trans
o Enhancer en transcriptiefactoren (die binden op enhancer) of miRNA bindende
sequentie en de miRNA molecule (die binden op miRNA bindende sequentie)
Promotors
Wordt gezien als de aan/uit knop van genen
Voornamelijk RNA polymerase II
o Ook polymerase I mogelijk voor ribosomaal RNA
o Afschrijven van eiwit coderende genen, lncRNA’s en miRNA’s
→ vorming groot transcriptie initiatie complex met algemene transcriptiefactoren
Vormt zich op cis-acting consensus sequenties in de buurt van de transcriptie
start plaats
Vaak worden volgende structuren teruggevonden in promotor, maar niet noodzakelijk
BRE = transcriptiefactor 2b herkenningselement waarop transcriptiefactor 2b bindt
TATA-box = sequentie die bindt met TATA in de buurt van een BRE
Inr A = transcriptiestartplaats
DPE = downstream core promotor element (downstream want na transcriptiestartplaats)
,Enhancers en silencers
Cis-acting sequenties van typisch 4-9 basenparen lang zowel stroomopwaarts als -afwaarts
van de transcriptiestartplaats
Enhancers versterken de expressie, silencers onderdrukken deze
Boundary sequenties mogelijk
o Sequenties die genoom zullen opdelen in bepaalde blokken
→ definiëren regio’s waar enhancers/silencers de promotoren kunnen beïnvloeden
o Zowel genetisch (insulatoren) als epigenetisch (barrière) mogelijk
o Genomische regio afgebakend waarin de promotor enhancer interacties limiteert
TADs gevormd die evolutionair geconserveerd zijn tussen species
= eenheid van genen die gereguleerd worden door dezelfde factoren
Op het einde kennen zijn een CCTCT binding factor
= insulator eiwit dat samen met cohesines als grenswachter dient
Ontdekt door het F-syndroom (versmolten vingers)
o Inversie zorgt ervoor dat WNT6 gen dat in een andere TAD
lag, toch foutief zal geactiveerd worden na inversie
Omflippen van een deel van de sequentie brengt een
enhancer in de TAD-regio met het WNT6 gen
ADLD-aandoening wordt verkregen door een deletie
o Boundary wordt verwijdert en er ontstaat een fusie van
regio’s → enhancers gaan meer genen kunnen beïnvloeden
Verklaren hoe deleties en inversies nabijgelegen genen buiten de deletie of
inversie toch kunnen beïnvloeden
Enkel tussen de twee boundaries kunnen de regulatorische
elementen inwerken
o Zolang genen in dezelfde regio liggen met dezelfde boundaries zullen enhancers
kunnen inwerken → kan op grote afstand
Transcriptiefactoren dienen als DNA bindende motieven
o Bv: Zinc-finger motief = structuur met een aantal aminozuren met een belangrijke rol
voor cysteïne en histamine
Voelen in het DNA en zoeken zo herkenningsfrequenties
o Bv: leucine zipper monomeer = wasspeldstructuur bestaande uit twee alfa helices
Duwt helices in de DNA-sequenties om hier af te lezen
Enkel binding op DNA indien de juiste sequenties beschikbaar zijn
, RNA splicing en RNA-editing
Splicing start bij een knip thv het einde van de splice donor en thv begin splice acceptor
o Intron maakt een lassostructuur en wordt verwijderd bij knip in acceptor
o Acceptor en donor worden verbonden en mRNA is klaar voor translatie naar RNA
Verschillende structuren zijn mogelijk om de splicing te beïnvloeden
o In de regio van de exonen: Exonic splice enhancer en silencer (ESE en ESS)
o In de regio van de intronen: intronic splice enhancer en silencer (ISE en ISS)
Splicing moet niet altijd op dezelfde manier gebeuren
o Variatie in de intron-exon juncties door alternatieve donors of acceptors, Exon
skipping en alternatieve exonen
o Vaak is dit weefselspecifiek → specifieke transcripten voor bepaalde weefsels
Kan ook afhankelijk zijn van bepaalde ontwikkelingsstadia
o Voorbeeld van alternatieve splicing is het CDKN2A gen = overlappende genen
Produceert twee verschillende tumor suppressor genen doordat deze twee
verschillende eiwitten zal coderen
Gebeurt doordat twee leesramen afgelezen worden
→ vanaf 1 leesraam verandert, verandert het tweede mee
Trans acting regulatorische eiwitten
Regulatie op translationeel niveau maakt dat er sneller kan gereageerd worden op
veranderende omgevingsomstandigheden
o Groepen van inactief mRNA wordt als reserve gehouden zodat deze kunnen
afgeschreven worden op het optimale moment
Sommige worden hiervoor eerst getransporteerd naar de optimale locatie
o Trans-acting regulatorische factoren binden op specifieke cis-acting RNA-elementen
Ferritine en transferinne als belangrijk voorbeeld
o Fe2+ en Fe3+ zijn belangrijke cofactoren voor vele enzymes, maar zijn toxisch in hoge
dosissen → Regulatie zal sneller moeten gebeuren → genregulatie
Transferinne dient als receptor voor Fe absorptie uit dieet
Ferritine stockeert overmaat aan Fe om toxiciteit te voorkomen
o Wanneer [Fe] laag is zal specifiek ion-response element (IRE) binding protein (IRE-BP)
geactiveerd worden → IRE wordt gebonden in zware keten van ferritine + aan 3’
uiteinde van de transferinne receptor (Tfr) mRNA streng
Inhibitie van translatie van ferritine + bescherming van transferinne receptor
mRNA tegen degradatie → maximaliseren van productie Tfr
o Wanneer [Fe] hoog is zal IRE-binding proteïne geïnactiveerd zijn
→ maximaliseren productie ferritine en daling in productie Tfr
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lauraheyndrickx. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 76669 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen