Samenvatting
CRISPR/CAS Summary
- Vak
- Instelling
Complete summary of the CRISPR/CAS section of work for MCB2023S
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 8 pagina's
Voorbeeld 2 van de 8 pagina's
In winkelwagen
In winkelwagen
Verkoper
Volgen
erinsnotes
Ontvangen beoordelingen
Voorbeeld van de inhoud
Crispr/CasLecture 1
Microbial Defense Mechanisms Against ‘Foreign’ DNA
• Need to maintain gene$c integrity against mobile gene4c elements (MGEs = phages,
plasmids, transposons)
o Exogenous DNA can enter via
§ Conjuga4on
§ Transduc4on
§ Transforma4on
• Ability to discriminate between foreign and self DNA
• Against viruses:
o Prevent adsorp4on
o Blocking of viral DNA injec4on
o Abor4ve infec4on
• Against target DNA:
o Restric4on
o Sugar nonspecific nucleases
• Against MGEs:
o Adap4ve microbial immune system
Adap:ve Microbial Immune System
• Clustered regularly interspaced short palindromic repeats
o 90% of archaea
o 40% of bacteria
§ Problem is self immunity!
• Sequences similar to own DNA can be incorporated and lead to
aUack of own DNA
• Homology between CRISPR repeats and extrachromosomal elements (viruses and
plasmids)
• Adap4ve! à there is a memory of past gene4c aggressions
o Found that bacteria could be “vaccinated” against phage aUack through
making edits to the CRISPR sequences
Typical Structure of CRISPR/Cas Systems
• Cas genes
o Can surround or be before the CRISPR array region
o O\en adjacent to CRISPR
o Grouped into 3 systems (Type 1,2,3 and U) + different substypes
o Encode large heterogenous family of proteins
§ Nucleases
§ Helicases
§ Polymerases
, § Polynucleo4de binding proteins
• CRISPR array
o Leader
§ Site of polarized incorpora:on of exogenous DNA
• Every new sequence is added to the same point
• Linear CRISPR spacer sequences represent a 4meline of
previous infec4ons + geography
§ Has a promotor region where RNA pol binds for transcrip4on
§ Site of spacer inser4on
§ AT rich sequence
o Spacer
§ Contain captured/foreign DNA
§ Spacers are separated by repeats
• Repeats have cleavage points in the stem loop
• Average 36 bp long (17-100 bp)
o Repeat
§ Hairpin loop
§ Par4ally palindromic sequence
§ 23-50 bp
§ Highly stable secondary structures
§ Highly conserved within a given CRISPR sequence but differs between
strains
o Terminal repeat
*bacteria have different crispr/cas systems in them (repeats are unique in their systems)
CRISPR Loci à
• Non-con4guous direct repeats separated by stretches of variable sequences called
spacers
• Microbes o\en have >1 locus
• Typically located on chromosome but seen on plasmids, phages and prophages
o Have undergone HGT between genomes
• Divided into different clusters based on repeat sequences
• Adapt + evolve in response to viral preda4on or external plasmid infiltra4on
o heritable
Features of CRISPR/CAS system
• Incorpora4on of foreign DNA (spacers)
• Adap4ve/acquired immunity
- Spacers transcribed into small non-coding RNAs
- Cas protein complexes in conjunc4on with RNAs target + bind to foreign DNA
- Sequence specific recogni4on process results in destruc4on of incoming foreign
DNA
o Lamarckian evolu4on
• Heritable immunity
- CRISPR/cas can readily acquire new spacers or lose old ones (dynamic)
- Allows for response to viral predators evolving at higher rates
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper erinsnotes. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €2,69. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 81311 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen