Samenvatting
Samenvatting Hfdst 2 - Nieuwe generatie van sequencing technologieën
- Instelling
- Universiteit Antwerpen (UA)
Omvat het hoodstuk over sequencing technologieën in het vak moleculaire genetica deel I
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 8 pagina's
Voorbeeld 2 van de 8 pagina's
In winkelwagenVerkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
HOOFDSTUK 2 – NIEUWE GENERATIE SEQUENCING TECHNOLOGIEËNINLEIDING
Evolutie DNA sequencing
- Duur
Vroeger - Tijdrovend
- Eerder beperkt in haar toepassingen
Introductie van # nieuwe evolutionair nieuwe technieken
1. MPS of massieve parallele DNA sequencing
2. NGS of next-generation sequencing
Tijd Vanaf
sanger seq. = sterk verschillend
2005
Eig
-Gigantische toename in sequencing data per run
-Gepaarde dramatische reductie in sequencing kost per
megabase
Snel & relatief goedkoop volledig genoom sequencen
Vandaag
technieken = Dideoxy DNA sequencing of Sanger sequencing
Tot kort enige DNA sequencing methode
Fred Sanger, 1977 nobelprijs
<
- Vertrek amplificatie van individuele DNA sequenties
Opgezuiverd via PCR (polymerase chain reaction)
- Voor elk
geamplificeerd
DNA fragment (=
amplicon)
Werking ‘nested sets’ van
gelabelde DNA
Dideoxy
kopijen
aangemaakt
DNA seq.
- Gescheiden
volgens grootte
adhv. Gel elektroforese
Veel voordelen nog steeds veel gebruikt
- Zeer hoge accuraatheid
Eig. - Genereerd seq. van 100-800 bp
Voordelen NGS : short-read sequencing (75-
300bp)
- Testen van specifieke DNA sequenties
- Testen van aanwezigheid van mutaties in bepaald gen
Toepassing - Bevestiging van een vermoedelijke mutatie
Massieve Of MPS
, = gebasserd op totaal verschillende technologieën
!MPS of NGS drastische toename in
- Sequencing capaciteit
parallel
- Snelheid
Gepaard met daling kost (=running cost)
DNAseq.
Ipv. Sequencing van opgezuiverde DNA fragmenten miljoen DNA
fragmeten aanwezig in complexe DNA sample
werking
Simultaan gesequenced ZONDER nood aan gel
elektroforese
Schaal van sequencing evolueren van exonen & genen
- Genoom sequencing = volledig genoom
- Targeted DNA sequencing v. vooraf gedefinieerde subset van genoom
zoals exoom of alle genen in = ziekte pahtway gelegen
GEVOLG
! mens telt 180,000 exomen +/- 1% van humaan genoom
- Transcriptoom sequencing
nadat total RNA geconverteerd naar cDNA
- Methyl-seq. = DNA methylatie sites te identificeren doorheen het genoom
Sanger dideoxy sequencing MPS
Gel
Integraal deel van proces /
elektroforese
Read lengte Up to 800 nucleotide 35-14,000 nucleotide
Number of DNA 10,000den – biljoenen of DNA fragmenten
1
templates sequenceren tegelijktijdig
Advensed machines laten 96 sequencing
Sequencing
reacties toe per elektroforese run 80Mb-1000Gb/run
throughput
Rond 80Mb van DNA /run
Sequencing
Heel laag Significant hoog individuele fragmeten
error rates
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper julieae. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,69. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 85651 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen